이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 convertToAtac 명령입니다.
프로그램:
이름
sim4dbutils - sim4db 생성 정렬 파일과 함께 작동하는 유틸리티
convertPolishes - sim4db와 GFF3 형식 간 변환
filterPolishes - 시퀀스 ID, 적용 범위 및 길이를 기반으로 정렬을 필터링합니다.
mergePolishes - 여러 파일의 정렬 병합
sortPolishes - cDNA 또는 게놈 서열 색인 또는 서열 이름을 기준으로 정렬 정렬
convertToExtent - sim4db 형식에서 탭으로 구분된 한 줄 형식으로 변환
fixPolishesIID - 특정 fasta 파일의 시퀀스 인덱스를 사용하도록 sim4db 파일을 업데이트합니다.
sim4db 파일에서 정렬의 하위 집합을 추출하는 데 사용할 수도 있습니다.
depthOfPolishes - 탭으로 구분된 다양한 광택 깊이의 히스토그램을 출력합니다.
창 크기.
headPolishes - 파일에서 처음 N개의 정렬을 인쇄합니다. 머리(1)
pickBestPolish - 각 cDNA에 대한 '최상의' 정렬만 보고합니다.
pickUniquePolish - 명확한 단일 최적 정렬이 있는 정렬을 보고합니다.
각 cDNA.
plotCoverageVsIdentity - (1) 백분율 동일성의 히스토그램 생성, (2) a
퍼센트 적용 범위의 히스토그램 및 (3) 퍼센트 동일성 및 적용 범위 목록(
산점도에서 사용).
uniqPolishes - 다중 정렬(-uniq) 또는
단일 정렬(-dupl)로. 비슷하다 유니크(1)
realignPolishes - sim4db 파일에 나열된 정렬을 다시 계산합니다.
reportAlignmentDifferences - 일련의 오류 유형에 대한 히스토그램을 생성합니다.
정렬 지원되지 않음 및 추천하지 않습니다
comparePolishes - 두 파일의 정렬을 연관시킵니다.
convertToAtac - sim4db 형식에서 ATAC 형식으로 변환합니다.
detectChimera - 키메라일 수 있는 시퀀스에 대한 정렬을 검사합니다.
mappingCoverage - 포함되는 쿼리 시퀀스(EST, cDNA)의 양을 보고합니다.
정렬.
parseSNP - SNP에 대한 정렬을 분석합니다.
removeDuplicate - 중복 정렬에 대한 입력을 검색합니다.
vennPolishes - 여러 sim4db 파일에 대한 벤 다이어그램을 생성합니다. 사용 된 내부로 by
ESTMapper 깨끗한 광택제
요약폴란드어
기술
이 프로그램은 작업할 수 있는 다양한 유틸리티입니다. 심4db(1) 생성된 정렬 파일.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 convertToAtac 사용