āĻāĻāĻŋ āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - āĻŽā§āĻ˛āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻā§āĻ˛
āĻ¸āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¸
bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž"] [-J "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž"] [-M Str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-d N] [-e X] [-g F] -i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
-j āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ [-m] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] -p Str [-q N] [-r N] [-t N]
āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž"]
[-J "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž"] [-K N] [-L] [-M Str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ]
[-j āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-k Str] [-m N] [-n] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-āĻāĻŋ N] [-āĻ]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]
āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛ [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§] [-M Str] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P N] [-Q N] [-R āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ]
[-l Str] [-m N] [-n] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]
blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§] [-M Str] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P N] [-Q N] [-R āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-l Str]
[-m N] [-n] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]
blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§]
[-M Str] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-m N] [-n] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] -p Str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u Str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]
blastpgp [-] [-A N] [-B āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-C āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M Str] [-N X] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P N] [-Q āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-R āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-j N] [-k āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-l Str] [-m N] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-p Str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]
āĻāĻŽāĻĒāĻžāĻ˛ [-] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M Str] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-h X] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-j N] [-m N] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ]
[-v N] [-y X] [-z N]
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§] [-M N]
[-N N] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P N] [-Q āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f] [-g F] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-l Str] [-m N] [-n]
[-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]
rpsblast [-] [-F Str] [-I] [-J] [-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§] [-N X] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ [-e X] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-l āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-m N]
[-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]
āĻŦā§āĻ āĻāĻĒ [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M Str] [-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ]
[-S N] [-X N] [-d Str] [-e X] [-f] [-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-k āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-p Str]
[-q N] [-r N]
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ āĻĒā§āĻˇā§āĻ āĻžāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻā§āĻˇāĻŋāĻĒā§āĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¨āĻĨāĻŋāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§ bl2seq, āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ, āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛, blastcl3,
blastpgp, āĻāĻŽāĻĒāĻžāĻ˛, āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ, rpsblast, āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻ āĻāĻĒ. āĻāĻ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¨āĻĨāĻŋāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻāĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
bl2seq blastn āĻŦāĻž blastp āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻŦāĻž āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤
āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ2 āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻŦāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§; āĻāĻāĻž
āĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻŦā§āĻļāĻŋāĻ°āĻāĻžāĻ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ¤āĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§ bl2seq āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ§āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§
āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻ āĻā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻŖ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨āĨ¤
āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛ āĻāĻŦāĻ blastall_old āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§ āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻŽāĻŋāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻā§āĻāĻā§āĻ¨āĨ¤
āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛ āĻāĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ blastall_old āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻāĻ°ā§
āĻĒāĻžāĻļāĻžāĻĒāĻžāĻļāĻŋ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ (āĻ¯āĻāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĄāĻžāĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧ -V F).
blastcl3 āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ NCBI BLAST āĻ¸āĻžāĻ°ā§āĻ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ (āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 2.0) āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ¸ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻĒāĻŋāĻāĻ¨ā§ āĻ¸āĻĢāĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ¯āĻžāĻ°
BLAST āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 2.0 āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻĨā§āĻā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻāĻŋāĻ˛ āĻ¯āĻžāĻ¤ā§ BLAST āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛ā§āĻā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨ āĻŦāĻāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻžāĻšāĻŋāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻ āĻ¸āĻĢā§āĻāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ¯āĻžāĻ° āĻāĻĒāĻĄā§āĻ āĻšāĻŦā§
āĻāĻāĻžāĻŽā§ āĻŦāĻāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻ¨āĨ¤
blastpgp āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻĒ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
psi-āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻĢāĻžāĻ-āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻŽā§āĻĄāĨ¤
āĻāĻŽāĻĒāĻžāĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻāĻĒāĻŋāĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ(1), āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻāĨ¤
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ Webb Miller et al-āĻāĻ° āĻ˛ā§āĻā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻ¯āĻŧ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻžāĻāĻāĻžāĻ¤ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯āĻž āĻāĻ° āĻĢāĻ˛ā§ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻž āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž
āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻ āĻŦāĻž āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ "āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻāĻŋ"āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ°āĻ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻŧā§ 10 āĻā§āĻŖ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤
āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸āĻžāĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻžāĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ¸ā§āĻ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻā§ āĻ āĻĒāĻ°ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ.
