impala - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - মৌলিক স্থানীয় প্রান্তিককরণ অনুসন্ধান টুল

সাইনোপিসিস

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I "শুরু বন্ধ করা"] [-J "শুরু বন্ধ করা"] [-M Str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ফাইলের নাম] [-d N] [-e X] [-g F] -i ফাইলের নাম
-j ফাইলের নাম [-m] [-o ফাইলের নাম] -p Str [-q N] [-r N] [-t N]

বিস্ফোরণ2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I "শুরু বন্ধ করা"]
[-J "শুরু বন্ধ করা"] [-K N] [-L] [-M Str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ফাইলের নাম]
[-j ফাইলের নাম] [-k Str] [-m N] [-n] [-o ফাইলের নাম] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-টি N] [-উ]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

ব্লাস্টাল [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L শেষ শুরু] [-M Str] [-O ফাইলের নাম] [-P N] [-Q N] [-R ফাইলের নাম] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ফাইলের নাম]
[-l Str] [-m N] [-n] [-o ফাইলের নাম] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L শেষ শুরু] [-M Str] [-O ফাইলের নাম] [-P N] [-Q N] [-R ফাইলের নাম] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ফাইলের নাম] [-l Str]
[-m N] [-n] [-o ফাইলের নাম] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L শেষ শুরু]
[-M Str] [-O ফাইলের নাম] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ফাইলের নাম] [-m N] [-n] [-o ফাইলের নাম] -p Str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u Str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B ফাইলের নাম] [-C ফাইলের নাম] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M Str] [-N X] [-O ফাইলের নাম] [-P N] [-Q ফাইলের নাম] [-R ফাইলের নাম] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ফাইলের নাম] [-j N] [-k ফাইলের নাম] [-l Str] [-m N] [-o ফাইলের নাম] [-p Str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

ইমপাল [-] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M Str] [-O ফাইলের নাম] [-P ফাইলের নাম]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-h X] [-i ফাইলের নাম] [-j N] [-m N] [-o ফাইলের নাম]
[-v N] [-y X] [-z N]

মেগাব্লাস্ট [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L শেষ শুরু] [-M N]
[-N N] [-O ফাইলের নাম] [-P N] [-Q ফাইলের নাম] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f] [-g F] [-i ফাইলের নাম] [-l Str] [-m N] [-n]
[-o ফাইলের নাম] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F Str] [-I] [-J] [-L শেষ শুরু] [-N X] [-O ফাইলের নাম] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ফাইলের নাম [-e X] [-i ফাইলের নাম] [-l ফাইলের নাম] [-m N]
[-o ফাইলের নাম] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

বীজ টপ [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M Str] [-O ফাইলের নাম]
[-S N] [-X N] [-d Str] [-e X] [-f] [-i ফাইলের নাম] [-k ফাইলের নাম] [-o ফাইলের নাম] [-p Str]
[-q N] [-r N]

বর্ণনাঃ

এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠাটি সংক্ষিপ্তভাবে কমান্ডগুলি নথিভুক্ত করে bl2seq, বিস্ফোরণ, ব্লাস্টাল, blastcl3,
blastpgp, ইমপাল, মেগাব্লাস্ট, rpsblast, এবং বীজ টপ. এই কমান্ড নথিভুক্ত করা হয়
একসাথে কারণ তাদের অনেক সাধারণ বিকল্প রয়েছে।

bl2seq blastn বা blastp ব্যবহার করে দুটি সিকোয়েন্সের মধ্যে তুলনা করা হয়
অ্যালগরিদম উভয় ক্রম অবশ্যই নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন হতে হবে।

বিস্ফোরণ2 একটি স্থানীয় ডাটাবেস বা একটি দ্বিতীয় অনুক্রমের সাথে একটি ক্রম তুলনা করে; এটা
উভয়ের বেশিরভাগ কার্যকারিতা অন্তর্ভুক্ত করে bl2seq এবং ব্লাস্টাল, কিন্তু একটি আধা ব্যবহার করে
পরীক্ষামূলক নতুন অভ্যন্তরীণ ইঞ্জিন।

ব্লাস্টাল এবং blastall_old একটি অনুক্রমের জন্য একটি স্থানীয় ডাটাবেসে সেরা মিলগুলি খুঁজুন।
ব্লাস্টাল এর চেয়ে নতুন ইঞ্জিন ব্যবহার করে blastall_old ডিফল্টরূপে, কিন্তু পুরানো ব্যবহার করে সমর্থন করে
পাশাপাশি ইঞ্জিন (যখন বিকল্পটি দিয়ে ডাকা হয় -V F).

