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mia-3drigidreg - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 mia-3drigidreg

这是命令 mia-3drigidreg,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


mia-3drigidreg - 3D 图像的线性配准。

概要


mia-3drigidreg -i -r -o [选项]

商品描述


mia-3drigidreg 该程序实现了两个灰度 3D 图像的配准。 这
转换不会受到惩罚,因此,应该只使用平移、刚性或
仿射变换作为目标并运行非刚性注册的 mia-3dnonrigidreg 是为了
取得成就。

配置


文件 I / O
-i --in-image=(输入,必填); io
测试图像有关支持的文件类型,请参阅插件:3dimage/io

-r --ref-image=(输入,必填); io
参考图像 有关支持的文件类型,请参阅 PLUGINS:3dimage/io

-o --out-image=(输出,需要); io
注册的输出图像有关支持的文件类型,请参阅插件:3dimage/io

-t --transformation=(输出); io
转换输出文件名 有关支持的文件类型,请参阅
插件:3dtransform/io

-c --cost=ssd
cost functioncost function 支持的插件见PLUGINS:3dimage/cost

-l --levels=3
多重网格级别多重网格级别

-O -​​-optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Optimizer used for minimizationOptimizer used for minimization For
支持的插件见PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=刚性
转换类型转换类型有关支持的插件,请参阅
插件:3dimage/transform

帮助 & 详细信息
-V --verbose=警告
输出的详细程度,打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是:
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
message - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-? - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

加工
--线程=-1
用于处理的最大线程数,这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计)。用于处理的最大线程数,这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 (-1:自动估计)。

插件: 1d/样条bc


镜子 在边界上镜像的样条插值边界条件

(无参数)

重复 在边界处重复值的样条插值边界条件

(无参数)

样条插值边界条件假设外部值为零

(无参数)

插件: 一维/样条内核


样条 B-spline kernel创建,支持的参数有:

d = 3; [0, 5] 中的整数
样条度数。

妈妈们 OMoms-spline 内核创建,支持的参数有:

d = 3; [3, 3] 中的整数
样条度数。

插件: 3d图像/成本


公司 具有掩蔽支持的局部归一化互相关。,支持的参数
是:

w = 5; 输入 [1, 256]
用于评估局部十字的窗口的半宽
相关性。

mi 基于样条解析的互信息,支持的参数有:

= 0; 浮动在 [0, 40]
在高强度和低强度下切割的像素百分比
离群值。

宾士 = 64; 输入 [1, 256]
用于运动图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=3]; 工厂
用于运动图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件
见插件:1d/splinekernel

罗宾斯 = 64; 输入 [1, 256]
用于参考图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=0]; 工厂
用于参考图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件-
ins见PLUGINS:1d/splinekernel

NCC 归一化互相关。

(无参数)

ngf 该函数根据归一化梯度评估图像相似度
领域。 给定 src 图像的归一化梯度场 $_S$ 和图像的 $_R$
参考图像实现了各种评估器,支持的参数有:

评估 = ds; 字典
插件子类型(sq、ds、dot、cross)。 支持的值是:
ds - 尺度差的平方
- 标量乘积核
交叉 - 交叉产品内核

SSD 3D图像成本:平方差之和,支持的参数有:

自动阈值 = 0; 浮动在 [0, 1000]
通过仅获取强度值来使用移动图像的自动屏蔽
到大于给定阈值的帐户。

规范 = 0; 布尔值
设置指标是否应按图像像素数进行归一化。

ssd-自动屏蔽
3D 图像成本:平方差的总和,基于给定的自动屏蔽
阈值,支持的参数有:

阈值 = 0; 双倍的
参考图像的阈值强度值。

阈值 = 0; 双倍的
源图像的阈值强度值。

插件: 二维图像/IO


分析 分析 7.5 图像

可识别的文件扩展名:.HDR、.hdr

支持的元素类型:
无符号 8 位,有符号 16 位,有符号 32 位,浮点 32 位,
浮点 64 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名:.@

