这是一个名为 NGSEP 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以作为 NGSEPcore_4.0.1.jar 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 NGSEP 的应用程序，可免费使用 OnWorks 在 Linux 中在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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NGSEP 在 Linux 上在线运行
商品描述
NGSEP 是用于分析 DNA 高通量测序数据的集成框架。 NGSEP 的主要用途是构建和下游分析大型基因组变异数据集。 NGSEP 对单核苷酸变体 (SNV)、大小插入缺失、短串联重复序列 (STR)、倒位和拷贝数变体 (CNV) 进行准确检测和基因分型。 NGSEP 还提供功能注释、过滤、格式转换、比较、聚类、插补、基因渗入分析和不同类型的统计模块。 我们的 wiki 中提供了完整的功能列表（https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).新闻：我们刚刚发布了第 4 版的第一个命令行版本，包括我们自己实现的基于 FM 索引的读取对齐器。 命令行使用在整个应用程序中进行了标准化。 请花时间更新脚本以升级到此新版本。 更多详细信息可在 wiki 中找到。
功能
- SNP、CNV 和结构变异检测
- 原始读数与参考基因组的比对
- VCF操作：功能注释、合并、过滤、比较、格式转换、插补
- SAM/BAM 和 VCF 统计计算和绘图
- 读取解复用
- 注释基因组组装的比对
- GFF3 格式转录组注释的统计和过滤
目的
医疗保健行业、科学/研究、其他受众、农业
用户界面
Java SWT、控制台/终端、Eclipse
程式语言
爪哇岛
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/ngsep/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
