Il s'agit de la commande cgview qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cgview - Visionneuse de génome circulaire
SYNOPSIS
vue cg [OPTIONS] ...
DESCRIPTION
CGView est un package Java permettant de générer des cartes zoomables de haute qualité de génomes circulaires.
Son objectif principal est de servir de composant de pipelines d'annotation de séquence, en tant que
moyen de générer une sortie visuelle adaptée au Web. Informations sur les fonctionnalités et rendu
les options sont fournies au programme à l'aide d'un fichier XML, d'un fichier délimité par des tabulations ou d'un NCBI
fichier ptt. CGView convertit l'entrée en une carte graphique (PNG, JPG ou vecteur évolutif
Format graphique), avec des étiquettes, un titre, des légendes et des notes de bas de page. En plus de
la carte pleine vue par défaut, le programme peut générer une série de cartes hypertexte montrant
vues étendues. Les cartes liées peuvent être explorées à l'aide de n'importe quel navigateur Web, ce qui permet
navigation du génome et faciliter le partage des données. Les étiquettes d'entités dans les cartes peuvent être
hyperlien vers des ressources externes, permettant aux cartes CGView d'être intégrées au site Web existant
contenu du site ou des bases de données.
OPTIONS
-A Spécifie une taille de police d'étiquette.
-c Spécifie la base sur laquelle centrer lors du zoom.
-D Spécifie une taille de police de légende.
-d Spécifie la densité de graduation, entre 0 et 1.0. La valeur par défaut est 1.0.
-E Intégrer ou non du texte vectoriel dans la sortie SVG.
-e S'il faut ou non exclure la sortie SVG des séries d'images.
-f Le format de sortie : PNG, JPG, SVG ou SVGZ.
-h Fichier HTML à créer.
-H La hauteur de la carte.
-i Le fichier d'entrée à analyser.
-I S'il faut ou non dessiner des étiquettes à l'intérieur du cercle de la colonne vertébrale.
-L La largeur d'une légende externe.
-o Le fichier image à créer.
-p Le chemin d'accès au fichier image dans le fichier HTML créé à l'aide du -h option.
-r Supprimer ou non les légendes.
-R Supprimer ou non les étiquettes.
-s Répertoire pour recevoir une série d'images.
-S S'il faut ou non référencer la feuille de style externe dans la sortie HTML.
-u S'il faut ou non référencer overlib.js dans la sortie HTML.
-U Spécifie une taille de police de règle de séquence.
-W La largeur de la carte.
-x Valeurs de zoom séparées par des virgules pour les séries d'images.
-z Le facteur de zoom avant.
EXEMPLES
vue cg -f png -i cybercellule.xml -o ma_photo.png -h vue_image.html
vue cg -i cybercellule.xml -s répertoire_pour_série -e oui
Utiliser cgview en ligne à l'aide des services onworks.net