迪康 Dicom 图像系列作为 3D

可识别的文件扩展名:.DCM、.dcm

支持的元素类型:
有符号 16 位,无符号 16 位

HDF5 HDF5 3D图像IO

可识别的文件扩展名:.H5、.h5

支持的元素类型:
二进制数据,有符号 8 位,无符号 8 位,有符号 16 位,无符号 16 位,
有符号 32 位、无符号 32 位、有符号 64 位、无符号 64 位、浮动
点 32 位,浮点 64 位

因里亚 INRIA 图像

可识别的文件扩展名:.INR、.inr

支持的元素类型:
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

MHD MetaIO 3D 图像 IO 使用 VTK 实现(实验性)。

可识别的文件扩展名:.MHA、.MHD、.mha、.mhd

支持的元素类型:
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

尼夫提 NIFTI-1 3D 图像 IO

可识别的文件扩展名:.NII、.nii

支持的元素类型:
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位,无符号 32 位,有符号 64 位,无符号 64 位,浮点 32
位,浮点 64 位

声波 VFF 太阳光栅格式

可识别的文件扩展名:.VFF、.vff

支持的元素类型:
无符号 8 位,有符号 16 位

远景 3D视图

可识别的文件扩展名:.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型:
二进制数据,有符号 8 位,无符号 8 位,有符号 16 位,无符号 16 位,
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64


vti 3D 图像 VTK-XML 输入和输出(实验性)。

可识别的文件扩展名:.VTI、.vti

支持的元素类型:
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

虚拟机 3D VTK 图像传统输入和输出(实验性)。

可识别的文件扩展名:.VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage

支持的元素类型:
二进制数据,有符号 8 位,无符号 8 位,有符号 16 位,无符号 16 位,
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64


插件: 3d 图像/变换


仿射 仿射变换(12个自由度),支持的参数有:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

轴旋转 受限旋转变换(1 个自由度)。 变换是
仅限于绕给定轴绕给定旋转的旋转
中心,支持的参数有:

=(必需,3dfvector)
旋转轴。

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

起源 =(必需,3dfvector)
转型的中心。

精制 受限仿射变换(3 个自由度)。 变换是
仅限于围绕给定轴的旋转和沿两个轴的剪切
垂直于给定的,支持的参数是:

=(必需,3dfvector)
旋转轴。

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

起源 =(必需,3dfvector)
转型的中心。

硬性 刚性变换,即旋转和平移(六个自由度)。
支持的参数有:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

起源 = [[0,0,0]]; 3df向量
相对旋转中心,即<0.5,0.5,0.5>对应的中心
音量。

回转 旋转变换(三自由度),支持的参数有:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

起源 = [[0,0,0]]; 3df向量
相对旋转中心,即<0.5,0.5,0.5>对应的中心
音量。

烂弯 受限变换(4 个自由度)。 变换是
仅限于绕 x 和 y 轴的旋转和沿 x 的弯曲
轴,在每个方向上都是独立的,弯曲度随着
距旋转轴的平方距离,支持的参数有:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

诺罗 = 0; 布尔值
不要优化旋转。

起源 =(必需,3dfvector)
转型的中心。

仿样 可以由一组 B 样条系数描述的自由形式变换
和一个底层的 B 样条内核,支持的参数是:

茴香酸 = [[0,0,0]]; 3df向量
以像素为单位的各向异性系数率,非正值将是
被 'rate' 值覆盖..