rpsblast (āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ PSI-BLAST) āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻāĻŋ PSI-BLAST āĻāĻ° āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ āĻ¯āĻž āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§,
āĻ¤āĻžāĻ 'āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤'āĨ¤ rpsblast āĻāĻāĻāĻŋ BLAST-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§, āĻāĻāĻ- āĻŦāĻž āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻā§āĻāĻā§ āĻŦā§āĻ° āĻāĻ°ā§
āĻšāĻŋāĻ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻžāĻ°āĻĒāĻ° āĻāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ°ā§āĻĨā§āĻ° āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ
āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ¤ āĻāĻā§āĻ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻ¨āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻāĻŦāĻ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ¤ āĻāĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻ¤ā§āĻ¯āĻžāĻļāĻŋāĻ¤ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻš āĻ¸ā§āĻ (āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ) āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻ
āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ IMPALA āĻāĻ° āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻŽāĻŋāĻĨ-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛, āĻāĻāĻāĻŋ āĻļāĻŦā§āĻĻ-āĻšāĻŋāĻ āĻĒāĻ¨ā§āĻĨāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻ¯ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§ āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ
āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤
āĻŦā§āĻ āĻāĻĒ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ āĻĒā§āĻā§āĻˇāĻžāĻā§āĻ¤ āĻ¸āĻšāĻ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¤ā§āĻ¤āĻ°:
1. āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž, āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻā§
āĻāĻŦāĻ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§?
2. āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§, āĻā§āĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻāĻŦāĻ
āĻā§āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ?
āĻāĻ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ§āĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻāĻ°ā§, āĻ¯āĻž āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ˛āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ -p
("āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ") āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž:
āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻĒ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĨ¤
blastx āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻāĻ¯āĻŧ-āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻ° āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻžāĻāĻ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻĒāĻŖā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ (āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ)āĨ¤ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ bl2seq, āĻĻā§āĻ¯
āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻšāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤
psitblastn āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻ¯āĻŧāĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻĄāĻŋāĻ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽā§ (āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ) āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛āĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
PSI-BLAST āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸āĨ¤
āĻāĻŋāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻ¯āĻŧāĻāĻŋ āĻ°āĻŋāĻĄāĻŋāĻ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽā§ āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛āĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ (āĻāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ)āĨ¤ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ bl2seq,
āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻšāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤
tblastx āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¯āĻŧ-āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¯āĻŧ-āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻāĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻžāĻāĻļ āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
- āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž
-A (bl2seq)
Accession.version āĻāĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻā§āĻ°āĻŽ
-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻšāĻŋāĻ āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§ āĻāĻāĻžāĻ°; āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻ¤ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 0 (āĻāĻāĻ-āĻšāĻŋāĻ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯), āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§
āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 40 āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
-B N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻ āĻ¨-āĻĻā§āĻ¯-āĻĢā§āĻ˛āĻžāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
0 āĻā§āĻ¨āĻāĻŋ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
āĻ āĻĢāĻ¸ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° 1 āĻā§āĻŦāĻŋāĻ˛
2 āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĄā§āĻāĻž āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
3 āĻā§āĻā§āĻ¸āĻ ASN.1
4 āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ ASN.1
-B N (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛, āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛_āĻāĻ˛ā§āĻĄ)
blastn āĻŦāĻž tblastn āĻŽā§āĻĄā§ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
-B āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastpgp)
PSI-BLAST āĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
blastp āĻŦāĻž tblastn-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨:
āĻ, āĻ, āĻĄāĻŋ, āĻŦāĻž āĻĄāĻŋ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ (āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¤ā§āĻ˛ā§āĻ¯ 1 āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ2 āĻāĻŦāĻ blastall_old āĻāĻŦāĻ 2 āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤ āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛
āĻāĻŦāĻ blastcl3)
0, F, āĻŦāĻž āĻ