blastcl3 নতুন NCBI BLAST সার্চ ইঞ্জিন (সংস্করণ 2.0) অ্যাক্সেস করে। পিছনে সফটওয়্যার
BLAST সংস্করণ 2.0 স্ক্র্যাচ থেকে লেখা হয়েছিল যাতে BLAST নতুন চ্যালেঞ্জগুলি পরিচালনা করতে পারে
আসন্ন বছরগুলিতে সিকোয়েন্স ডাটাবেস দ্বারা জাহির করা হয়েছে। এই সফ্টওয়্যার আপডেট হবে
আগামী বছরগুলিতে চালিয়ে যান।

blastpgp গ্যাপড ব্লাস্টপ অনুসন্ধানগুলি সম্পাদন করে এবং পুনরাবৃত্তিমূলক অনুসন্ধানগুলি করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
psi-ব্লাস্ট এবং ফাই-ব্লাস্ট মোড।

ইমপাল দ্বারা প্রস্তুত স্কোর ম্যাট্রিক্সের একটি ডাটাবেস অনুসন্ধান করে কপিম্যাট(1), ব্লাস্ট-এর মতো উৎপাদন করা
আউটপুট।

মেগাব্লাস্ট Webb Miller et al-এর লোভী অ্যালগরিদম ব্যবহার করে। নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য
প্রান্তিককরণ অনুসন্ধান এবং ডাটাবেস স্ক্যান করার জন্য ব্যয় করা সময় বাঁচাতে অনেক প্রশ্ন সংযুক্ত করে।
এই প্রোগ্রামটি সিকোয়েন্সগুলি সারিবদ্ধ করার জন্য অপ্টিমাইজ করা হয়েছে যা এর ফলে কিছুটা আলাদা
সিকোয়েন্সিং বা অন্যান্য অনুরূপ "ত্রুটি"। এটি আরও সাধারণের চেয়ে 10 গুণ বেশি দ্রুত
সিকোয়েন্স সাদৃশ্য প্রোগ্রাম এবং তাই দ্রুত দুটি বড় সেট তুলনা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
একে অপরের বিরুদ্ধে ক্রম.

rpsblast (বিপরীত PSI-BLAST) প্রোফাইলের একটি ডাটাবেসের বিরুদ্ধে একটি ক্যোয়ারী ক্রম অনুসন্ধান করে।
এটি PSI-BLAST এর বিপরীত যা সিকোয়েন্সের একটি ডাটাবেসের বিরুদ্ধে একটি প্রোফাইল অনুসন্ধান করে,
তাই 'বিপরীত'। rpsblast একটি BLAST-এর মতো অ্যালগরিদম ব্যবহার করে, একক- বা দ্বি-শব্দ খুঁজে বের করে
হিট এবং তারপর এই প্রার্থীর ম্যাচগুলিতে একটি অবিচ্ছিন্ন এক্সটেনশন সম্পাদন করে। যদি একটি
পর্যাপ্ত উচ্চ-স্কোরিং আনগ্যাপড অ্যালাইনমেন্ট উত্পাদিত হয়, একটি ফাঁকযুক্ত এক্সটেনশন সঞ্চালিত হয়
এবং পর্যাপ্ত কম প্রত্যাশিত মান সহ সেই (গ্যাপড) প্রান্তিককরণগুলি রিপোর্ট করা হয়েছে। এই
পদ্ধতিটি IMPALA এর বিপরীতে যা একটি স্মিথ-ওয়াটারম্যান গণনা করে
ক্যোয়ারী এবং প্রতিটি প্রোফাইল, একটি শব্দ-হিট পন্থা ব্যবহার করার পরিবর্তে যেগুলির সাথে মিলে যায়
প্রসারিত করা উচিত।

বীজ টপ দুটি অপেক্ষাকৃত সহজ প্রশ্নের উত্তর:
1. একটি ক্রম এবং প্যাটার্নের একটি ডাটাবেস দেওয়া, অনুক্রমের মধ্যে কোন প্যাটার্নগুলি ঘটে
এবং যেখানে?
2. একটি প্যাটার্ন এবং একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস দেওয়া হয়েছে, কোন সিকোয়েন্সে প্যাটার্ন রয়েছে এবং
কোথায়?

এই কমান্ডগুলির মধ্যে কয়েকটি একাধিক ধরণের তুলনা সমর্থন করে, যা দ্বারা পরিচালিত হয় -p
("প্রোগ্রাম") পতাকা:

ব্লাস্টপ একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স ডাটাবেসের সাথে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের তুলনা করে।

