این برنامه لینوکس با نام WellMeth است که آخرین نسخه آن را می توان با نام wellmeth-1.0.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام WellMeth را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
WellMeth
DESCRIPTION:
WellMeth یک چارچوب یکپارچه برای تجزیه و تحلیل Reduced Representation Bisulfite-Seq است
امکانات
- رویکرد ژنوتیپ‌سازی با توالی‌یابی (GBS) را برای تشخیص سیتوزین‌های متیله در DNA ژنومی گسترش می‌دهد.
- با تکیه بر در دسترس بودن ژنوم های مرجع با کیفیت بالا و برای ساخت کتابخانه هاضم با محدودیت دوگانه با دو آنزیم حساس به متیلاسیون توصیه می شود.
- برای توالی خوانی کوتاه جفتی، آداپتورهای نامتقارن رو به جلو و معکوس با بارکدهای 4 تا 6 NT و تعداد ثابتی از نوکلئوتیدهای تصادفی (شناسه‌های مولکولی منحصربفرد، UMI) در مجاورت بارکدها اعمال می‌شوند.
- اطلاعات UMI برای شناسایی موارد تکراری PCR پس از تراز استفاده خواهد شد
- شامل چهار ماژول همپوشانی: پیش پردازش، نقشه برداری، تشخیص نوع متیلاسیون و متیلاسیون متفاوت
- ماژول ها توسط اسکریپت های بسته بندی قابل تنظیم به هم متصل می شوند که امکان اجرای کاملاً خودکار را فراهم می کند.
- سریع، دقیق و سبک وزن
رابط کاربری
کنسول / ترمینال
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/wellmeth/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.