āĻā§āĻ¨ā§ āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ
1 āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻ˛āĻŋāĻŽ ā§Ē:ā§§-ā§§ā§Ģ, ā§¨ā§Ģ
2 āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¸ 21:902-911, 2005,
āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ° āĻļāĻ°ā§āĻ¤āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤
3 āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¸ 21:902-911, 2005,
āĻ¨āĻŋāĻāĻļāĻ°ā§āĻ¤āĻāĻžāĻŦā§
blastall, blastall_old, āĻŦāĻž blastcl3-āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ (āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžāĻ¤, āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ āĻ¨āĻ¯āĻŧ 2),
āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻāĻ¨ u (āĻā§āĻ¸-āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛) āĻŽā§āĻĄā§ āĻāĻāĻ¨āĻŋāĻĢāĻžāĻāĻĄ āĻĒāĻŋ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ°āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĄ 1-āĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻ°āĻāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ p-āĻŽāĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻžāĨ¤
-C āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastpgp)
PSI-BLAST āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-C N (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻŦāĻž āĻ¨āĻž (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 1)
-D N (bl2seq)
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ:
0 āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻžāĻāĻ¤ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1āĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŖā§
-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻĄ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 1; āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° tblast* āĻāĻ° āĻā§āĻˇā§āĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯)
-D N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°:
0 āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻļā§āĻˇ āĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°
1āĻāĻŋ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻŽā§āĻā§āĻ¤ āĻ āĻāĻļā§āĻ° āĻļā§āĻˇ āĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ
2 āĻāĻ¤āĻŋāĻšā§āĻ¯āĻāĻ¤ BLAST āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
3āĻāĻŋ āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦ-āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸
4 āĻāĻ¨āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻ˛ āĻā§āĻā§āĻ¸āĻ ASN.1
5 āĻāĻ¨āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽā§āĻ¨ā§āĻāĻžāĻ˛ āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ ASN.1
-D N (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻ°āĻ āĻšā§āĻ°āĻžāĻ¸ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 99999)
-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ N (-1 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§)
-E N (blast2, blastall, blastall_old)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ N (-1 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§: āĻ˛ā§āĻā§ āĻšāĻ˛ā§ āĻ¨āĻ¨-āĻ āĻĢāĻŋāĻ¨, 2
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ)
-E N (blastpgp, impala, seedtop)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ N (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 1)
-F Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST āĻŦāĻž SEG āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ; āĻĨā§āĻā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, āĻāĻŦāĻ megablast, āĻāĻŦāĻ āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ F āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤
blastpgp, impala, āĻāĻŦāĻ rpsblastāĨ¤
-F (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
SEG āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻž āĻāĻ°āĻ N (-1 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§)
-G N (blast2, blastall, blastall_old)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻž āĻāĻ°āĻ N (-1 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§: āĻ˛ā§āĻā§ āĻšāĻ˛ā§ āĻ¨āĻ¨-āĻ āĻĢāĻŋāĻ¨, 5 āĻ¯āĻĻāĻŋ
āĻāĻ¤āĻŋāĻļā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§)
-G N (blastpgp, impala, seedtop)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻā§āĻ˛āĻž āĻāĻ°āĻ N (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 11)
-H (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
HTML āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨
-H N (blastpgp)
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ā§āĻ° āĻļā§āĻˇ (-1 āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻļā§āĻˇ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°ā§)
-H (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž)
āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ (āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻĨā§āĻā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨)
-H N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻ āĻāĻāĻāĻāĻ¸āĻĒāĻŋ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 0, āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻšā§āĻ¨)
-I "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž" (bl2seq, blast2)
āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ (āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ) āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ (āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĨāĻžāĻā§ -i āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ)
-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ GI āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨
-J "āĻļā§āĻ°ā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž" (bl2seq, blast2)
āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ (āĻŦāĻŋāĻˇāĻ¯āĻŧ) āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ (āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻĨāĻžāĻā§ -j
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§)
-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻŦāĻžāĻ¸ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
āĻ°āĻžāĻāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻšāĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž. āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§. āĻ¯āĻĻāĻŋ 100 āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¸ā§āĻĒāĻžāĻ°āĻŋāĻļāĻā§āĻ¤. āĻā§āĻŦ āĻāĻā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ -v or -b āĻāĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ.
