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프로그램:

이름

mimmer - 다중 게놈의 서열 정렬을 위한 패키지

개요

머머 주석
결합MUM
드나디프 [옵션]또는 [옵션]-d<델타파일>
정확한 탠덤
틈새
지도보기 [옵션]<좌표파일>[UTR좌표][CDS좌표]
mgaps [-NS][-NS][-엘][-NS]
광대 [옵션]
머머플롯 [옵션]<일치파일>
누머 [옵션]
nucmer2xfig
프로머 [옵션]
반복 매치 [옵션]
런머머1 <파스타참고><파스타쿼리>[-NS]
런머머3 <파스타참고><멀티패스타쿼리>
정렬 표시 [옵션]<참조아이디><qry아이디>

입력은 "nucmer" 또는 "promer" 프로그램의 .delta 출력입니다.
명령 행.

출력은 stdout이며 쿼리와 참조 간의 모든 정렬로 구성됩니다.
명령줄에서 식별된 시퀀스.

참고: 기본적으로 정렬이 수행되지 않으므로 정렬은
NS 입력.
쇼 코드 [옵션]
쇼-snps [옵션]
쇼 타일링 [옵션]

기술

옵션

모든 도구(갭 제외)는 -h, --help, -V 및 --version 옵션을 준수합니다.
예상하다. 이 도움말은 훌륭하며 이러한 매뉴얼 페이지를 기본적으로 쓸모 없게 만듭니다.
결합MUM MUM을 결합합니다. 끝과 MUM 사이에서 매치를 확장함으로써.
참조 시퀀스의 fast 파일입니다. 멀티
참조와 일치하는 시퀀스의 fast 파일

-D 차이 위치를 stdout으로만 출력
및 문자
-n 뉴클레오티드(예: ACGT) 간의 일치만 허용합니다.
-N num 다음에서 중단 일치 또는 그 이상의 연속적인 비 ACGT
-q 태그 쿼리 일치에 레이블을 지정하는 데 사용됩니다.
-r tag 참조 일치에 레이블을 지정하는 데 사용됩니다.
-S 문자열의 모든 차이점을 출력합니다.
-t 레이블 쿼리는 쿼리 fasta 헤더와 일치합니다.
-v num 추가 출력에 대한 자세한 수준 설정
-W file errors.gaps를 사용하여 기본 출력 파일 이름을 재설정합니다.
-x .cover 파일을 출력하지 않음
-e 오류율 컷오프를 e로 설정합니다(예: 0.02는 XNUMX%).
드나디프 nucmer 및 관련 항목을 사용하여 두 시퀀스 세트의 비교 분석 실행
권장 매개변수가 있는 유틸리티. 자세한 내용은 MUMmer 문서를 참조하세요.
출력에 대한 설명. 다음 출력 파일을 생성합니다.

.report - 정렬, 차이점 및 SNP 요약
.delta - 표준 누머 정렬 출력
.1delta - delta-filter -1의 1:1 정렬
.mdelta - delta-filter -m의 M-to-M 정렬
.1coords - show-coords의 1대1 좌표 -THrcl .1delta
.mcoords - show-coords의 M-to-M 좌표 -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta의 SNP
.rdiff - show-diff -rH .mdelta에서 분류된 참조 중단점
.qdiff - show-diff -qH .mdelta에서 분류된 qry 중단점
.unref - 정렬되지 않은 참조 ID 및 길이(해당되는 경우)
.unqry - 정렬되지 않은 쿼리 ID 및 길이(해당되는 경우)

필수적인:
reference 입력 참조 설정 multi-FASTA 파일 이름
쿼리 입력 쿼리 설정 multi-FASTA 파일 이름
or
델타 파일 nucmer의 필터링되지 않은 .delta 정렬 파일

옵션:
-d|delta 분석을 위해 미리 계산된 델타 파일 제공
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-V
--version 버전 정보를 표시하고 종료

지도보기
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-m|mag 그림이 렌더링되는 배율을 설정합니다.
이것은 생성하는 데 사용되는 fig2dev의 옵션입니다.
PDF 및 PS 파일(기본값 1.0)
-n|num 파티션을 분할하는 데 사용되는 출력 파일의 수를 설정합니다.
출력, 이것은 너무 많은 파일을 생성하는 것을 피하기 위한 것입니다.
크게 표시(기본값 10)
-p|prefix 출력 파일 접두사 설정
(기본값 "PROMER_graph 또는 NUCMER_graph")
-v
--verbose 처리된 파일의 자세한 로깅
-V
--version 버전 정보를 표시하고 종료
-x1 coord 디스플레이의 하한 좌표 경계를 설정합니다.
-x2 coord 디스플레이의 상한 좌표 경계를 설정합니다.
-g|ref 입력 파일이 'mgaps'에 의해 제공되는 경우
참조 시퀀스 ID(첫 번째 열에 나타나는 대로
UTR/CDS 좌표 파일)
-I 쿼리 시퀀스의 이름을 표시합니다.
-Ir 참조 유전자의 이름을 표시합니다.
광대 충분히 긴 모든 것의 위치와 길이를 찾아 출력(stdout으로)
부분 문자열의 최대 일치 그리고

