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matcher - 两个序列的 Waterman-Eggert 局部比对

概要

匹配器 -序列 序列 -序列 序列 [-数据文件 矩阵[-备择方案 整数]
[-间隙打开 整数[-间隙扩展 整数] -输出文件 对齐

匹配器 -救命

商品描述

匹配器 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Alignment:Local”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 序列

-序列 序列

-数据文件 矩阵
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”（用于蛋白质）或文件“EDNAFULL”（用于核酸序列）。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。

额外 部分
-备择方案 整数
这将设置替代匹配输出的数量。 默认情况下只有最高
显示得分对齐。 值为 2 为您提供其他合理的对齐方式。 在
在某些情况下，例如 cDNA 的多域蛋白和基因组 DNA 比较，
可能还有其他有趣且重要的对齐方式。 默认值：1

-间隙打开 整数
差距罚分是当产生差距时被带走的分数。 最佳价值取决于
关于比较矩阵的选择。 默认值 14 假定您使用的是
蛋白质序列的 EBLOSUM62 矩阵，或 16 的值和 EDNAFULL 矩阵
核苷酸序列。 默认值：@($(acdprotein)? 14 : 16)

-间隙扩展 整数
间隙长度或间隙扩展惩罚被添加到标准间隙惩罚中
间隙中的每个碱基或残基。 这就是差距的惩罚时间。 通常你会
期望一些长间隙而不是许多短间隙，因此间隙扩展惩罚
应该低于差距惩罚。 一个例外是一个或两个序列是
可能有测序错误的单次读取，在这种情况下，您会期望很多
单碱基间隙。 您可以通过将间隙惩罚设置为零（或非常
低）并使用间隙扩展惩罚来控制间隙得分。 默认值：
@($(acdprotein)？4 : 4)

输出 部分
-输出文件 对齐

使用 onworks.net 服务在线使用 matchere