זהו ה-command dane שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
דן - מחשבת טמפרטורת התכה של חומצת גרעין
תַקצִיר
דן -סדר פעולות המשך -גודל חלון מספר שלם -הגדלה של הילוך מספר שלם -דנאקונס לצוף
-קונכיית מלח לצוף [-מוצר לְמַתֵג] -פורמאמיד לצוף -חוסר התאמה לצוף -פרודלן מספר שלם
[-תרמו לְמַתֵג] -טֶמפֶּרָטוּרָה לצוף -rna בוליאני -עלילה לְמַתֵג -מינטמפ לצוף
-גרָף xygraph -תיק לדווח
דן עזרה
תיאור
דן היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("התוכנה הפתוחה לביולוגיה מולקולרית באירופה
סְוִיטָה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "גרעין:מאפיינים, גרעין:קומפוזיציה".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
דרוש סעיף
-גודל חלון מספר שלם
הערכים של נקודת התכה ותכונות תרמודינמיות אחרות של הרצף הם
נקבע על ידי לקיחת אורך קצר של רצף המכונה חלון וקביעת
מאפייני הרצף באותו חלון. החלון מועבר בהדרגה לאורך
רצף כאשר המאפיינים מחושבים בכל מיקום חדש. ערך ברירת מחדל: 20
-הגדלה של הילוך מספר שלם
זהו הכמות שבה החלון מועבר בכל תוספת על מנת למצוא את
נקודת התכה ותכונות אחרות לאורך הרצף. ערך ברירת מחדל: 1
-דנאקונס לצוף
ערך ברירת מחדל: 50.
-קונכיית מלח לצוף
ערך ברירת מחדל: 50.
נוסף סעיף
המוצר אפשרויות
-מוצר לְמַתֵג
זה מבקש לאחוז פורמאמיד, אחוז אי-ההתאמה המותרת ואורך המוצר.
-פורמאמיד לצוף
זה מציין את אחוז הפורמאמיד שיש להשתמש בו בחישובים (מתעלמים ממנו אלא אם כן
- נעשה שימוש במוצר). ערך ברירת מחדל: 0.
-חוסר התאמה לצוף
זה מציין את אחוז אי ההתאמה שיש להשתמש בחישובים (מתעלמים ממנה אלא אם כן
- נעשה שימוש במוצר). ערך ברירת מחדל: 0.
-פרודלן מספר שלם
זה מציין את אורך המוצר שיש להשתמש בו בחישובים (מתעלמים ממנו אלא אם כן
- נעשה שימוש במוצר). ערך ברירת מחדל: $(windowsize)
תרמודינמית אפשרויות
-תרמו לְמַתֵג
פלט את ערכי DeltaG, DeltaH ו-DeltaS של חלונות הרצף לנתוני הפלט
קובץ.
-טֶמפֶּרָטוּרָה לצוף
אם -thermo צוין אז זה מציין את הטמפרטורה שבה
חשב את ערכי DeltaG, DeltaH ו-DeltaS. ערך ברירת מחדל: 25.
מתקדם סעיף
-rna בוליאני
זה מציין שהרצף הוא רצף RNA ולא רצף DNA.
תְפוּקָה סעיף
-עלילה לְמַתֵג
אם זה לא מצוין אז קובץ נתוני הפלט מופק, אחרת עלילה של
נוצרת נקודת התכה לאורך הרצף.
-מינטמפ לצוף
הזן ערך מינימלי עבור סולם הטמפרטורה (ציר y) של העלילה. ערך ברירת מחדל:
55.
-גרָף xygraph
-תיק לדווח
אם לא מייצרים חלקה אז נתונים על נקודת ההתכה וכו' בכל חלון
לאורך הרצף יוצא פלט לקובץ.
השתמש ב-dane באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net