-mum은 두 시퀀스에서 고유한 최대 일치를 계산합니다.
-mumcand -mumreference와 동일
-mumreference에서 고유한 최대 일치 항목을 계산합니다.
참조 시퀀스이지만 반드시 쿼리 시퀀스에 있는 것은 아닙니다.
(기본값)
-maxmatch 고유성에 관계없이 모든 최대 일치를 계산합니다.
-n 문자 a, c, g 또는 t와만 일치합니다.
대문자 또는 소문자일 수 있습니다.
-l 일치의 최소 길이를 설정합니다.
설정하지 않으면 기본값은 20입니다.
-b 정방향 및 역방향 보수 일치를 계산합니다.
-r 역 보수 일치만 계산
-s 일치하는 하위 문자열을 표시합니다.
-c 역 보수 일치의 쿼리 위치 보고
원래 쿼리 시퀀스에 상대적
-F 개수에 관계없이 4열 출력 형식을 강제 실행
참조 시퀀스 입력
-L 헤더 행의 쿼리 시퀀스 길이를 표시합니다.
눈머
nucmer는 두 개의 다중 FASTA 입력 간에 뉴클레오티드 정렬을 생성합니다.
파일. 두 개의 출력 파일이 생성됩니다. .cluster 출력 파일 목록
각 시퀀스 간의 일치 클러스터. .delta 파일에는
최대 점수를 생성하는 삽입과 삭제 사이의 거리
각 시퀀스 간의 정렬.

필수적인:
Reference 입력 레퍼런스 설정 multi-FASTA 파일명
쿼리 입력 쿼리 multi-FASTA 파일 이름 설정

--mum 두 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
및 쿼리
--mumcand --mumreference와 동일
--mumreference 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
그러나 쿼리에서 반드시 고유하지는 않습니다(기본 동작).
--maxmatch 고유성에 관계없이 모든 앵커 일치를 사용합니다.

-b|breaklen 정렬 확장이 시도할 거리를 설정합니다.
포기하기 전에 점수가 낮은 영역을 확장합니다(기본값 200).
-c|mincluster 일치하는 클러스터의 최소 길이를 설정합니다(기본값 65).
--[no]delta 델타 파일 생성을 토글합니다(기본값 --delta).
--depend 종속성 정보를 출력하고 종료합니다.
-d|diagfactor 클러스터링 대각 차이 분리 인수를 설정합니다.
(기본값 0.12)
--[no]extend 클러스터 확장 단계 전환(기본값 --extend)
-f
--forward 쿼리 시퀀스의 정방향 가닥만 사용
-g|maxgap a에서 두 개의 인접한 일치 사이의 최대 간격을 설정합니다.
클러스터(기본값 90)
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-l|minmatch 단일 일치의 최소 길이를 설정합니다(기본값 20).
-o
--coords 원본 NUCmer1.1 좌표를 자동으로 생성합니다.
'show-coords' 프로그램을 사용하여 출력 파일
--[no]optimize 정렬 점수 최적화를 토글합니다. 즉, 정렬이
확장자가 시퀀스의 끝에 도달하면 역추적합니다.
종료하는 대신 정렬 점수를 최적화하기 위해
시퀀스 끝에 정렬(기본값 --optimize)
-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-r
--reverse 쿼리 시퀀스의 역 보수만 사용
--[no]simplify 음영 클러스터를 제거하여 정렬을 단순화합니다. 회전하다
시퀀스를 보기 위해 자체에 정렬하는 경우 이 옵션을 끕니다.
반복의 경우(기본값 --simplify)

프로머
promer는 두 개의 mutli-FASTA DNA 입력 사이에 아미노산 정렬을 생성합니다.
파일. 두 개의 출력 파일이 생성됩니다. .cluster 출력 파일 목록
각 시퀀스 간의 일치 클러스터. .delta 파일에는
최대 점수를 생성하는 삽입과 삭제 사이의 거리
각 시퀀스 간의 정렬. DNA 입력은 6개 모두로 번역됩니다.
출력을 생성하기 위해 프레임을 읽지만 출력 좌표는
원래 DNA 입력을 참조하십시오.