ব্লাস্টন একটি নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ডাটাবেসের সাথে একটি নিউক্লিওটাইড ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের তুলনা করে।

blastx একটি নিউক্লিওটাইড কোয়েরির ছয়-ফ্রেমের ধারণাগত অনুবাদ পণ্যের তুলনা করে
একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে ক্রম (উভয় স্ট্র্যান্ড)। জন্য bl2seq, দ্য
নিউক্লিওটাইড দেওয়া প্রথম ক্রম হওয়া উচিত।

psitblastn একটি নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ডাটাবেসের সাথে একটি প্রোটিন কোয়েরি ক্রম তুলনা করে
একটি ব্যবহার করে সমস্ত ছয়টি রিডিং ফ্রেমে (উভয় স্ট্র্যান্ড) গতিশীলভাবে অনুবাদ করা হয়েছে
PSI-BLAST দ্বারা তৈরি অবস্থান নির্দিষ্ট ম্যাট্রিক্স।

টিব্লাস্টন একটি নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ডাটাবেসের সাথে প্রোটিন ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের তুলনা করে
সমস্ত ছয়টি রিডিং ফ্রেমে গতিশীলভাবে অনুবাদ করা হয়েছে (উভয় স্ট্র্যান্ড)। জন্য bl2seq,
নিউক্লিওটাইড প্রদত্ত দ্বিতীয় ক্রম হওয়া উচিত।

tblastx একটি নিউক্লিওটাইড ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের ছয়-ফ্রেম অনুবাদের সাথে তুলনা করে
একটি নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ডাটাবেসের ছয়-ফ্রেম অনুবাদ।

বিকল্প

বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।

- প্রিন্ট ব্যবহার বার্তা

-A (bl2seq)
Accession.version আকারে ইনপুট ক্রম

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
একাধিক হিট উইন্ডো আকার; সাধারণত ডিফল্ট 0 (একক-হিট এক্সটেনশনের জন্য), কিন্তু
বিচ্ছিন্ন টেমপ্লেট ব্যবহার করার সময় ডিফল্ট 40 হয়।

-B N (বিস্ফোরণ২)
অন-দ্য-ফ্লাই আউটপুট উত্পাদন করুন:
0 কোনটি (ডিফল্ট)
অফসেট এবং মানের মানগুলির 1 টেবিল
2 সিকোয়েন্স ডেটা যোগ করুন
3 টেক্সট ASN.1
4 বাইনারি ASN.1

-B N (ব্লাস্টাল, ব্লাস্টাল_ওল্ড)
blastn বা tblastn মোডে সংযুক্ত প্রশ্নের সংখ্যা

-B ফাইলের নাম (blastpgp)
PSI-BLAST রিস্টার্টের জন্য ইনপুট অ্যালাইনমেন্ট ফাইল

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
blastp বা tblastn-এর জন্য রচনা-ভিত্তিক পরিসংখ্যান ব্যবহার করুন:
ট, ট, ডি, বা ডি
ডিফল্ট (এর সমতুল্য 1 জন্য বিস্ফোরণ2 এবং blastall_old এবং 2 জন্য ব্লাস্টাল
এবং blastcl3)
0, F, বা চ
কোনো রচনা-ভিত্তিক পরিসংখ্যান নেই
1 রচনা-ভিত্তিক পরিসংখ্যান হিসাবে ডালিম 29:2994-3005, 2001
2 রচনা-ভিত্তিক স্কোর সমন্বয় বায়োইনফরমেটিক্স 21:902-911, 2005,
ক্রম বৈশিষ্ট্য উপর শর্তযুক্ত
3 রচনা-ভিত্তিক স্কোর সমন্বয় বায়োইনফরমেটিক্স 21:902-911, 2005,
নিঃশর্তভাবে
blastall, blastall_old, বা blastcl3-এ পরিসংখ্যান সক্ষম করার সময় (অর্থাত, বিস্ফোরণ নয় 2),
সংযোজন u (কেস-সংবেদনশীল) মোডে ইউনিফাইড পি-মান ব্যবহার করতে সক্ষম করে
শুধুমাত্র রাউন্ড 1-এ সারিবদ্ধকরণ এবং রচনামূলক p-মানগুলিকে একত্রিত করা।

-C ফাইলের নাম (blastpgp)
PSI-BLAST চেকপয়েন্টিংয়ের জন্য আউটপুট ফাইল

-C N (সিডটপ)
শুধুমাত্র স্কোর বা না (ডিফল্ট = 1)

-D N (bl2seq)
আউটপুট ফরমেট:
0 প্রথাগত (ডিফল্ট)
1টি সারণী

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
জেনেটিক কোড অনুযায়ী ডাটাবেসের অনুক্রম অনুবাদ করুন N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ডিফল্ট হল 1; শুধুমাত্র tblast* এর ক্ষেত্রে প্রযোজ্য)

-D N (মেগাব্লাস্ট)
আউটপুট প্রকার:
0 প্রান্তিককরণ শেষ পয়েন্ট এবং স্কোর
1টি সমস্ত মুক্ত অংশের শেষ পয়েন্ট
2 ঐতিহ্যগত BLAST আউটপুট (ডিফল্ট)
3টি ট্যাব-সীমাবদ্ধ এক লাইন বিন্যাস
4 ইনক্রিমেন্টাল টেক্সট ASN.1
5 ইনক্রিমেন্টাল বাইনারি ASN.1

