Il s'agit de la commande gff2ps qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gff2ps - Produit une sortie graphique PostScript à partir de fichiers GFF.
SYNOPSIS
gff2ps [options] -- fichiers_gff
DESCRIPTION
Ce programme dessine des DotPlots remplis de couleurs à partir de fichiers avec des champs de données au format gff. Les
le programme prend en entrée les caractéristiques annotées sur une séquence génomique au format GFF, et
produit une sortie visuelle en PostScript.
OPTIONS
-h Afficher le résumé des options.
-H
Affiche uniquement l'aide pour l'option spécifiée.
-V Mode verbeux, un rapport complet est envoyé à l'erreur standard (par défaut envoie uniquement
Mises en garde).
-v Mode silencieux : désactivez tous les avertissements, aucun message n'est envoyé à l'erreur standard.
-d Ecrivez (ou réécrivez s'il existe) le fichier personnalisé par défaut.
-D
Créez un nouveau fichier personnalisé par défaut avec le nom de fichier donné.
-C
Chargez le fichier personnalisé donné et ajoutez-le au fichier personnalisé par défaut (.gff2psrc).
-s
Utile pour modifier la taille de la page (la valeur par défaut est a4).
-p Bascule l'orientation de la page sur Portrait (la valeur par défaut est Paysage).
-G
Définit la couleur du PREMIER PLAN (la valeur par défaut est le noir).
-g
Définit la couleur de l'ARRIÈRE-PLAN (la valeur par défaut est le blanc).
-P <#> Définit le nombre de pages nécessaires pour diviser votre sortie (la valeur par défaut est une).
-S <#> Zoom sur le premier nucléotide (la valeur par défaut est l'origine de la séquence).
-E <#> Zoom sur le dernier nucléotide (la valeur par défaut est la longueur de la séquence).
-B <#> Définit des blocs par page (la valeur par défaut est un).
-N <#> Définit les nucléotides par ligne (la valeur par défaut est la plus grande position de séquence de l'entrée gff-
des dossiers).
-b Blocs de gauche à droite et de haut en bas (par défaut, de haut en bas en premier).
-L Désactivez l'en-tête (zone de titre).
-T
Définition du titre (par défaut, le nom de fichier gff est entré).
-t
Définition du sous-titre (aucun par défaut).
-l N'affiche pas la numérotation des pages.
-O N'affiche pas la date.
-o N'affiche pas l'heure.
-M <#> Nombre de graduations principales par ligne (10 par défaut).
-K <#> Échelle des graduations principales en nucléotides, la valeur par défaut est la longueur des nucléotides pour les lignes
divisé par le nombre de graduations principales (voir l'option -T).
-m <#> Nombre de graduations mineures entre les graduations majeures (10 par défaut).
-k <#> L'échelle des graduations mineures en nucléotides par défaut est la taille des graduations majeures divisée par
nombre de graduations mineures (voir option -t).
-w, -f Désactivez l'affichage des éléments de brin avant (Watson).
-c, -r Désactivez l'affichage des éléments à brin inversé (Crick).
-i Désactivez l'affichage des éléments indépendants des brins.
-0
Définit la couleur du cadre « 0 » (la valeur par défaut est le bleu).
-1 Définit la couleur du cadre "1" (la valeur par défaut est le rouge).
-2 Définit la couleur du cadre "2" (la valeur par défaut est le vert).
-3 Définit la couleur du cadre "." (la valeur par défaut est orange).
-n Désactivez les étiquettes pour les positions des éléments.
-a Désactivez la ligne CopyRight sur le tracé.
ENVIRONNEMENT VARIABLES
Il existe trois variables environnementales qui peuvent être définies par les utilisateurs selon leurs préférences :
+ Vous pouvez spécifier le chemin où GFF2PS peut trouver les fichiers par défaut avec le shell
variable "GFF2PS_CFDIR". La valeur par défaut est le chemin où vous exécutez GFF2PS.
+ Vous pouvez également définir le nom de fichier personnalisé par défaut que vous aimerez avec la variable
"GFF2PS_CUSTOMFILE", le nom de fichier par défaut du programme pour le fichier personnalisé est ".gff2psrc".
+ GFF2PS a besoin d'écrire quelques fichiers temporaires dans un répertoire avec des autorisations pour le courant
utilisateur à lire et à écrire. Le chemin du répertoire temporaire par défaut est défini sur "/ tmp /" mais tu peux
affecter un autre chemin de répertoire temporaire à l'aide de la variable "GFF2PS_TMP".
Définition de ces variables dans Bourne-shell (bash) :
exporter GFF2PS_CFDIR="chemin"
exporter GFF2PS_CUSTOMFILE="nom_fichier"
exporter GFF2PS_TMP="chemin"
Utilisation d'un C-Shell (csh) :
setenv GFF2PS_CFDIR "chemin"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nom_fichier"
setenv GFF2PS_TMP "chemin"
COMMENTAIRES
* Les couleurs définies sont :
Couleurs de base : noir blanc
Couleurs variables : gris magenta violet bleu ciel bleu cyan vert de mer vert citron jaune
brun rouge orangé
Vous pouvez obtenir cinq nuances de couleurs à partir de Couleurs variables avec "verydark", "dark", "light" et
préfixes "très légers". Un exemple : vert d'eau très foncé vert d'eau foncé vert d'eau vert d'eau clair
très clair vert de mer
* Les tailles de page définies sont :
De A0 à A10, de B0 à B10, 10x14, exécutif, folio, grand livre, légal, lettre, quarto,
déclaration et tabloïd.
Utilisez gff2ps en ligne en utilisant les services onworks.net
