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matchere - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 matchere

这是命令 matchere,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


matcher - 两个序列的 Waterman-Eggert 局部比对

概要


匹配器 -序列 序列 -bsequence 序列 [-数据文件 矩阵[-备择方案 整数]
[-gapopen 整数[-gapextend 整数] -输出文件 对齐

匹配器 -救命

商品描述


匹配器 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“Alignment:Local”命令组的一部分。

配置


输入 部分
-序列 序列

-bsequence 序列

-数据文件 矩阵
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”(用于蛋白质)或文件“EDNAFULL”(用于核酸序列)。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。

额外 部分
-备择方案 整数
这将设置替代匹配输出的数量。 默认情况下只有最高
显示得分对齐。 值为 2 为您提供其他合理的对齐方式。 在
在某些情况下,例如 cDNA 的多域蛋白和基因组 DNA 比较,
可能还有其他有趣且重要的对齐方式。 默认值:1

-gapopen 整数
差距罚分是当产生差距时被带走的分数。 最佳价值取决于
关于比较矩阵的选择。 默认值 14 假定您使用的是
蛋白质序列的 EBLOSUM62 矩阵,或 16 的值和 EDNAFULL 矩阵
核苷酸序列。 默认值:@($(acdprotein)? 14 : 16)

-gapextend 整数
间隙长度或间隙扩展惩罚被添加到标准间隙惩罚中
间隙中的每个碱基或残基。 这就是差距的惩罚时间。 通常你会
期望一些长间隙而不是许多短间隙,因此间隙扩展惩罚
应该低于差距惩罚。 一个例外是一个或两个序列是
可能有测序错误的单次读取,在这种情况下,您会期望很多
单碱基间隙。 您可以通过将间隙惩罚设置为零(或非常
低)并使用间隙扩展惩罚来控制间隙得分。 默认值:
@($(acdprotein)?4 : 4)

输出 部分
-输出文件 对齐

使用 onworks.net 服务在线使用 matchere


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