-D N (সিডটপ)
সারিবদ্ধ করতে খরচ হ্রাস (ডিফল্ট = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
একটি ফাঁক খরচ প্রসারিত N (-1 ডিফল্ট আচরণ আহ্বান করে)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
একটি ফাঁক খরচ প্রসারিত N (-1 ডিফল্ট আচরণ আহ্বান করে: লোভী হলে নন-অফিন, 2
অন্যথায়)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
একটি ফাঁক খরচ প্রসারিত N (ডিফল্ট হল 1)

-F Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST বা SEG এর জন্য ফিল্টার বিকল্প; থেকে ডিফল্ট
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, এবং megablast, এবং এর জন্য F জন্য
blastpgp, impala, এবং rpsblast।

-F (সিডটপ)
SEG দিয়ে ক্রম ফিল্টার করুন।

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
একটি ফাঁক খোলা খরচ N (-1 ডিফল্ট আচরণ আহ্বান করে)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
একটি ফাঁক খোলা খরচ N (-1 ডিফল্ট আচরণ আহ্বান করে: লোভী হলে নন-অফিন, 5 যদি
গতিশীল প্রোগ্রামিং ব্যবহার করে)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
একটি ফাঁক খোলা খরচ N (ডিফল্ট হল 11)

-H (বিস্ফোরণ২)
HTML আউটপুট উত্পাদন

-H N (blastpgp)
ক্যোয়ারীতে প্রয়োজনীয় অঞ্চলের শেষ (-1 কোয়েরির শেষ নির্দেশ করে)

-H (ইম্পালা)
প্রিন্ট সাহায্য (ব্যবহারের বার্তা থেকে ভিন্ন)

-H N (মেগাব্লাস্ট)
প্রতি ডাটাবেস সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক এইচএসপি (ডিফল্ট 0, সীমাহীন)

-I "শুরু বন্ধ করা" (bl2seq, blast2)
প্রথম (কোয়েরি) ক্রমানুসারে অবস্থান (প্রযোজ্য শুধুমাত্র যদি ফাইলের সাথে নির্দিষ্ট করা থাকে -i ধারণ
একটি একক ক্রম)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) ডিফলাইনে GI দেখান

-J "শুরু বন্ধ করা" (bl2seq, blast2)
দ্বিতীয় (বিষয়) ক্রমানুসারে অবস্থান (প্রযোজ্য শুধুমাত্র যদি ফাইলের সাথে নির্দিষ্ট করা থাকে -j
একটি একক ক্রম রয়েছে)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) ক্যোয়ারী ডিফলাইন বিশ্বাস করুন

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
রাখা একটি অঞ্চল থেকে সেরা হিট সংখ্যা. ডিফল্টরূপে বন্ধ. যদি 100 এর মান ব্যবহার করা হয়
সুপারিশকৃত. খুব উচ্চ মান -v or -b এছাড়াও প্রস্তাবিত হয়.

-K N (সিডটপ)
অভ্যন্তরীণ হিট বাফার সাইজ গুণক (wrt ক্যোয়ারী দৈর্ঘ্য; ডিফল্ট = 2)

-L (বিস্ফোরণ২)
প্রস্থ 12 সহ (ক্লাসিক্যাল মেগা ব্লাস্ট) লুকআপ টেবিল ব্যবহার করুন

-L শেষ শুরু (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সে অবস্থান (rpsblast এর জন্য, শুধুমাত্র blastp মোডে বৈধ)

-M Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন Str (ডিফল্ট = BLOSUM62)

-M N (মেগাব্লাস্ট)
একটি একক অনুসন্ধানের জন্য সর্বাধিক মোট প্রশ্নের দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট = 5000000)

-N (বিস্ফোরণ২)
ট্যাবুলার আউটপুটে সিকোয়েন্স আইডির জন্য শুধুমাত্র অ্যাক্সেস দেখান

-N X (blastpgp, rpsblast)
গ্যাপিং ট্রিগার করার জন্য বিটের সংখ্যা (ডিফল্ট = 22.0)

-N N (মেগাব্লাস্ট)
একটি বিচ্ছিন্ন শব্দ টেমপ্লেটের প্রকার:
0 কোডিং (ডিফল্ট)
1টি সর্বোত্তম
2 দুটি যুগপৎ

-O ফাইলের নাম (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) লিখুন (ASN.1) ক্রম প্রান্তিককরণ
থেকে ফাইলের নাম; শুধুমাত্র blastpgp, impala, rpsblast, এবং seedtop এর জন্য বৈধ -J, এবং
শুধুমাত্র সঙ্গে megablast জন্য বৈধ -ডি 2.

