showfeate - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

showfeat - نمایش ویژگی های یک دنباله در قالب زیبا

خلاصه

نمایشی -توالی seqall [منطبق با منبع رشته] [-تطابق نوع رشته] [تگ مطابقت رشته]
[-مطابقت با ارزش رشته] [-مرتب سازی فهرست] [-ویژگی های پیوستن بولی] [حاشیه نویسی محدوده]
-html بولی -شناسه بولی -شرح بولی مقیاس بولی -عرض عدد صحیح
-سقوط - فروپاشی بولی -رو به جلو بولی -معکوس بولی -ناشناس بولی
رشته بولی -اصل و نسب بولی ترکیب بولی نوع بولی تگ ها بولی
-ارزش های بولی برچسب های سختگیرانه بولی -outfile مجموعه

نمایشی -کمک

شرح

نمایشی یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "نمایش، جداول ویژگی" است.

OPTIONS

ورودی بخش
-توالی seqall

اضافی بخش
منطبق با منبع رشته
به طور پیش فرض هر منبع ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر منبع ویژگی که می خواهید نشان دهید. نام منبع معمولاً یا نام آن است
برنامه ای که ویژگی را شناسایی کرده است یا جدول ویژگی ها (به عنوان مثال: EMBL) است
ویژگی از منبع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیشتر نشان دهید
بیش از یک منبع، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن* | embl پیش فرض
ارزش: *

-تطابق نوع رشته
به طور پیش فرض هر نوع ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر نوع ویژگی که می خواهید نشان دهید. دیدن http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای یک لیست
از انواع ویژگی های EMBL و ضمیمه A کتابچه راهنمای کاربر Swissprot را ببینید
http://www.expasy.org/sprot/userman.html برای لیستی از انواع ویژگی های Swissprot.
این نوع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیش از یک نوع را نشان دهید،
نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: *UTR | اینترون مقدار پیش فرض: *

تگ مطابقت رشته
برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به عنوان مثال در EMBL
جدول ویژگی، یک نوع ویژگی «CDS» ممکن است دارای برچسب‌های «/codon»، «/codon_start» باشد،
'/db_xref'، '/EC_number'، '/Evidence'، '/exception'، '/function'، '/gene'، '/label'،
'/map'، '/note'، '/number'، '/جزئی'، '/product'، '/protein_id'، '/شبه'،
'/standard_name'، '/translation'، '/transl_except'، '/transl_table' یا '/usedin'.
برخی از این تگ ها مقادیری نیز دارند، برای مثال '/gene' می تواند مقدار the را داشته باشد
نام ژن به طور پیش فرض هر برچسب ویژگی در جدول ویژگی نشان داده می شود. شما می توانید این را تنظیم کنید
برای مطابقت با هر برچسب ویژگی که می خواهید نشان دهید. تگ ممکن است با استفاده از "*" حروف اضافه شود. اگر
شما می خواهید بیش از یک تگ را نشان دهید، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال:
ژن | برچسب مقدار پیش فرض: *

-مطابقت با ارزش رشته
مقادیر تگ مقادیر مرتبط با تگ ویژگی هستند. برچسب ها انواع اضافی هستند
مقادیری که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. برای مثال در جدول ویژگی EMBL، یک نوع CDS از
ویژگی ممکن است دارای برچسب‌های '/codon'، '/codon_start'، '/db_xref'، '/EC_number'،
'/شواهد'، '/ استثنا'، '/تابع'، '/ژن'، '/برچسب'، '/نقشه'، '/توجه'، '/شماره'،
'/جزئی'، '/محصول'، '/protein_id'، '/شبه'، '/نام_استاندارد'، '/ترجمه'،
'/transl_except'، '/transl_table'، یا '/usedin'. فقط برخی از این برچسب ها می توانند داشته باشند
مقادیر، به عنوان مثال '/gene' می تواند مقدار نام ژن را داشته باشد. به طور پیش فرض هر
مقدار تگ ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت با هر ویژگی تنظیم کنید
مقدار برچسبی که می خواهید نشان دهید مقدار تگ ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. در صورت تمایل
برای نشان دادن بیش از یک مقدار تگ، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: pax*
| 10 مقدار پیش فرض: *

-مرتب سازی فهرست
مقدار پیش فرض: شروع

-ویژگی های پیوستن بولی
مقدار پیش فرض: N

حاشیه نویسی محدوده
مناطق برای حاشیه نویسی با علامت گذاری. اگر این قسمت خالی بماند، هیچ حاشیه‌نویسی اضافه نمی‌شود. آ
مجموعه ای از مناطق با مجموعه ای از جفت موقعیت ها به دنبال متن اختیاری مشخص می شود.
موقعیت ها اعداد صحیح هستند. آنها با هر متنی دنبال می شوند (اما نه اعداد وقتی روی آن هستند
خط فرمان). نمونه هایی از مشخصات منطقه عبارتند از: 24-45 دامنه جدید 56-78 مطابقت به
Mouse 1-100 قسمت اول 120-156 oligo فایلی از محدوده ها برای حاشیه نویسی (یک محدوده در هر خط)
را می توان به عنوان '@filename' مشخص کرد.

