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程序：

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mummer - 用于多个基因组序列比对的包

概要

mummer-注释
组合妈妈
德纳迪夫 [选项]或 [选项]-d<德尔塔档案>
精确串联
差距
地图视图 [选项]<坐标档案>[UTR坐标][光盘坐标]
地图 [-d][-F][-l][-S.]
木乃伊 [选项]
哑剧 [选项]<匹配档案>
数字 [选项]
nucmer2x图
程序员 [选项]
重复匹配 [选项]
奔跑的妈妈1 <法斯塔参考><法斯塔查询>[-r]
奔跑的妈妈3 <法斯塔参考><多法斯塔查询>
显示对齐 [选项]<参考身份证><qry身份证>

输入是传递给“nucmer”或“promer”程序的 .delta 输出
命令行。

输出到标准输出，并包含查询和参考之间的所有对齐
在命令行上识别的序列。

注意：默认情况下不进行排序，因此对齐方式将按照在
这输入。
显示坐标 [选项]
显示快照 [选项]
展示平铺 [选项]

商品描述

配置

所有工具（除了间隙）都遵循 -h、--help、-V 和 --version 选项
预计。 这个帮助非常好，使这些手册页基本上过时了。
组合妈妈 结合 MUM 通过在两端和 MUM 之间扩展匹配。
是参考序列的fasta文件。 是一个多
与参考匹配的序列的 fasta 文件

-D 只输出到标准输出的不同位置
和字符
-n 只允许核苷酸之间的匹配，即 ACGTs
-N num 中断匹配在或多个连续的非 ACGT
-q tag 用于标记查询匹配
-r tag 用于标记引用匹配
-S 输出字符串中的所有差异
-t 标签查​​询与查询 fasta 标头匹配
-v num 设置额外输出的详细级别
-W file 使用errors.gaps 重置默认输出文件名
-x 不输出 .cover 文件
-e 将错误率截止设置为 e（例如 0.02 是百分之二）
德纳迪夫 使用 nucmer 及其相关联的两个序列集运行比较分析
具有推荐参数的实用程序。 有关更详细的信息，请参阅 MUMmer 文档
输出的描述。 产生以下输出文件：

.report - 比对、差异和 SNP 的总结
.delta - 标准数字对齐输出
.1delta - 来自 delta-filter -1 的 1 对 1 对齐
.mdelta - 来自 delta-filter -m 的 M 到 M 对齐
.1coords - 来自 show-coords -THrcl .1delta 的 1 对 1 坐标
.mcoords - 来自 show-coords -THrcl .mdelta 的 M 到 M 坐标
.snps - 来自 show-snps -rlTHC .1delta 的 SNP
.rdiff - 来自 show-diff -rH .mdelta 的分类参考断点
.qdiff - 来自 show-diff -qH .mdelta 的分类 qry 断点
.unref - 未对齐的参考 ID 和长度（如果适用）
.unqry - 未对齐的查询 ID 和长度（如果适用）

强制的：
参考设置输入参考多FASTA文件名
query 设置输入查询多 FASTA 文件名
or
delta 文件 来自 nucmer 的未经过滤的 .delta 对齐文件

选项：
-d|delta 提供预先计算的 delta 文件以供分析
-h
--help 显示帮助信息并退出
-p|prefix 设置输出文件的前缀（默认为“out”）
-V
--version 显示版本信息并退出

地图视图
-h
--help 显示帮助信息并退出
-m|mag 设置渲染图形的放大倍数，
这是 fig2dev 的一个选项，用于生成
PDF 和 PS 文件（默认 1.0）
-n|num 设置用于分区的输出文件数
输出，这是为了避免生成太
大显示（默认 10）
-p|prefix 设置输出文件前缀
（默认“PROMER_graph 或 NUCMER_graph”）
-v
--verbose 处理文件的详细日志记录
-V
--version 显示版本信息并退出
-x1 coord 设置显示器的坐标下界
-x2 coord 设置显示的坐标上界
-g|ref 如果输入文件由 'mmaps' 提供，则设置
参考序列 ID（因为它出现在第一列
UTR/CDS 坐标文件）
-I 显示查询序列的名称
-Ir 显示参考基因的名称
木乃伊 查找并输出（到标准输出）所有足够长的位置和长度
中子串的最大匹配和

-mum 计算两个序列中唯一的最大匹配
-mumcand 与 -mumreference 相同
-mumreference 计算唯一的最大匹配
参考序列但不一定在查询序列中
（默认）
-maxmatch 计算所有最大匹配，而不管它们的唯一性
-n 只匹配字符 a、c、g 或 t
它们可以大写或小写
-l 设置匹配的最小长度
如果未设置，则默认值为 20
-b 计算正向和反向互补匹配
-r 只计算反向补码匹配
-s 显示匹配的子串
-c 报告反向补码匹配的查询位置
相对于原始查询序列
-F 强制4列输出格式不管多少
参考序列输入
-L 在标题行显示查询序列的长度
农夫
nucmer 在两个多 FASTA 输入之间生成核苷酸比对
文件。 生成两个输出文件。 .cluster 输出文件列表
每个序列之间的匹配簇。 .delta 文件列出了
产生最大得分的插入和删除之间的距离
每个序列之间的比对。