-P X (বিস্ফোরণ২)
আইডেন্টিটি শতাংশ কাট-অফ

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
একক-হিট মোডের জন্য 1 বা একাধিক-হিট মোডের জন্য 0 সেট করুন (ডিফল্ট)। প্রযোজ্য নয়
বিস্ফোরণ করা

-P ফাইলের নাম (ইম্পালা)
ডাটাবেস থেকে ম্যাট্রিক্স প্রোফাইল পড়ুন ফাইলের নাম

-P N (মেগাব্লাস্ট)
একটি হ্যাশ মানের জন্য সর্বাধিক সংখ্যক অবস্থান (উপেক্ষা করার জন্য 0 [ডিফল্ট] সেট করুন)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
জেনেটিক কোড অনুযায়ী ক্যোয়ারী অনুবাদ করুন N /usr/share/ncbi/data/gc.prt-এ (ডিফল্ট
1)

-Q ফাইলের নাম (blastpgp)
ASCII-তে PSI-BLAST ম্যাট্রিক্সের আউটপুট ফাইল

-Q ফাইলের নাম (মেগাব্লাস্ট)
মাস্কড কোয়েরি আউটপুট; প্রয়োজন -D 2

-R (বিস্ফোরণ২)
স্থানীয়ভাবে সর্বোত্তম স্মিথ-ওয়াটারম্যান প্রান্তিককরণ গণনা করুন। (এই বিকল্পটি শুধুমাত্র উপলব্ধ
গ্যাপড টিব্লাস্টনের জন্য।)

-R ফাইলের নাম (ব্লাস্টাল, ব্লাস্টাল_ওল্ড)
PSI-TBLASTN চেকপয়েন্ট ফাইল পড়ুন ফাইলের নাম

-R (blastcl3)
RPS বিস্ফোরণ অনুসন্ধান

-R ফাইলের নাম (blastpgp)
PSI-BLAST রিস্টার্টের জন্য ইনপুট ফাইল

-R (মেগাব্লাস্ট)
আউটপুট শেষে লগ তথ্য রিপোর্ট করুন

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
মেগাব্লাস্ট) ব্লাস্টন, ব্লাস্টএক্স, টিব্লাস্টএক্স-এর জন্য ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করার জন্য স্ট্র্যান্ডগুলি জিজ্ঞাসা করুন:
1 শীর্ষ
2 নীচে
3 উভয় (ডিফল্ট)

-S N (blastpgp)
ক্যোয়ারীতে প্রয়োজনীয় অঞ্চলের শুরু (ডিফল্ট = 1)

-S N (সিডটপ)
কাটঅফ খরচ (ডিফল্ট = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) HTML আউটপুট তৈরি করুন

-T N (বিস্ফোরণ২)
একটি বিচ্ছিন্ন শব্দ টেমপ্লেটের প্রকার:
0 কোডিং (ডিফল্ট)
1টি সর্বোত্তম
2 দুটি যুগপৎ

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের জন্য ছোট হাতের ফিল্টারিং ব্যবহার করুন

-V (bl2seq, blastall, megablast)
উত্তরাধিকার ইঞ্জিন জোর করে ব্যবহার

-V (বিস্ফোরণ২)
ডাটাবেস স্ক্যান করার জন্য পরিবর্তনশীল শব্দ আকার পদ্ধতি ব্যবহার করুন

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) আকারের শব্দ ব্যবহার করুন N (সেরা নিখুঁত ম্যাচের দৈর্ঘ্য;
শূন্য ডিফল্ট আচরণকে আহ্বান করে, মেগাব্লাস্ট ছাড়া, যা ডিফল্ট 28, এবং
blastpgp, যা ডিফল্ট 3। অন্যান্য কমান্ডের ডিফল্ট মান এর সাথে পরিবর্তিত হয়
"প্রোগ্রাম": ব্লাস্টনের জন্য 11, মেগাব্লাস্টের জন্য 28 এবং অন্য সবকিছুর জন্য 3।)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) ফাঁক সারিবদ্ধকরণের জন্য X ড্রপঅফ মান (এ
বিট) (শূন্য ডিফল্ট আচরণকে আহ্বান করে, মেগাব্লাস্ট ছাড়া, যা ডিফল্ট 20,
এবং rpsblast এবং seedtop, যা ডিফল্ট 15। অন্যটির জন্য ডিফল্ট মান
কমান্ড "প্রোগ্রাম" এর সাথে পরিবর্তিত হয়: blastn এর জন্য 30, megablast এর জন্য 20, tblastx এর জন্য 0, এবং
অন্য সবকিছুর জন্য 15।)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) অনুসন্ধান স্থানের কার্যকরী দৈর্ঘ্য (এর জন্য শূন্য ব্যবহার করুন
আসল আকার)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
মেগাব্লাস্ট, আরপিএসব্লাস্ট) চূড়ান্ত [ডাইনামিক প্রোগ্রামিং?] এর জন্য এক্স ড্রপঅফ মান ফাঁক করা হয়েছে
বিটগুলিতে সারিবদ্ধকরণ (ব্লাস্টন এবং মেগাব্লাস্টের জন্য ডিফল্ট 100, tblastx-এর জন্য 0, 25 এর জন্য
অন্যান্য)

