gff2aplot - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gff2aplot - Conversion de fichiers GFF pour des alignements par paires en PostScript.

SYNOPSIS

gff2plot [options]

DESCRIPTION

Cette page de manuel documente brièvement les gff2plot commander.

gff2plot est un programme qui dessine des tracés d'alignement remplis de couleurs à partir de fichiers GFF pour cela
alignement et deux annotations de séquences.

OPTIONS

Un double tiret sur lui-même "--" signale la fin des options et le début des noms de fichiers (si
présent). Vous pouvez utiliser un seul tiret "-" comme espace réservé STDIN. Options disponibles et un
une brève description est répertoriée ici :

-h, --Aidez-moi
Afficher le résumé des options.

--version
Affiche la version actuelle et quitte.

-dans, --verbeux
Mode verbeux, un rapport complet est envoyé à l'erreur standard (la valeur par défaut est d'afficher
AVERTISSEMENTS uniquement).

-V, --logs-nom_fichier
Le rapport est écrit dans un fichier journal.

-q, --silencieux
Mode silencieux, n'affiche aucun message/avertissement d'erreur standard (rapport uniquement
LES ERREURS).

-p, --taille de la page
Définition d'une taille de page parmi celles prédéfinies, voir ci-dessous pour une liste des pages disponibles
formats).

--marge-gauche

--marge-droite

--marge-haut

--marge-bas
Définir chaque marge de page sur . Si aucune unité n'est fournie, les points sont supposés,
vous pouvez utiliser des points, des millimètres, des centimètres ou des pouces (pt, mm, cm ou in,
respectivement).

-B, --Couleur de l'arrière plan
Couleur de l'arrière plan.

-F, --couleur de premier plan
Couleur de premier plan.

-T, --Titre
Définir le titre de l'intrigue.

-t, --Sous-titre
Définition du sous-titre de l'intrigue.

-X, --x-étiquette
Définition de l'étiquette de l'axe X.

-O, --y-étiquette
Définition de l'étiquette de l'axe Y.

-L, --percent-box-étiquette
Définition de l'étiquette de la zone de pourcentage.

-l, --étiquette-boîte-supplémentaire
Définition de l'étiquette Extra-Box.

-X, --x-coordonnées-séquence

-S, --start-x-séquence
Définit le premier nucléotide de la séquence X.

-ET, --end-x-séquence
Définit le dernier nucléotide de la séquence X.

-oui, ---coordonnées-séquence-y

-Oui, --start-y-séquence
Définit le premier nucléotide de la séquence Y.

-e, --end-y-séquence
Définit le dernier nucléotide de la séquence Y.

--x-séquence-zoom

--y-séquence-zoom

-Z, --Zoom [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Cette option effectue un zoom sur une zone que vous avez sélectionnée avec -S,-E,-s,-e (les 4 sont facultatifs).

-z, --Zoom-zone [ [-S ] [-E ] [-s ] [-e ] ]
Cette option marque une zone de zoom sur votre tracé, mais ne fait pas de zoom.

-UNE, --nom-alignement
Définir quel alignement va être tracé si vous avez plus d'un alignement
dans votre entrée gff.

-N, --x-nom-séquence
Définir quelle séquence va être tracée sur l'axe X.

-n, --y-nom-séquence
Définir quelle séquence va être tracée sur l'axe Y.

-r, --aplot-xy-noteq
Par défaut, les axes X et Y ont la même longueur, cette option désactive ce comportement, donc X
et la séquence Y aura des longueurs d'axes proportionnelles à leurs longueurs de nucléotides.

-R, --xy-axes-échelle <X/Y rapport>
Cette option permet de définir une échelle différente entre les longueurs des axes X et Y (par
la valeur par défaut est '1'). Les valeurs inférieures à 1 rendent Y supérieur à X et supérieur à 1 entraînent
obtenir X plus grand que Y. # Doit être mieux expliqué.

-W, --aln-scale-width
Score de mise à l'échelle sur la largeur des lignes de tracé.

-w, --aln-scale-color
Score de mise à l'échelle sur la couleur pour les lignes de tracé.