调试 = 0; 布尔值
启用额外的调试输出。

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

核心 = [bspline:d=3]; 工厂
变换样条核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

罚款 =; 工厂
变换惩罚能量项。 有关支持的插件,请参阅
插件:3dtransform/splinepenalty

= 10; 浮动在 [1, inf)
以像素为单位的各向同性系数率。

翻译 平移(三个自由度),支持的参数有:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

vf 这个插件实现了一个转换,为每个定义了一个翻译
定义转换域的网格点。,支持
参数是:

图像边界 = 镜子; 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件,请参阅
插件:1d/splinekernel

插件: 3d变换/io


BBS 3D 转换的二进制(不可移植)序列化 IO

可识别的文件扩展名:.bbs

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名:.@

远景 3D 转换的 Vista 存储

可识别的文件扩展名:.v、.v3dt

XML 3D 转换的 XML 序列化 IO

可识别的文件扩展名:.x3dt

插件: 3d变换/样条惩罚


卷曲 divcurl 对转换的惩罚,支持的参数是:

卷曲 = 1; 浮动在 [0, inf)
卷曲的惩罚权重。

DIV = 1; 浮动在 [0, inf)
分歧的惩罚权重。

规范 = 0; 布尔值
如果惩罚应该相对于图像进行归一化,则设置为 1
大小。

重量 = 1; 浮在 (0, inf)
惩罚能量的权重。

插件: 最小化/单一成本


达斯 带自动步长校正的梯度下降,支持的参数有:

ftolr = 0; 加倍 [0, inf)
如果标准的相对变化低于..

最大步长 = 2; 双输入 (0, inf)
最大绝对步长。

马克西特 = 200; 输入 [1, inf)
停止准则:最大迭代次数。

最小步 = 0.1; 双输入 (0, inf)
最小绝对步长。

托拉 = 0.01; 加倍 [0, inf)
如果应用于 x 的更改的 inf 范数低于此值,则停止。

粤港澳大湾区 带二次步长估计的梯度下降,支持的参数有:

ftolr = 0; 加倍 [0, inf)
如果标准的相对变化低于..

格托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
如果梯度的 inf 范数低于此值,则停止。

马克西特 = 100; 输入 [1, inf)
停止准则:最大迭代次数。

规模 = 2; 双输入 (1, inf)
回退固定步长缩放。

= 0.1; 双输入 (0, inf)
初始步长。

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
如果 x-update 的 inf 范数低于此值,则停止。

国标 基于 GNU 科学库的 multimin 优化器的优化器插件
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/,支持的参数有:

每股收益 = 0.01; 双输入 (0, inf)
基于梯度的优化器:在 |grad| 时停止< eps,单工:停止时
单纯形尺寸 < eps..

ITER = 100; 输入 [1, inf)
最大迭代次数。

选择 = GD; 字典
要使用的特定优化器.. 支持的值是:
bfgs - 布罗伊登-弗莱彻-戈德法布-香恩
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann(最有效的版本)
CG-FR - Flecher-Reeves 共轭梯度算法
gd - 梯度下降。
- Nelder 和 Mead 的单纯形算法
CG-PR - Polak-Ribiere 共轭梯度算法

= 0.001; 双输入 (0, inf)
初始步长。

TOL = 0.1; 双输入 (0, inf)
一些容差参数。

没有 使用 NLOPT 库的最小化算法,用于描述
优化器请参阅'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms',支持的参数有:

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则:目标值的绝对变化低于
这个值。

ftolr = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则:目标值的相对变化低于
这个值。

更高 = inf; 双倍的
更高的边界(对所有参数都相等)。

本地选择 = 无; 字典
主要可能需要的局部最小化算法
最小化算法.. 支持的值是:
gn-orig-直接-l - 分割矩形(原始实现,
局部偏向)
gn-直接-l-noscal - 分割矩形(未缩放,局部偏置)
gn-isres - 改进的随机排名演化策略
牛顿 - 截断牛顿
gn-direct-l-rand - 分割矩形(局部偏置,随机)
新华 - 通过迭代进行无导数无约束优化
构造二次近似
gn-direct-l-rand-noscale - 分割矩形(未缩放,局部
有偏见的,随机的)
gn-orig-direct - 分割矩形(原始实现)
ld-tnewton-precond - 预处理截断牛顿
ld-tnewton-重启 - 用最速下降重新开始截断牛顿
gn-直接 - 分割矩形
内尔德米德 - Nelder-Mead 单纯形算法
眼镜蛇 - 线性逼近的约束优化
gn-crs2-lm - 带有局部变异的受控随机搜索
ld-var2 - 移位的有限内存变量度量,等级 2
ld-var1 - 移位的有限内存变量度量,等级 1
ld-mma - 移动渐近线的方法
ld-lbfgs-nocedal - 没有任何
ld-lbfgs ‐ 低存储 BFGS
gn-直接-l - 分割矩形(局部偏置)
没有 - 不要指定算法
恩波比卡 - 无导数有界约束优化
ln-sbpx - Nelder-Mead 的 Subplex 变体
新的绑定 - 无导数有界约束优化
迭代构造的二次近似
实践 - 通过主轴的无梯度局部优化
选项
gn-直接-noscal - 分割矩形(未缩放)
ld-tnewton-precond-重新启动 - 预处理截断牛顿与
最速下降重启