强制的：
Reference 设置输入参考多 FASTA 文件名
Query 设置输入查询多 FASTA 文件名

--mum 使用在两个引用中都是唯一的锚匹配
和查询
--mumcand 与 --mumreference 相同
--mumreference 使用引用中唯一的锚匹配
但在查询中不一定是唯一的（默认行为）
--maxmatch 使用所有锚匹配，而不管它们的唯一性

-b|breaklen 设置对齐扩展将尝试的距离
在放弃之前扩展较差的得分区域（默认 200）
-c|mincluster 设置匹配簇的最小长度（默认 65）
--[no]delta 切换增量文件的创建（默认 --delta）
--depend 打印依赖信息并退出
-d|diagfactor 设置聚类对角线差分分离因子
（默认 0.12）
--[no]extend 切换集群扩展步骤（默认 --extend）
-f
--forward 仅使用查询序列的前向链
-g|maxgap 设置a中两个相邻匹配之间的最大间隙
集群（默认 90）
-h
--help 显示帮助信息并退出
-l|minmatch 设置单个匹配的最小长度（默认 20）
-o
--coords 自动生成原始NUCmer1.1坐标
使用“show-coords”程序输出文件
--[no]optimize 切换对齐分数优化，即如果对齐
扩展到达序列的末尾，它将回溯
优化对齐分数而不是终止
在序列末尾对齐（默认 --optimize）
-p|prefix 设置输出文件的前缀（默认为“out”）
-r
--reverse 仅使用查询序列的反向补码
--[no]simplify 通过移除阴影簇来简化对齐。 转动
如果将序列与其自身对齐以查看此选项，则关闭此选项
用于重复（默认 --simplify）

程序员
promer 在两个 mutli-FASTA DNA 输入之间生成氨基酸比对
文件。 生成两个输出文件。 .cluster 输出文件列表
每个序列之间的匹配簇。 .delta 文件列出了
产生最大得分的插入和删除之间的距离
每个序列之间的比对。 DNA 输入被翻译成所有 6
读取帧以生成输出，但输出坐标
参考原始 DNA 输入。

强制的：
Reference 设置输入参考多FASTA DNA文件
Query 设置输入查询多FASTA DNA文件

--mum 使用在两个引用中都是唯一的锚匹配
和查询
--mumcand 与 --mumreference 相同
--mumreference 使用引用中唯一的锚匹配
但在查询中不一定是唯一的（默认行为）
--maxmatch 使用所有锚匹配，而不管它们的唯一性

-b|breaklen 设置对齐扩展将尝试的距离
在放弃之前扩展较差的得分区域，以
氨基酸（默认 60）
-c|mincluster 设置匹配簇的最小长度，以
氨基酸（默认 20）
--[no]delta 切换增量文件的创建（默认 --delta）
--depend 打印依赖信息并退出
-d|diagfactor 设置聚类对角线差分分离因子
（默认 .11）
--[no]extend 切换集群扩展步骤（默认 --extend）
-g|maxgap 设置a中两个相邻匹配之间的最大间隙
簇，以氨基酸为单位（默认 30）
-l|minmatch 设置单个匹配的最小长度，以氨基为单位
酸（默认 6）
-m|masklen 设置最大书挡掩蔽长度，以氨基为单位
酸（默认 8）
-o
--coords 自动生成原始PROmer1.1“.coords”
使用“show-coords”程序输出文件
--[no]optimize 切换对齐分数优化，即如果对齐
扩展到达序列的末尾，它将回溯
优化对齐分数而不是终止
在序列末尾对齐（默认 --optimize）