-K, --show-rubans
Forcer les rubans pour toutes les fonctions sur les axes à être : (N)un, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth.

-G, --show-grid
Active la grille (la valeur par défaut est « désactivée »).

-g, --hide-grille
Désactive la grille (si elle est activée à partir des fichiers de personnalisation).

-JE, --show-percent-box
Active la case de pourcentage 'on' (la valeur par défaut est 'off').

-je, --hide-percent-box
Désactive la case Pourcentage (si elle est définie sur « on » sur les fichiers personnalisés).

-Ô, --show-extra-box
Active la boîte supplémentaire « on » (la valeur par défaut est « off »).

-o, --hide-extra-box
Désactive la case Extra (si elle est définie sur « on » sur les fichiers personnalisés).

-RÉ, --plot-boîte-couleur
Tracez la couleur d'arrière-plan de la boîte principale.

-ré, --pourcentage-couleur-de-la-boîte
Couleur d'arrière-plan de la boîte de pourcentage.

-b, --extra-box-color
Couleur d'arrière-plan de la boîte supplémentaire.

--nopswarnings
Désactivez les avertissements qui peuvent apparaître sur la figure PostScript finale lors de la séquence X,
La séquence Y et/ou les données d'entrée d'alignement sont manquantes.

-une, --hide-crédits
Désactivez la ligne de crédits gff2aplot sur l'intrigue.

--déboguer
Rapporter le contenu des variables lors du test du programme. Nécessite ce fichier de rapport de journal
l'option a également été activée.

--layout-var ' '

--séquence-var ' '

--source-var ' '

--strand-var ' '

--group-var ' '

--feature-var ' '
Chargement d'une variable de personnalisation de fonction/groupe/brin/source/séquence/disposition à partir de
ligne de commande. Vous pouvez définir plusieurs variables en répétant l'une de ces options,
c'est à dire:
... --feature-var 'cds::feature_shape=boîte'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-Ç, --nom-de-fichier-personnalisé
Chargement des paramètres de personnalisation à partir d'un fichier donné (si par défaut ".gff2aplotrc"
existe est chargé avant).

Ce sont les couleurs définies dans gff2aplot :
+ Couleurs par défaut : noir blanc.
+ Palette de couleurs :
gris rose magenta violet bleu ciel bleu cyan vert d'eau
vert citron vert jaune orange rouge marron
Vous pouvez obtenir jusqu'à neuf nuances de couleurs à partir de Couleurs variables avec "verydeep",
les préfixes "deep", "verydark", "dark", "light", "verylight", "pale" et "verypale",
à titre d'exemple :
verydeepblue, deepblue, verydarkblue, darkblue, bleu, lightblue, verylightblue,
bleu pâle et bleu très pâle.
+ Couleurs dynamiques : dégradé arc-en-ciel.

Les formats de pages suivants sont disponibles : de A0 à A10, de B0 à B10, 10x14,
exécutif, folio, grand livre, juridique, lettre, quarto, relevé et tabloïd.

ENVIRONNEMENT VARIABLES

Deux variables environnementales peuvent être définies par les utilisateurs selon leurs préférences :
+ Vous pouvez spécifier le chemin où gff2aplot peut trouver les fichiers par défaut avec le shell
variable "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". La valeur par défaut est le chemin où vous exécutez
gff2plot.
+ Vous pouvez également définir le nom de fichier personnalisé par défaut que vous aimerez avec la variable
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", le nom de fichier par défaut du programme pour le fichier personnalisé est ".gff2aplotrc".
+ Maintenant, gff2aplot n'a pas besoin d'écrire de fichier temporaire, de sorte que les versions précédentes
La variable de chemin de répertoire temporaire par défaut ("GFF2APLOT_TMP") n'est plus utilisée.
+ Définition de ces variables dans Bourne-shell et C-shell :
o Utilisation d'un Bourne-Shell (par exemple bash) :
export GFF2APLOT_CUSTOMPATH="chemin" export GFF2APLOT_CUSTOMFILE="nom_fichier"
o Utilisation d'un C-Shell :
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "chemin" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "nom_fichier"

Utilisez gff2aplot en ligne en utilisant les services onworks.net