필수적인:
Reference 입력 참조 multi-FASTA DNA 파일 설정
Query 입력 쿼리 multi-FASTA DNA 파일 설정

--mum 두 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
및 쿼리
--mumcand --mumreference와 동일
--mumreference 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
그러나 쿼리에서 반드시 고유하지는 않습니다(기본 동작).
--maxmatch 고유성에 관계없이 모든 앵커 일치를 사용합니다.

-b|breaklen 정렬 확장이 시도할 거리를 설정합니다.
포기하기 전에 점수가 낮은 영역을 확장합니다.
아미노산(기본값 60)
-c|mincluster 다음에서 측정된 일치 클러스터의 최소 길이를 설정합니다.
아미노산(기본값 20)
--[no]delta 델타 파일 생성을 토글합니다(기본값 --delta).
--depend 종속성 정보를 출력하고 종료합니다.
-d|diagfactor 클러스터링 대각 차이 분리 인수를 설정합니다.
(기본값 .11)
--[no]extend 클러스터 확장 단계 전환(기본값 --extend)
-g|maxgap a에서 두 개의 인접한 일치 사이의 최대 간격을 설정합니다.
클러스터, 아미노산으로 측정(기본값 30)
-l|minmatch 아미노 단위로 측정된 단일 일치의 최소 길이를 설정합니다.
산(기본값 6)
-m|masklen 아미노 단위로 측정된 최대 북엔드 마스킹 길이를 설정합니다.
산(기본값 8)
-o
--coords 원본 PROmer1.1 ".coords"를 자동으로 생성합니다.
"show-coords" 프로그램을 사용하여 출력 파일
--[no]optimize 정렬 점수 최적화를 토글합니다. 즉, 정렬이
확장자가 시퀀스의 끝에 도달하면 역추적합니다.
종료하는 대신 정렬 점수를 최적화하기 위해
시퀀스 끝에 정렬(기본값 --optimize)

-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-x|matrix 정렬 행렬 번호를 1로 설정 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] 또는 3 [BLOSUM 80](기본값 2)
반복 매치 모든 최대 일치 일치 찾기
-E 완전한(느린) 검색을 사용하여 일치 항목을 찾습니다.
-f 정방향 가닥만, 역 보수를 사용하지 않음
-n # 최소 일치 길이를 #으로 설정합니다.
-t 출력 탠덤 반복만
-V # 자세한(디버깅) 인쇄 수준을 #으로 설정합니다.
정렬 표시
-h 도움말 정보 표시
-q 쿼리 시작 좌표로 정렬 정렬
-r 참조 시작 좌표로 정렬 정렬
-w int 화면 너비를 설정합니다. 기본값은 60입니다.
-x int 행렬 유형 설정 - 기본값은 2(BLOSUM 62),
다른 옵션에는 1(BLOSUM 45) 및 3(BLOSUM 80)이 포함됩니다.
참고: 아미노산 정렬에만 영향을 미칩니다.
쇼 코드
-b 일치 디렉토리에 관계없이 겹치는 정렬을 병합합니다.
또는 프레임이며 신원 정보를 표시하지 않습니다.
-B btab 형식으로 출력을 전환합니다.
-c 출력에 퍼센트 적용 범위 정보를 포함합니다.
-d 추가 항목에 정렬 방향을 표시합니다.
FRM 열(프로머의 경우 기본값)
-g 더 이상 사용되지 않는 옵션입니다. 대신 '델타 필터'를 사용하세요.
-h 도움말 정보 표시
-H 출력 헤더를 인쇄하지 않음
-I float 표시할 최소 백분율 식별 설정
-k 겹치는 녹아웃(표시하지 않음) 정렬
50% 이상 다른 프레임의 다른 정렬
길이의 및 더 작은 백분율 유사도를 가집니다.
또는 다른 선형 크기의 75% 미만입니다.
(프로머 전용)
-l 출력에 시퀀스 길이 정보를 포함합니다.
-L long 표시할 최소 정렬 길이 설정
-o 두 ​​시퀀스 사이의 최대 정렬에 주석 달기, 즉
참조 시퀀스와 쿼리 시퀀스 간의 겹침
-q 쿼리 ID 및 좌표별로 출력 라인 정렬
-r 참조 ID 및 좌표별로 출력 라인 정렬
-T 탭으로 구분된 형식으로 출력을 전환합니다.

입력은 "nucmer" 또는 "promer" 프로그램의 .delta 출력입니다.
명령 행.

출력은 stdout이며 좌표, 퍼센트 동일성 및 기타 목록으로 구성됩니다.
로 사용되는 .delta 파일에 포함된 정렬 데이터에 관한 유용한 정보
입력.

