Este es el comando fa2dna que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fa2dna - formato de base de datos fasta para usar con ANFO
SINOPSIS
fa2dna [ opción | presentar ... ]
DESCRIPCIÓN
fa2dna lee uno o más archivos en formato fasta y los reformatea en una base de datos adecuada
para anfo(1). Los archivos de entrada pueden contener más de una secuencia, y cada secuencia puede
ser dividido en múltiples contigs por un tramo de Ns. Todos los códigos de ambigüedad de la IUPAC son
totalmente compatible.
CAMPUS
-V, --versión
Imprime el número de versión y sal.
-o archivo, - archivo de salida
Escribir salida en presentar.presentar debería terminar en .adn, porque anfo y algunos río abajo
las herramientas pueden tropezar con una extensión diferente. El valor predeterminado es el nombre del genoma con
las .adn extensión.
-m norte, --maxn norte
Establece el número máximo de Ns deben ser interpretados como códigos de ambigüedad IUPAC para N; alguna
un tramo más largo se interpreta como una separación de contigs. El valor predeterminado es 2.
-g nombre, --nombre del genoma
Establece el nombre del genoma en nombre . Este nombre se almacena en el archivo de salida y se
utilizado por anfo para identificar el genoma emparejado en su salida. El genoma debe ser un
prefijo del nombre del archivo de salida para permitir que las herramientas posteriores lo encuentren. El nombre
debe ser breve, pero único, algo como "hg18" o "pt2" para humanos o chimpancés
los genomas funcionarían bien.
-d texto, - texto de descripción
Añade texto como descripción de los metadatos. Esto es puramente informativo.
-v, --detallado
Hace que se imprima un indicador de progreso.
Utilice fa2dna en línea utilizando los servicios de onworks.net