-a ফাইলের নাম (bl2seq)
ASN.1 আউটপুটে পাঠ্য লিখুন ফাইলের নাম

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ব্যবহার করার জন্য থ্রেডের সংখ্যা (ডিফল্ট একটি)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) সারিবদ্ধকরণ দেখানোর জন্য ডাটাবেস সিকোয়েন্সের সংখ্যা
(B) (ডিফল্ট হল 250)

-c (বিস্ফোরণ২)
ছোট হাতের মাস্ক

-c N (ইম্পালা)
মাল্টিপাস সংস্করণের জন্য সিউডোকাউন্টে ধ্রুবক; 0 (ডিফল্ট) এনট্রপি পদ্ধতি ব্যবহার করে;
অন্যথায় 30 এর কাছাকাছি একটি মান সুপারিশ করা হয়

-c N (ইম্পালা)
মাল্টিপাস সংস্করণের জন্য সিউডোকাউন্টে ধ্রুবক (ডিফল্ট 10)

-d N (bl2seq)
এর তাত্ত্বিক DB আকার ব্যবহার করুন N (শূন্য মানে আসল আকার)

-d Str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) ব্যবহার করার জন্য ডেটাবেস (ডিফল্ট সব এক্সিকিউটেবলের জন্য nr হয়
blast2 ব্যতীত, যার জন্য একটি দ্বিতীয় FASTA ক্রম প্রয়োজন যদি এটি সেট করা না থাকে)

-d ফাইলের নাম (rpsblast)
RPS BLAST ডাটাবেস

-e X প্রত্যাশা মান (E) (ডিফল্ট = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
হিট বাড়ানোর জন্য থ্রেশহোল্ড, শূন্য হলে ডিফল্ট: ব্লাস্টন এবং মেগাব্লাস্টের জন্য 0, এর জন্য 11
blastp, blastx এর জন্য 12, এবং tblasn এবং tblastx এর জন্য 13 টি।

-f N (blastpgp)
হিট বাড়ানোর জন্য থ্রেশহোল্ড (ডিফল্ট 11)

-f (মেগাব্লাস্ট)
আউটপুটে সম্পূর্ণ আইডি দেখান (ডিফল্ট: শুধুমাত্র জিআই বা অ্যাক্সেস)

-f (সিডটপ)
নিদর্শনগুলির জন্য জোর করে অনুসন্ধান করুন এমনকি যদি সেগুলি খুব সম্ভব হয়

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
গ্যাপড অ্যালাইনমেন্ট করবেন না (tblastx এর জন্য N/A)

-g (বিস্ফোরণ২)
ফাঁকযুক্ত এক্সটেনশনের জন্য লোভী অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন

-g F (মেগাব্লাস্ট)
ডাটাবেসের প্রতিটি বেসের জন্য বিচ্ছিন্ন মেগাব্লাস্ট শব্দ তৈরি করুন
(বর্তমান BLAST ইঞ্জিনের সাথে বাধ্যতামূলক)

-h N (বিস্ফোরণ২)
ফ্রেমের বাইরে গ্যাপিংয়ের জন্য ফ্রেম শিফ্ট পেনাল্টি (ব্লাস্টএক্স, শুধুমাত্র টিব্লাস্টন; ডিফল্ট হল
শূন্য)

-h X (blastpgp, impala)
মাল্টিপাস মডেলে অন্তর্ভুক্তির জন্য ই-মান থ্রেশহোল্ড (ব্লাস্টপিজিপির জন্য ডিফল্ট = 0.002,
ইমপালের জন্য 0.005)

-i ফাইলের নাম
পড়ুন (প্রথম, প্রশ্ন) ক্রম বা সেট থেকে ফাইলের নাম (ডিফল্ট হল stdin; এর জন্য প্রয়োজন নেই
blastpgp যদি স্কোরম্যাট থেকে পুনরায় চালু হয়)

-j ফাইলের নাম (bl2seq, blast2)
দ্বিতীয় (বিষয়) ক্রম পড়ুন বা থেকে সেট করুন ফাইলের নাম

-j N (blastpgp)
মাল্টিপাস সংস্করণে সর্বাধিক পাসের সংখ্যা (ডিফল্ট = 1)

-k Str (বিস্ফোরণ২)
PHI-BLAST এর জন্য প্যাটার্ন

-k ফাইলের নাম (blastpgp, seedtop)
PHI-BLAST এর জন্য ইনপুট হিট ফাইল (ডিফল্ট = hit_file)