-K N (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻ āĻā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻŖ āĻšāĻŋāĻ āĻŦāĻžāĻĢāĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻā§āĻŖāĻ (wrt āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 2)
-L (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨ 12 āĻ¸āĻš (āĻā§āĻ˛āĻžāĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛ āĻŽā§āĻāĻž āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) āĻ˛ā§āĻāĻāĻĒ āĻā§āĻŦāĻŋāĻ˛ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-L āĻļā§āĻˇ āĻļā§āĻ°ā§ (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ (rpsblast āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° blastp āĻŽā§āĻĄā§ āĻŦā§āĻ§)
-M Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ Str (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = BLOSUM62)
-M N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨ā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 5000000)
-N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ¸ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨
-N X (blastpgp, rpsblast)
āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 22.0)
-N N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°:
0 āĻā§āĻĄāĻŋāĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1āĻāĻŋ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ
2 āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¯ā§āĻāĻĒā§
-O āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ¨ (ASN.1) āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ
āĻĨā§āĻā§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ; āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° blastpgp, impala, rpsblast, āĻāĻŦāĻ seedtop āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ§ -J, āĻāĻŦāĻ
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻā§āĻā§ megablast āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ§ -āĻĄāĻŋ 2.
-P X (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻāĻāĻĄā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻāĻŋ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻāĻžāĻ-āĻ āĻĢ
-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
āĻāĻāĻ-āĻšāĻŋāĻ āĻŽā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 1 āĻŦāĻž āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ-āĻšāĻŋāĻ āĻŽā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0 āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)āĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¯ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž
-P āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž)
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻĨā§āĻā§ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻĒā§āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
-P N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻšā§āĻ¯āĻžāĻļ āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ (āĻāĻĒā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0 [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ] āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨)
-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻĄ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ N /usr/share/ncbi/data/gc.prt-āĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ
1)
-Q āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastpgp)
ASCII-āĻ¤ā§ PSI-BLAST āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-Q āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻŽāĻžāĻ¸ā§āĻāĻĄ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ; āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ -D 2
-R (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻ¸ā§āĻŽāĻŋāĻĨ-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ (āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§
āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻāĻŋāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤)
-R āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛, āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ˛_āĻāĻ˛ā§āĻĄ)
PSI-TBLASTN āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
-R (blastcl3)
RPS āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨
-R āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastpgp)
PSI-BLAST āĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
-R (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻļā§āĻˇā§ āĻ˛āĻ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨, āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻāĻā§āĻ¸, āĻāĻŋāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻāĻā§āĻ¸-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻ§ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻžāĻ¸āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨:
1 āĻļā§āĻ°ā§āĻˇ
2 āĻ¨ā§āĻā§
3 āĻāĻāĻ¯āĻŧ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
-S N (blastpgp)
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 1)
-S N (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻāĻ°āĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 30)
-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) HTML āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-T N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°:
0 āĻā§āĻĄāĻŋāĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1āĻāĻŋ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ
2 āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¯ā§āĻāĻĒā§
-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻ āĻšāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ°āĻŋāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-V (bl2seq, blastall, megablast)
āĻāĻ¤ā§āĻ¤āĻ°āĻžāĻ§āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻā§āĻ° āĻāĻ°ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°
-V (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨āĻļā§āĻ˛ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻāĻāĻžāĻ° āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ N (āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻā§āĻāĻ¤ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯;
āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖāĻā§ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§, āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž, āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 28, āĻāĻŦāĻ
blastpgp, āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 3āĨ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
"āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ": āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 11, āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 28 āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŦāĻāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 3āĨ¤)
-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) āĻĢāĻžāĻāĻ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ X āĻĄā§āĻ°āĻĒāĻ āĻĢ āĻŽāĻžāĻ¨ (āĻ
āĻŦāĻŋāĻ) (āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖāĻā§ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§, āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž, āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 20,
āĻāĻŦāĻ rpsblast āĻāĻŦāĻ seedtop, āĻ¯āĻž āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 15āĨ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻāĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻŽāĻžāĻ¨
āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ "āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ" āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ: blastn āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 30, megablast āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 20, tblastx āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0, āĻāĻŦāĻ
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŦāĻāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 15āĨ¤)
-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻ¸āĻ˛ āĻāĻāĻžāĻ°)
-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ, āĻāĻ°āĻĒāĻŋāĻāĻ¸āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ [āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ?] āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻā§āĻ¸ āĻĄā§āĻ°āĻĒāĻ āĻĢ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 100, tblastx-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0, 25 āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯)
-a āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (bl2seq)
ASN.1 āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻĒāĻžāĻ ā§āĻ¯ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĨā§āĻ°ā§āĻĄā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻāĻŋ)
-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻāĻ°āĻŖ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž
(B) (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 250)
-c (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻā§āĻ āĻšāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ¸ā§āĻ
-c N (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž)
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻžāĻ¸ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŋāĻāĻĄā§āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻā§ āĻ§ā§āĻ°ā§āĻŦāĻ; 0 (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ) āĻāĻ¨āĻā§āĻ°āĻĒāĻŋ āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§;
āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ 30 āĻāĻ° āĻāĻžāĻāĻžāĻāĻžāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻĒāĻžāĻ°āĻŋāĻļ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
-c N (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž)
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻžāĻ¸ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŋāĻāĻĄā§āĻāĻžāĻāĻ¨ā§āĻā§ āĻ§ā§āĻ°ā§āĻŦāĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 10)
-d N (bl2seq)
āĻāĻ° āĻ¤āĻžāĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻŋāĻ DB āĻāĻāĻžāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ N (āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻ¸āĻ˛ āĻāĻāĻžāĻ°)
-d Str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻ¸āĻŦ āĻāĻā§āĻ¸āĻŋāĻāĻŋāĻāĻā§āĻŦāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ nr āĻšāĻ¯āĻŧ
blast2 āĻŦā§āĻ¯āĻ¤ā§āĻ¤, āĻ¯āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ FASTA āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻā§)
-d āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (rpsblast)
RPS BLAST āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸
-e X āĻĒā§āĻ°āĻ¤ā§āĻ¯āĻžāĻļāĻž āĻŽāĻžāĻ¨ (E) (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 10.0)
-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻšāĻŋāĻ āĻŦāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ, āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻšāĻ˛ā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0, āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 11
blastp, blastx āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 12, āĻāĻŦāĻ tblasn āĻāĻŦāĻ tblastx āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 13 āĻāĻŋāĨ¤
-f N (blastpgp)
āĻšāĻŋāĻ āĻŦāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 11)
-f (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻĒā§āĻā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻāĻāĻĄāĻŋ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻŋāĻāĻ āĻŦāĻž āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ¸)
-f (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻ¨āĻŋāĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŽāĻ¨āĻāĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻā§āĻŦ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻŦ āĻšāĻ¯āĻŧ
-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž (tblastx āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ N/A)
-g (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻĢāĻžāĻāĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ˛ā§āĻā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-g F (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĻ¨
(āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ BLAST āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻŦāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ)
-h N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽā§āĻ° āĻŦāĻžāĻāĻ°ā§ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻāĻ¯āĻŧā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻļāĻŋāĻĢā§āĻ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻāĻā§āĻ¸, āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻŋāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛
āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯)
-h X (blastpgp, impala)
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻžāĻ¸ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻŋāĻāĻŋāĻĒāĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 0.002,
āĻāĻŽāĻĒāĻžāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0.005)
-i āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨ (āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ, āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨) āĻā§āĻ°āĻŽ āĻŦāĻž āĻ¸ā§āĻ āĻĨā§āĻā§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ stdin; āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ
blastpgp āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻĨā§āĻā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻšāĻ¯āĻŧ)
-j āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (bl2seq, blast2)
āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻ¤ā§āĻ¯āĻŧ (āĻŦāĻŋāĻˇāĻ¯āĻŧ) āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨ āĻŦāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
-j N (blastpgp)
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻžāĻ¸ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻĒāĻžāĻ¸ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 1)
-k Str (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
PHI-BLAST āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨
-k āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (blastpgp, seedtop)
PHI-BLAST āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻšāĻŋāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = hit_file)
-l Str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
āĻāĻŋāĻāĻ āĻāĻ° [āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ] āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-l āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ (rpsblast)
āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻ˛āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻĻāĻ°ā§āĻļ āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§āĨ¤
-m (bl2seq)
āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻāĻž āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĻā§āĻļā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ:
0 āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻāĻžāĻŦā§ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1āĻāĻŋ āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻĻā§āĻāĻžāĻā§āĻā§
2 āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ°āĻĄ, āĻā§āĻ¨ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¨ā§āĻ
3 āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ° āĻāĻ°āĻž, āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨
4 āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ°āĻĄ, āĻā§āĻ¨ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¨ā§āĻ
5 āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ°āĻĄ, āĻā§āĻ¨ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¨ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻāĻ¤āĻž āĻļā§āĻˇ
6 āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ°āĻŋ-āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻ°āĻĄ, āĻā§āĻ¨ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻ¯āĻŧ āĻ¨ā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻāĻ¤āĻž āĻļā§āĻˇ
7 XML āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ)
8 āĻā§āĻ¯āĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ° (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ)
āĻŽāĻ¨ā§āĻ¤āĻŦā§āĻ¯ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻ¸āĻš 9āĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŖā§ (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ)
10 ASN.1 āĻĒāĻžāĻ ā§āĻ¯ (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž āĻŦāĻž rpsblast āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ)
11 ASN.1 āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ (āĻāĻŽā§āĻĒāĻžāĻ˛āĻž āĻŦāĻž āĻāĻ°āĻĒāĻŋāĻāĻ¸āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ)
-n (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻāĻĄāĻŋāĻ¤ā§ GI āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨
-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨
-n (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĢāĻžāĻāĻ¨ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨āĻ¨-āĻ˛ā§āĻā§ (āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ) āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-o āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ
āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻŦāĻ°āĻ stdout āĻā§āĻ¯āĻŧā§
-p Str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ" āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°) Str. āĻĻā§āĻ¯ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ āĻ āĻ§ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻ āĻāĻāĻžāĻ°
āĻāĻ°āĻ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤
-p Str (blastpgp)
PHI-BLAST āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = blastpgp)
-p X (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻĄā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻāĻŋ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻāĻžāĻ-āĻ āĻĢ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 0)
-p F (rpsblast)
āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻšāĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ, āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
-p Str (āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ)
āĻ āĻ¨ā§āĻˇā§āĻ āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ:
patmatchp āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°ā§ āĻ¯ā§ āĻā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻžāĻ°ā§ āĻāĻā§
patternp āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļ āĻāĻ°ā§ āĻā§āĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§
-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ, āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ) āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻ āĻŽāĻŋāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŋ (āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = -10
āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, -3 āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŦāĻāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯)
-q N (blastpgp)
āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĄā§āĻāĻžāĻ° ASN.1 āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ:
0 āĻ¨ā§āĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1 ASCII āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
2 āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ, āĻ¸āĻŋāĻĄāĻāĻĒ) āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ° (āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) (āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 10