참고: 정렬은 기본적으로 수행되지 않으므로 찾은 대로 정렬됩니다.
에서 입력.
쇼-snps
-C 모호한 정렬에서 SNP를 보고하지 않음
매핑, 즉 [R] 및 [Q]가 있는 SNP만 보고합니다.
열은 0이고 이 열을 출력하지 않습니다.
-h 도움말 정보 표시
-H 출력 헤더를 인쇄하지 않음
- I Do not report indel
-l 출력에 시퀀스 길이 정보 포함
-q 쿼리 ID 및 SNP 위치별로 출력 라인 정렬
-r 참조 ID 및 SNP 위치별로 출력 라인 정렬
-S 전달하여 보고할 정렬을 지정합니다.
표준 입력에 대한 'show-coords' 행
-T 탭으로 구분된 형식으로 전환
-x int 주변 SNP 컨텍스트의 x 문자를
출력, 기본값 0

입력은 명령에 전달된 nucmer 또는 promer 프로그램의 .delta 출력입니다.
줄입니다.

출력은 stdout이며 SNP 목록으로 구성됩니다.
promer) 위치 및 기타 유용한 정보를 제공합니다. 출력은 기본적으로 -r로 정렬됩니다.
[BUFF] 열은 항상 위치가 정렬된 시퀀스를 참조합니다.
이 값은 이 SNP에서 가장 가까운 불일치(정렬 끝,
indel, SNP 등) 동일한 정렬에서 [DIST] 열은 거리를 지정합니다.
이 SNP에서 가장 가까운 시퀀스 끝으로. [R] 및 [Q] 열이 다음과 같은 SNP
0보다 큰 값은 주의해서 평가해야 합니다. 이러한 열은
이 위치와 겹치는 다른 정렬. -C를 사용하여 SNP가 다음에서만 보고되도록 합니다.
독특한 정렬 영역.

쇼 타일링
-a 탭으로 구분하여 인쇄하여 타일링 경로를 설명합니다.
stdout에 대한 정렬 영역 좌표
-c 참조 시퀀스가 ​​원형이라고 가정하고
원점에 걸쳐 타일링된 contigs
-g int 클러스터 정렬 사이의 최대 간격 설정 [-1, INT_MAX]
-1 값은 무한대를 나타냅니다.
(숫자 기본값 = 1000)
(프로머 기본값 = -1)
-i float 최소 퍼센트 동일성을 타일 [0.0, 100.0]으로 설정합니다.
(숫자 기본값 = 90.0)
(프로머 기본값 = 55.0)
-l int 보고할 최소 길이 contig 설정 [-1, INT_MAX]
-1 값은 무한대를 나타냅니다.
(공통 기본값 = 1)
-p file 쿼리 contigs의 의사 분자를 'file'로 출력
-R 무작위로 배치하여 반복적인 contig 처리
복사 위치 중 하나에서(-V 0을 의미함)
-t file 각 쿼리 시퀀스의 TIGR 스타일 contig 목록을 출력합니다.
참조와 충분히 일치하는 것(비원형)
-u 파일 탭으로 구분된 정렬 영역 좌표를 출력합니다.
'file'에 사용할 수 없는 contig 중
-v float 최소 contig 범위를 타일 [0.0, 100.0]으로 설정합니다.
(nucmer 기본값 = 95.0) 개별 정렬의 합계
(프로머 기본값 = 50.0) 합성 영역의 범위
-V float 최소 contig 범위 차이 설정 [0.0, 100.0]
즉, 하나의 정렬을 결정하는 데 필요한 차이
다른 정렬보다 '더 나은'
(nucmer 기본값 = 10.0) 개별 정렬의 합계
(프로머 기본값 = 30.0) 합성 영역의 범위
-x XML contig를 인쇄하여 타일링 경로를 설명합니다.
정보를 stdout에 연결

입력은 매우 유사한 시퀀스 데이터에서 실행되는 nucmer 프로그램의 .delta 출력입니다. 또는
promer 프로그램의 .delta 출력은 분기 시퀀스 데이터에서 실행됩니다.

출력은 stdout이며 각 정렬 쿼리의 예측 위치로 구성됩니다.
참조 시퀀스에 매핑된 contig. 이 좌표는 범위를 참조합니다.
전체 쿼리 contig, 심지어 특정 비율의 contig만이 실제로
정렬됩니다(-a 옵션이 사용되지 않는 한). 열은 참조에서 시작, 참조에서 끝, 다음까지의 거리입니다.
다음 contig, 이 contig의 길이, 정렬 범위, ID, 방향 및 ID
각각.

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