-l Str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
জিআই এর [স্ট্রিং] তালিকায় ডাটাবেসের অনুসন্ধান সীমাবদ্ধ করুন

-l ফাইলের নাম (rpsblast)
বার্তা লগ করুন ফাইলের নাম আদর্শ ত্রুটির পরিবর্তে।

-m (bl2seq)
অনুসন্ধানের জন্য মেগা ব্লাস্ট ব্যবহার করুন

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) প্রান্তিককরণ দৃশ্য বিকল্প:
0 জোড়াভাবে (ডিফল্ট)
1টি ক্যোয়ারী-অ্যাঙ্কর করা পরিচয় দেখাচ্ছে
2 কোয়েরি-অ্যাঙ্করড, কোনো পরিচয় নেই
3 ফ্ল্যাট কোয়েরি-অ্যাঙ্কর করা, পরিচয় দেখান
4 ফ্ল্যাট কোয়েরি-অ্যাঙ্করড, কোনো পরিচয় নেই
5 কোয়েরি-অ্যাঙ্করড, কোনো পরিচয় নেই এবং ভোঁতা শেষ
6 ফ্ল্যাট কোয়েরি-অ্যাঙ্করড, কোনো পরিচয় নেই এবং ভোঁতা শেষ
7 XML ব্লাস্ট আউটপুট (ইম্পালার জন্য উপলব্ধ নয়)
8 ট্যাবুলার (ইম্পালার জন্য উপলব্ধ নয়)
মন্তব্য লাইন সহ 9টি সারণী (ইম্পালার জন্য উপলব্ধ নয়)
10 ASN.1 পাঠ্য (ইম্পালা বা rpsblast এর জন্য উপলব্ধ নয়)
11 ASN.1 বাইনারি (ইম্পালা বা আরপিএসব্লাস্টের জন্য উপলব্ধ নয়)

-n (বিস্ফোরণ২)
সিকোয়েন্স আইডিতে GI দেখান

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
মেগাব্লাস্ট অনুসন্ধান

-n (মেগাব্লাস্ট)
অ্যাফাইন গ্যাপ স্কোরের জন্য নন-লোভী (ডাইনামিক প্রোগ্রামিং) এক্সটেনশন ব্যবহার করুন

-o ফাইলের নাম
চূড়ান্ত প্রান্তিককরণ রিপোর্ট লিখুন ফাইলের নাম বরং stdout চেয়ে

-p Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"প্রোগ্রাম" ব্যবহার করুন (তুলনা প্রকার) Str. দ্য বর্ণনাঃ অধ্যায় এই কভার
আরও বিস্তারিতভাবে বিকল্প।

-p Str (blastpgp)
PHI-BLAST এর জন্য প্রোগ্রাম বিকল্প (ডিফল্ট = blastpgp)

-p X (মেগাব্লাস্ট)
আইডেন্টিটি শতাংশ কাট-অফ (ডিফল্ট = 0)

-p F (rpsblast)
ক্যোয়ারী ক্রম হল নিউক্লিওটাইড, প্রোটিন নয়

-p Str (সিডটপ)
অনুষ্ঠানের নাম:
patmatchp নির্দেশ করে যে কোন প্যাটার্নগুলি একটি ক্রমানুসারে ঘটে
patternp নির্দেশ করে কোন সিকোয়েন্সে একটি প্যাটার্ন রয়েছে

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
মেগাব্লাস্ট, সিডটপ) নিউক্লিওটাইড অমিলের জন্য শাস্তি (শুধুমাত্র ব্লাস্ট) (ডিফল্ট = -10
সিডটপের জন্য, -3 অন্য সবকিছুর জন্য)

-q N (blastpgp)
চেকপয়েন্ট ডেটার ASN.1 স্কোরম্যাট ইনপুট:
0 নেই স্কোরম্যাট ইনপুট (ডিফল্ট)
1 ASCII স্কোরম্যাট চেকপয়েন্ট ফাইল থেকে পুনরায় চালু করুন
2 বাইনারি স্কোরম্যাট চেকপয়েন্ট ফাইল থেকে পুনরায় চালু করুন

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
মেগাব্লাস্ট, সিডটপ) একটি নিউক্লিওটাইড ম্যাচের জন্য পুরস্কার (শুধুমাত্র ব্লাস্ট) (এর জন্য ডিফল্ট = 10
বীজ টপ, -10 অন্য সবকিছুর জন্য)

-s (বিস্ফোরণ২)
নো-অপ (ডাটাবেসের প্রতিটি ভিত্তির জন্য পূর্বে অনুরোধ করা শব্দ তৈরি করা হয়েছে)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
স্থানীয়ভাবে সর্বোত্তম স্মিথ-ওয়াটারম্যান প্রান্তিককরণ গণনা করুন। blastall এর জন্য, blastall_old, এবং
blastcl3, এটি শুধুমাত্র gapped tblastn মোডে উপলব্ধ।