āĻŦā§āĻ āĻāĻĒ, -10 āĻ āĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŦāĻāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯)
-s (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻ¨ā§-āĻ āĻĒ (āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§)
-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻ¸ā§āĻŽāĻŋāĻĨ-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ blastall āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯, blastall_old, āĻāĻŦāĻ
blastcl3, āĻāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° gapped tblastn āĻŽā§āĻĄā§ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§āĨ¤
-s N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¨ā§āĻ¯ā§āĻ¨āĻ¤āĻŽ āĻšāĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 0)
-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻ āĻ¨ā§āĻŦāĻžāĻĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŽā§āĻĻāĻŋāĻ¤ āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻ¨
āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ āĻā§āĻ°āĻŽ; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ = 0;
āĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻŦāĻžāĻāĻ āĻŽāĻžāĻ¨ blastall, blastall_old, āĻāĻŦāĻ blastcl3 āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĨ¤)
-t N[u] (blastpgp)
āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻ āĻā§āĻˇāĻ°āĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨āĻ°ā§āĻĒ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ:
0, F, āĻŦāĻž āĻ
āĻā§āĻ¨ āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ
1 āĻ°āĻāĻ¨āĻž āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻ˛āĻŋāĻŽ ā§Ē:ā§§-ā§§ā§Ģ, ā§¨ā§Ģ
2, āĻāĻŋ, āĻŦāĻž āĻāĻŋ
āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¸ 21:902-911, 2005,
āĻ°āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĄ 1 āĻ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻļāĻ°ā§āĻ¤āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
3 āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¸ 21:902-911, 2005,
āĻ¨āĻŋāĻāĻļāĻ°ā§āĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻ°āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĄ 1 āĻ
āĻ¯āĻāĻ¨ āĻ°āĻāĻ¨āĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ, āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻāĻ¨ u (āĻā§āĻ¸-āĻ¸āĻāĻŦā§āĻĻāĻ¨āĻļā§āĻ˛) āĻĨā§āĻā§
āĻāĻ°ā§āĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĒāĻŋ-āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨āĻžāĻ˛ āĻĒāĻŋ- āĻāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻāĻ¨āĻŋāĻĢāĻžāĻāĻĄ āĻĒāĻŋ-āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻŽāĻžāĻ¨ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ°āĻžāĻāĻ¨ā§āĻĄ 1 āĻāĨ¤
-t N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻā§āĻŽāĻĒā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻ¸āĻāĻ˛āĻā§āĻ¨ āĻļāĻŦā§āĻĻ āĻ¯āĻĻāĻŋ 0 [āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ])
-u (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻŽā§āĻā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (tblastx āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻĻāĻž āĻ¸āĻ¤ā§āĻ¯)
-u Str (blastcl3)
Entrez2 āĻ˛ā§āĻāĻāĻĒā§āĻ° āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ā§ āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-u N (blastpgp)
āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĄā§āĻāĻžāĻ° ASN.1 āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ:
0 āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¨ā§āĻ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ)
1 āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ ASCII āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ (āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ -J)
2 āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ āĻā§āĻāĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ (āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ -J)
-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) āĻĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ-āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (V) (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ =
500)
-w N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ° (āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ āĻšāĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽā§āĻĻāĻŋāĻ¤ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ; 0 āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻāĻ°āĻŖ, -1 āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻšāĻŋāĻ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°ā§)
-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ āĻļāĻŋāĻĢāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ (āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ OOF āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ)
-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X āĻĄā§āĻ°āĻĒāĻ āĻĢ āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ¨āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ (0.0 āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻāĻšā§āĻŦāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§
āĻāĻāĻ°āĻŖ: āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 20, āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 10 āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ 7āĻāĻŋāĨ¤)
-y N (āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ)
āĻāĻ¨āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ¨āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ X āĻĄā§āĻ°āĻĒāĻ āĻĢ āĻŽāĻžāĻ¨ (āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ āĻšāĻ˛ 10)
-z N (āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻĢā§āĻ°āĻŖā§¨)
āĻ āĻ¸āĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻāĻāĻāĻ¸āĻĒāĻŋ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĻā§āĻ°ā§āĻāĻ¤āĻŽ āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° tblastn; āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ 0)
-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ, āĻāĻ°āĻĒāĻŋāĻāĻ¸āĻŦā§āĻ˛āĻžāĻ¸ā§āĻ) āĻĄāĻžāĻāĻžāĻŦā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ¤ āĻāĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļā§āĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨)
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻŽāĻĒāĻžāĻ˛āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