بیشتر بخش
-html بولی
مقدار پیش فرض: N

-شناسه بولی
اگر نمی خواهید نام شناسه دنباله نمایش داده شود، این را نادرست تنظیم کنید.
مقدار پیش فرض: Y

-شرح بولی
اگر نمی‌خواهید توضیحات دنباله نمایش داده شود، این را نادرست تنظیم کنید.
مقدار پیش فرض: Y

مقیاس بولی
اگر نمی‌خواهید خط مقیاس نمایش داده شود، آن را نادرست تنظیم کنید. مقدار پیش فرض: Y

-عرض عدد صحیح
می توانید عرض نمایشگر گرافیکی با کاراکتر ASCII را گسترش دهید (یا منقبض کنید).
موقعیت ویژگی ها با استفاده از این مقدار. به عنوان مثال، عرض 80 کاراکتر
عرض صفحه استاندارد و عرض آن 10 کاراکتر تقریباً خواهد بود
ناخوانا اگر عرض روی کمتر از 4 تنظیم شود، خطوط گرافیکی و خط مقیاس
نمایش داده نخواهد شد. مقدار پیش فرض: 60

-سقوط - فروپاشی بولی
اگر این تنظیم شده باشد، پس ویژگی ها از یک منبع و از یک نوع و مفهوم هستند
همه در یک خط چاپ شده اند. به عنوان مثال اگر چندین ویژگی از EMBL وجود دارد
جدول ویژگی (یعنی منبع یکسان) که همه از نوع "exon" به یک معنا هستند،
سپس همه آنها در یک خط نمایش داده می شوند. این امر تشخیص را سخت می کند
ویژگی های همپوشانی اگر این روی false تنظیم شود، هر ویژگی روی یک نمایش داده می شود
خط جداگانه که تشخیص شروع و پایان ویژگی ها را آسان تر می کند. پیش فرض
ارزش: N

-رو به جلو بولی
اگر نمی‌خواهید ویژگی‌های حس رو به جلو نمایش داده شود، آن را نادرست تنظیم کنید. پیش فرض
ارزش: Y

-معکوس بولی
اگر نمی‌خواهید ویژگی‌های حس معکوس نمایش داده شود، آن را نادرست تنظیم کنید. پیش فرض
ارزش: Y

-ناشناس بولی
اگر نمی‌خواهید ویژگی‌های حس ناشناخته نمایش داده شود، این را نادرست تنظیم کنید. (یعنی
ویژگی های بدون جهت - همه ویژگی های پروتئین از این نوع و برخی هستند
ویژگی های هسته ای (به عنوان مثال، مناطق غنی از CG)). مقدار پیش فرض: Y

رشته بولی
اگر می خواهید رشته ویژگی ها را نمایش دهید، این را تنظیم کنید. ویژگی های پروتئین هستند
همیشه بدون جهت (نشان داده شده با '0')، جلو با '+' و معکوس نشان داده شده است
'-'. مقدار پیش فرض: N

-اصل و نسب بولی
اگر می‌خواهید منشا ویژگی‌ها نمایش داده شود، این را تنظیم کنید. نام منبع معمولاً است
یا نام برنامه ای که این ویژگی را شناسایی کرده است یا نام آن است
جدول ویژگی (به عنوان مثال: EMBL) که ویژگی از آن آمده است. مقدار پیش فرض: N

ترکیب بولی
اگر می خواهید موقعیت شروع و پایان ویژگی ها نمایش داده شود، این را تنظیم کنید. اگر چندین
ویژگی ها در همان خط نمایش داده می شوند، سپس موقعیت های شروع و پایان نمایش داده می شوند
به عنوان مثال: '189-189,225-225' با یک کاما ملحق شود. مقدار پیش فرض: N

نوع بولی
اگر نمی‌خواهید نوع ویژگی‌ها را نمایش دهید، آن را نادرست تنظیم کنید. پیش فرض
ارزش: Y

تگ ها بولی
اگر نمی‌خواهید تگ‌ها و مقادیر آن را نمایش دهید، آن را نادرست تنظیم کنید
امکانات. مقدار پیش فرض: N

-ارزش های بولی
اگر نمی‌خواهید مقادیر برچسب ویژگی‌ها را نمایش دهید، این را نادرست تنظیم کنید. اگر
این روی false تنظیم شده است، فقط نام تگ ها نمایش داده می شود. اگر برچسب ها نیستند
نمایش داده می شود، سپس مقادیر نمایش داده نمی شوند. ارزش تگ "ترجمه".
هرگز نمایش داده نمی شود زیرا اغلب بسیار طولانی است. مقدار پیش فرض: Y

برچسب های سختگیرانه بولی
به طور پیش فرض اگر هر جفت برچسب/مقدار در یک ویژگی با برچسب و مقدار مشخص شده مطابقت داشته باشد،
سپس تمام جفت‌های برچسب/مقدار آن ویژگی نمایش داده می‌شوند. اگر قرار است این باشد
درست است، سپس فقط آن جفت‌های برچسب/مقدار در یک ویژگی که با تگ مشخص شده مطابقت دارند و
مقدار نمایش داده خواهد شد. مقدار پیش فرض: N

تولید بخش
-outfile مجموعه

با استفاده از خدمات onworks.net از showfeate آنلاین استفاده کنید