-s N (মেগাব্লাস্ট)
রিপোর্ট করার জন্য ন্যূনতম হিট স্কোর (ডিফল্ট আচরণের জন্য 0)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
একটি বিচ্ছিন্ন শব্দ টেমপ্লেটের দৈর্ঘ্য (অনুবাদে অনুমোদিত বৃহত্তম ইন্ট্রন
একাধিক স্বতন্ত্র অ্যাসাইনমেন্ট লিঙ্ক করার সময় নিউক্লিওটাইড ক্রম; ডিফল্ট = 0;
নেতিবাচক মান blastall, blastall_old, এবং blastcl3 এর জন্য লিঙ্কিং অক্ষম করে।)

-t N[u] (blastpgp)
রচনা-ভিত্তিক স্কোর সমন্বয়। প্রথম অক্ষরটি নিম্নরূপ ব্যাখ্যা করা হয়:
0, F, বা চ
কোন রচনা-ভিত্তিক পরিসংখ্যান নেই
1 রচনা ভিত্তিক পরিসংখ্যান হিসাবে ডালিম 29:2994-3005, 2001
2, টি, বা টি
রচনা-ভিত্তিক স্কোর সমন্বয় হিসাবে বায়োইনফরমেটিক্স 21:902-911, 2005,
রাউন্ড 1 এ সিকোয়েন্স বৈশিষ্ট্যের উপর শর্তযুক্ত (ডিফল্ট)
3 রচনা-ভিত্তিক স্কোর সমন্বয় হিসাবে বায়োইনফরমেটিক্স 21:902-911, 2005,
নিঃশর্তভাবে রাউন্ড 1 এ

যখন রচনা-ভিত্তিক পরিসংখ্যান ব্যবহার করা হয়, সংযোজন u (কেস-সংবেদনশীল) থেকে
আর্গুমেন্ট পি-মান এবং কম্পোজিশনাল পি- এলাইনমেন্টের সমন্বয়ে ইউনিফাইড পি-মানের অনুরোধ করে।
মান শুধুমাত্র রাউন্ড 1 এ।

-t N (মেগাব্লাস্ট)
একটি বিচ্ছিন্ন শব্দ টেমপ্লেটের দৈর্ঘ্য (সংলগ্ন শব্দ যদি 0 [ডিফল্ট])

-u (বিস্ফোরণ২)
শুধুমাত্র মুক্ত প্রান্তিককরণ করুন (tblastx এর জন্য সর্বদা সত্য)

-u Str (blastcl3)
Entrez2 লুকআপের ফলাফলে ডাটাবেসের অনুসন্ধান সীমাবদ্ধ করুন

-u N (blastpgp)
চেকপয়েন্ট ডেটার ASN.1 স্কোরম্যাট আউটপুট:
0 স্কোরম্যাট আউটপুট নেই (ডিফল্ট)
1 আউটপুট ASCII স্কোরম্যাট চেকপয়েন্ট ফাইল (প্রয়োজন -J)
2 আউটপুট বাইনারি স্কোরম্যাট চেকপয়েন্ট ফাইল (প্রয়োজন -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) দেখানোর জন্য এক-লাইন বর্ণনার সংখ্যা (V) (ডিফল্ট =
500)

-w N (বিস্ফোরণ২)
উইন্ডোর আকার (প্রাথমিক হিটগুলির একটি জোড়ার মধ্যে সর্বাধিক অনুমোদিত দূরত্ব; 0 আহ্বান
ডিফল্ট আচরণ, -1 একাধিক হিট বন্ধ করে)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
ফ্রেম শিফট পেনাল্টি (ব্লাস্টএক্সের জন্য OOF অ্যালগরিদম)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X ড্রপঅফ বিটগুলিতে আনগ্যাপড এক্সটেনশনের জন্য (0.0 ডিফল্ট আহ্বান করে
আচরণ: ব্লাস্টনের জন্য 20, মেগাব্লাস্টের জন্য 10 এবং অন্যদের জন্য 7টি।)

-y N (মেগাব্লাস্ট)
আনগ্যাপড এক্সটেনশনের জন্য X ড্রপঅফ মান (ডিফল্ট হল 10)

-z N (বিস্ফোরণ২)
অসম ফাঁক এইচএসপি লিঙ্কের জন্য দীর্ঘতম ইন্ট্রন দৈর্ঘ্য (শুধুমাত্র tblastn; ডিফল্ট 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
মেগাব্লাস্ট, আরপিএসব্লাস্ট) ডাটাবেসের কার্যকরী দৈর্ঘ্য (প্রকৃত আকারের জন্য শূন্য ব্যবহার করুন)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ইমপালা ব্যবহার করুন