هذا هو الأمر bp_search2gffp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المتعددة المجانية عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_search2gff
موجز
الاستخدام:
bp_search2gff [-o outputfile] [-f reportformat] [-i inputfilename] أو file1 file2 ..
الوصف
سيقوم هذا البرنامج النصي بتحويل تقرير SearchIO (BLAST، FASTP، SSEARCH، AXT، WABA) إلى GFF.
الخيارات هي:
-i infilename - (اختياري) inputfilename ، سيقرأ
إما ملفات ARGV أو من STDIN
-o filename - اسم ملف الإخراج [STDOUT الافتراضي]
-f format - تنسيق نتيجة البحث (blast، fasta، waba، axt)
(ssearch هو شكل فاستا). الافتراضي هو الانفجار.
-t/--type seqtype - إذا كنت تريد رؤية معلومات الاستعلام أو النتيجة
في تقرير صندوق التمويل العالمي
-s/--source - حدد المصدر (سيكون اسم الخوارزمية
بخلاف ذلك مثل BLASTN)
--method - علامة الطريقة (primary_tag) للميزات
(الإفتراضي هو التشابه)
--scorefunc - سلسلة أو ملف يتم تقييمه عند تحليله
إلى الإغلاق الذي سيتم تمرير ميزة فيه
الكائن الذي يعيد النتيجة المراد طباعتها
--locfunc - سلسلة أو ملف يتم تقييمه عند تحليله
إلى الإغلاق الذي سيتم تمريره مرتين
الميزات والاستعلام والنقر، وإرجاع
الموقع (Bio::LocationI متوافق) لـ
تم إنشاء ميزة GFF3 لكل HSP؛ الإغلاق
يمكن استخدام clone_loc() وcreate_loc()
وظائف للراحة، راجع PODs الخاصة بهم
--onehsp - اطبع فقط ميزة HSP الأولى لكل ضربة
-p/--parent - الأصل الذي يجب أن تشير إليه ميزات HSP
إذا لم يكن اسم الضربة أو الاستعلام (اعتمادًا على
على --النوع)
--target/--notarget - ما إذا كان سيتم دائمًا إضافة علامة الهدف أم لا
-h - قائمة المساعدة هذه
--version - إصدار GFF الذي يجب استخدامه (ضع 3 هنا لاستخدام gff 3)
--component - إنشاء حقول مكون GFF (الكروموسوم)
-m/--match - إنشاء سطر "match" وهو عبارة عن حاوية
من بين كل التشابهات بين الأشخاص ذوي الحساسية العالية
--addid - إضافة علامة معرف في حالة عدم وجود --match
-c/--cutoff - تحديد قيمة القطع evalue
بالإضافة إلى ذلك ، حدد أسماء الملفات التي تريد معالجتها في سطر الأوامر. إذا لم يكن هناك ملفات
إذا تم تحديدها، فسيتم افتراض إدخال STDIN. يمكنك تحديد ذلك عن طريق: bp_search2gff
file1 file2 ملف3
استخدم bp_search2gffp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net