降低 = -inf; 双倍的
下边界(对所有参数都相等)。

马克西特 = 100; int in [1, inf)
停止准则:最大迭代次数。

选择 = ld-lbfgs; 字典
主要的最小化算法。 支持的值是:
gn-orig-直接-l - 分割矩形(原始实现,
局部偏向)
g-mlsl-lds ‐ 多级单联动(低差异序列,
需要基于局部梯度的优化和边界)
gn-直接-l-noscal - 分割矩形(未缩放,局部偏置)
gn-isres - 改进的随机排名演化策略
牛顿 - 截断牛顿
gn-direct-l-rand - 分割矩形(局部偏置,随机)
新华 - 通过迭代进行无导数无约束优化
构造二次近似
gn-direct-l-rand-noscale - 分割矩形(未缩放,局部
有偏见的,随机的)
gn-orig-direct - 分割矩形(原始实现)
ld-tnewton-precond - 预处理截断牛顿
ld-tnewton-重启 - 用最速下降重新开始截断牛顿
gn-直接 - 分割矩形
奥拉格-eq - 具有等式约束的增广拉格朗日算法
仅由
内尔德米德 - Nelder-Mead 单纯形算法
眼镜蛇 - 线性逼近的约束优化
gn-crs2-lm - 带有局部变异的受控随机搜索
ld-var2 - 移位的有限内存变量度量,等级 2
ld-var1 - 移位的有限内存变量度量,等级 1
ld-mma - 移动渐近线的方法
ld-lbfgs-nocedal - 没有任何
g-mlsl ‐ 多级单联动(需要局部优化和
界)
ld-lbfgs ‐ 低存储 BFGS
gn-直接-l - 分割矩形(局部偏置)
恩波比卡 - 无导数有界约束优化
ln-sbpx - Nelder-Mead 的 Subplex 变体
新的绑定 - 无导数有界约束优化
迭代构造的二次近似
奥格拉格 - 增广拉格朗日算法
实践 - 通过主轴的无梯度局部优化
选项
gn-直接-noscal - 分割矩形(未缩放)
ld-tnewton-precond-重新启动 - 预处理截断牛顿与
最速下降重启
ld-slsqp ‐ 顺序最小二乘二次规划

= 0; 加倍 [0, inf)
无梯度方法的初始步长。

停止 = -inf; 双倍的
停止准则:函数值低于该值。

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则:所有 x 值的绝对变化都低于此
计算值。

xtolr = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则:所有 x 值的相对变化都低于此
计算值。


将图像 test.v 注册到图像 ref.v 仿射并将注册的图像写入 reg.v。 用
两个多分辨率级别和 ssd 作为成本函数。

mia-3drigidreg -i test.v -r ref.v -o reg.v -l 2 -f 仿射 -c ssd

作者


格特·沃尔尼

版权


本软件版权所有 (c) 1999-2015 德国莱比锡和西班牙马德里。 它来了
绝对没有保证,您可以根据 GNU 的条款重新分发它
通用公共许可证版本 3(或更高版本)。 有关更多信息,请使用
选项“--版权”。

使用 onworks.net 服务在线使用 mia-3drigidreg


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