-p|prefix 设置输出文件的前缀（默认为“out”）
-x|matrix 设置对齐矩阵编号为1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] 或 3 [BLOSUM 80]（默认 2）
重复匹配 找到所有最大的完全匹配
-E 使用详尽（缓慢）搜索来查找匹配项
-f 仅正向链，不使用反向互补
-n # 设置最小精确匹配长度为 #
-t 只输出串联重复
-V # 将详细（调试）打印级别设置为 #
显示对齐
-h 显示帮助信息
-q 按查询起始坐标对对齐进行排序
-r 按参考起始坐标对对齐进行排序
-w int 设置屏幕宽度 - 默认为 60
-x int 设置矩阵类型 - 默认为 2 (BLOSUM 62)，
其他选项包括 1 (BLOSUM 45) 和 3 (BLOSUM 80)
注意：只对氨基酸比对有影响
显示坐标
-b 无论匹配目录如何，都合并重叠对齐
或框架，不显示任何身份信息。
-B 将输出切换为 btab 格式
-c 在输出中包含百分比覆盖率信息
-d 在附加中显示对齐方向
FRM 列（promer 的默认值）
-g 不推荐使用的选项。 请改用“增量过滤器”
-h 显示帮助信息
-H 不打印输出头
-I float 设置要显示的最小百分比标识
-k 敲除（不显示）重叠的对齐
在不同帧中的另一个对齐超过 50%
它们的长度，并且具有较小的相似性百分比
或小于其他对齐大小的 75%
（仅限促销员）
-l 在输出中包含序列长度信息
-L long 设置要显示的最小对齐长度
-o 注释两个序列之间的最大比对，即
参考序列和查询序列之间的重叠
-q 按查询 ID 和坐标对输出行进行排序
-r 按参考 ID 和坐标对输出行进行排序
-T 将输出切换为制表符分隔的格式

输入是传递给“nucmer”或“promer”程序的 .delta 输出
命令行。

输出到标准输出，由坐标列表、标识百分比和其他
关于 .delta 文件中包含的对齐数据的有用信息用作
输入。

注意：默认情况下不进行排序，因此对齐将按找到的顺序排序
在里面输入。
显示快照
-C 不要报告比对中的 SNP
映射，即只报告 [R] 和 [Q]
列等于 0 并且不输出这些列
-h 显示帮助信息
-H 不打印输出头
-我不报告插入缺失
-l 在输出中包含序列长度信息
-q 按查询 ID 和 SNP 位置对输出行进行排序
-r 按参考 ID 和 SNP 位置对输出行进行排序
-S 通过传递指定要报告的对齐方式
'show-coords' 行到标准输入
-T 切换到制表符分隔格式
-x int 将周围 SNP 上下文的 x 个字符包含在
输出，默认 0

输入是传递给命令的 nucmer 或 promer 程序的 .delta 输出
线。

输出到标准输出，由 SNP 列表（或
promer）的职位和其他有用的信息。 默认情况下，输出将使用 -r 排序
并且 [BUFF] 列将始终引用其位置已排序的序列。
这个值指定了从这个 SNP 到最近的不匹配（比对结束，
indel、SNP 等）在同一比对中，而 [DIST] 列指定距离
从这个 SNP 到最近的序列末端。 [R] 和 [Q] 列对应的 SNP
应谨慎评估大于 0 的值，因为这些列指定了
与此位置重叠的其他对齐方式。 使用 -C 来确保 SNP 仅报告自
独特的对齐区域。

展示平铺
-a 通过打印制表符分隔来描述平铺路径
对齐区域坐标到标准输出
-c 假设参考序列是循环的，并允许
平铺重叠群跨越原点
-g int 设置聚类对齐之间的最大间隙 [-1, INT_MAX]
-1 的值将代表无穷大
（默认值 = 1000）
（promer 默认值 = -1）
-i float 将最小百分比标识设置为平铺 [0.0, 100.0]
（默认值 = 90.0）
(promer 默认值 = 55.0)
-l int 设置要报告的最小长度 contig [-1, INT_MAX]
-1 的值将代表无穷大
（常见默认值 = 1）
-p file 将查询重叠群的伪分子输出到'file'
-R 通过随机放置来处理重复的重叠群
在他们的复制位置之一（暗示 -V 0）
-t file 输出每个查询序列的 TIGR 样式 contig 列表
充分匹配参考（非圆形）
-u file 输出制表符分隔的对齐区域坐标
无法使用的重叠群“归档”
-v float 将最小重叠群覆盖设置为平铺 [0.0, 100.0]
（nucmer 默认值 = 95.0）单个对齐的总和
（promer 默认值 = 50.0）同线区域的范围
-V float 设置最小重叠群覆盖差异 [0.0, 100.0]
即确定一个对齐所需的差异
比另一个对齐“更好”
（nucmer 默认值 = 10.0）单个对齐的总和
（promer 默认值 = 30.0）同线区域的范围
-x 通过打印 XML contig 描述平铺路径
将信息链接到标准输出

输入是 nucmer 程序的 .delta 输出，在非常相似的序列数据上运行，或
promer 程序的 .delta 输出，在不同的序列数据上运行。

输出到标准输出，由每个对齐查询的预测位置组成
contig 映射到参考序列。 这些坐标参考范围
整个查询重叠群，即使实际上只有一定百分比的重叠群
对齐（除非使用 -a 选项）。 列是，从 ref 开始，在 ref 结束，距离
下一个重叠群、此重叠群的长度、比对覆盖范围、身份、方向和 ID
。

使用 onworks.net 服务在线使用间隙