bp_search2gffp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bp_search2gff

SYNOPSIS

उपयोग:

bp_search2gff [-o outputfile] [-f रिपोर्टफॉर्मैट] [-i inputfilename] या file1 file2 ..

वर्णन

यह स्क्रिप्ट एक SearchIO रिपोर्ट (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) को GFF में बदल देगी।

विकल्प हैं:

-i infilename - (वैकल्पिक) इनपुटफाइलनाम, पढ़ेगा
या तो एआरजीवी फाइलें या एसटीडीआईएन से
-o फ़ाइल नाम - आउटपुट फ़ाइल नाम [डिफ़ॉल्ट STDOUT]
-एफ प्रारूप - खोज परिणाम प्रारूप (विस्फोट, फास्टा, वाबा, एक्सटी)
(ssearch फास्टा प्रारूप है)। डिफ़ॉल्ट विस्फोट है।
-t/-- प्रकार seqtype - यदि आप क्वेरी या हिट जानकारी देखना चाहते हैं
जीएफएफ रिपोर्ट में
-s/--source - स्रोत निर्दिष्ट करें (एल्गोरिदम नाम होगा
अन्यथा BLASTN की तरह)
--विधि - सुविधाओं का विधि टैग (प्राथमिक_टैग)
(डिफ़ॉल्ट समानता है)
--स्कोरफंक - एक स्ट्रिंग या फ़ाइल जिसे पार्स किए जाने पर मूल्यांकन किया जाता है
एक बंद करने के लिए जो एक सुविधा पारित किया जाएगा
ऑब्जेक्ट और वह स्कोर को प्रिंट करने के लिए लौटाता है
--locfunc - एक स्ट्रिंग या फ़ाइल जिसे पार्स किए जाने पर मूल्यांकन किया जाता है
एक बंद करने के लिए जो दो पारित किया जाएगा
सुविधाएँ, क्वेरी और हिट, और देता है
स्थान (जैव::स्थानमैं अनुपालन) के लिए
प्रत्येक HSP के लिए बनाई गई GFF3 सुविधा; समापन
क्लोन_लोक () और create_loc () का उपयोग कर सकते हैं
सुविधा के लिए कार्य, उनके POD देखें
--onehsp - प्रत्येक हिट के लिए केवल पहला HSP फीचर प्रिंट करें
-p/--parent - वह माता-पिता जिसके लिए एचएसपी सुविधाओं को संदर्भित करना चाहिए
यदि हिट या क्वेरी का नाम नहीं है (निर्भर करता है
ऑन -- टाइप)
--target/--notarget - हमेशा लक्ष्य टैग जोड़ना है या नहीं
-एच - यह सहायता मेनू
--वर्जन - उपयोग करने के लिए GFF संस्करण (gff 3 का उपयोग करने के लिए यहां 3 डालें)
--घटक - GFF घटक फ़ील्ड उत्पन्न करें (गुणसूत्र)
-एम/--मैच - एक 'मैच' लाइन जेनरेट करें जो एक कंटेनर है
सभी समानता HSPs
--addid - --match . के अभाव में आईडी टैग जोड़ें
-सी/--कटऑफ - एक मूल्यांकन कटऑफ निर्दिष्ट करें

इसके अतिरिक्त उन फ़ाइलनामों को निर्दिष्ट करें जिन्हें आप कमांड-लाइन पर संसाधित करना चाहते हैं। अगर कोई फाइल नहीं
निर्दिष्ट हैं तो एसटीडीआईएन इनपुट ग्रहण किया जाता है। आप इसे यह करके निर्दिष्ट करते हैं: bp_search2gff
फ़ाइल1 फ़ाइल2 फ़ाइल3

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके bp_search2gffp ऑनलाइन का उपयोग करें