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온웍스 파비콘

mapview - 클라우드의 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 mapview 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 mapview입니다.

프로그램:

이름


mimmer - 다중 게놈의 서열 정렬을 위한 패키지

개요


머머 주석
결합MUM
드나디프 [옵션]또는 [옵션]-d<delta파일>
정확한 탠덤
틈새
지도보기 [옵션]<coords파일>[UTR좌표][CDS좌표]
mgaps [-NS][-NS][-엘][-NS]
광대 [옵션]
머머플롯 [옵션]<match파일>
누머 [옵션]
nucmer2xfig
프로머 [옵션]
반복 매치 [옵션]
런머머1 <fasta참고><fasta쿼리>[-NS]
런머머3 <fasta참고><multi-fasta쿼리>
정렬 표시 [옵션]<ref아이디><qry아이디>

입력은 "nucmer" 또는 "promer" 프로그램의 .delta 출력입니다.
명령 행.

출력은 stdout이며 쿼리와 참조 간의 모든 정렬로 구성됩니다.
명령줄에서 식별된 시퀀스.

참고: 기본적으로 정렬이 수행되지 않으므로 정렬은
NS 입력.
쇼 코드 [옵션]
쇼-snps [옵션]
쇼 타일링 [옵션]

기술


옵션


모든 도구(갭 제외)는 -h, --help, -V 및 --version 옵션을 준수합니다.
예상하다. 이 도움말은 훌륭하며 이러한 매뉴얼 페이지를 기본적으로 쓸모 없게 만듭니다.
결합MUM MUM을 결합합니다. 끝과 MUM 사이에서 매치를 확장함으로써.
참조 시퀀스의 fast 파일입니다. 멀티
참조와 일치하는 시퀀스의 fast 파일

-D 차이 위치를 stdout으로만 출력
및 문자
-n 뉴클레오티드(예: ACGT) 간의 일치만 허용합니다.
-N num 다음에서 중단 일치 또는 그 이상의 연속적인 비 ACGT
-q 태그 쿼리 일치에 레이블을 지정하는 데 사용됩니다.
-r tag 참조 일치에 레이블을 지정하는 데 사용됩니다.
-S 문자열의 모든 차이점을 출력합니다.
-t 레이블 쿼리는 쿼리 fasta 헤더와 일치합니다.
-v num 추가 출력에 대한 자세한 수준 설정
-W file errors.gaps를 사용하여 기본 출력 파일 이름을 재설정합니다.
-x .cover 파일을 출력하지 않음
-e 오류율 컷오프를 e로 설정합니다(예: 0.02는 XNUMX%).
드나디프 nucmer 및 관련 항목을 사용하여 두 시퀀스 세트의 비교 분석 실행
권장 매개변수가 있는 유틸리티. 자세한 내용은 MUMmer 문서를 참조하세요.
출력에 대한 설명. 다음 출력 파일을 생성합니다.

.report - 정렬, 차이점 및 SNP 요약
.delta - 표준 누머 정렬 출력
.1delta - delta-filter -1의 1:1 정렬
.mdelta - delta-filter -m의 M-to-M 정렬
.1coords - show-coords의 1대1 좌표 -THrcl .1delta
.mcoords - show-coords의 M-to-M 좌표 -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta의 SNP
.rdiff - show-diff -rH .mdelta에서 분류된 참조 중단점
.qdiff - show-diff -qH .mdelta에서 분류된 qry 중단점
.unref - 정렬되지 않은 참조 ID 및 길이(해당되는 경우)
.unqry - 정렬되지 않은 쿼리 ID 및 길이(해당되는 경우)

필수적인:
reference 입력 참조 설정 multi-FASTA 파일 이름
쿼리 입력 쿼리 설정 multi-FASTA 파일 이름
or
델타 파일 nucmer의 필터링되지 않은 .delta 정렬 파일

옵션:
-d|delta 분석을 위해 미리 계산된 델타 파일 제공
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-V
--version 버전 정보를 표시하고 종료

지도보기
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-m|mag 그림이 렌더링되는 배율을 설정합니다.
이것은 생성하는 데 사용되는 fig2dev의 옵션입니다.
PDF 및 PS 파일(기본값 1.0)
-n|num 파티션을 분할하는 데 사용되는 출력 파일의 수를 설정합니다.
출력, 이것은 너무 많은 파일을 생성하는 것을 피하기 위한 것입니다.
크게 표시(기본값 10)
-p|prefix 출력 파일 접두사 설정
(기본값 "PROMER_graph 또는 NUCMER_graph")
-v
--verbose 처리된 파일의 자세한 로깅
-V
--version 버전 정보를 표시하고 종료
-x1 coord 디스플레이의 하한 좌표 경계를 설정합니다.
-x2 coord 디스플레이의 상한 좌표 경계를 설정합니다.
-g|ref 입력 파일이 'mgaps'에 의해 제공되는 경우
참조 시퀀스 ID(첫 번째 열에 나타나는 대로
UTR/CDS 좌표 파일)
-I 쿼리 시퀀스의 이름을 표시합니다.
-Ir 참조 유전자의 이름을 표시합니다.
광대 충분히 긴 모든 것의 위치와 길이를 찾아 출력(stdout으로)
부분 문자열의 최대 일치 그리고

-mum은 두 시퀀스에서 고유한 최대 일치를 계산합니다.
-mumcand -mumreference와 동일
-mumreference에서 고유한 최대 일치 항목을 계산합니다.
참조 시퀀스이지만 반드시 쿼리 시퀀스에 있는 것은 아닙니다.
(기본값)
-maxmatch 고유성에 관계없이 모든 최대 일치를 계산합니다.
-n 문자 a, c, g 또는 t와만 일치합니다.
대문자 또는 소문자일 수 있습니다.
-l 일치의 최소 길이를 설정합니다.
설정하지 않으면 기본값은 20입니다.
-b 정방향 및 역방향 보수 일치를 계산합니다.
-r 역 보수 일치만 계산
-s 일치하는 하위 문자열을 표시합니다.
-c 역 보수 일치의 쿼리 위치 보고
원래 쿼리 시퀀스에 상대적
-F 개수에 관계없이 4열 출력 형식을 강제 실행
참조 시퀀스 입력
-L 헤더 행의 쿼리 시퀀스 길이를 표시합니다.
눈머
nucmer는 두 개의 다중 FASTA 입력 간에 뉴클레오티드 정렬을 생성합니다.
파일. 두 개의 출력 파일이 생성됩니다. .cluster 출력 파일 목록
각 시퀀스 간의 일치 클러스터. .delta 파일에는
최대 점수를 생성하는 삽입과 삭제 사이의 거리
각 시퀀스 간의 정렬.

필수적인:
Reference 입력 레퍼런스 설정 multi-FASTA 파일명
쿼리 입력 쿼리 multi-FASTA 파일 이름 설정

--mum 두 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
및 쿼리
--mumcand --mumreference와 동일
--mumreference 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
그러나 쿼리에서 반드시 고유하지는 않습니다(기본 동작).
--maxmatch 고유성에 관계없이 모든 앵커 일치를 사용합니다.

-b|breaklen 정렬 확장이 시도할 거리를 설정합니다.
포기하기 전에 점수가 낮은 영역을 확장합니다(기본값 200).
-c|mincluster 일치하는 클러스터의 최소 길이를 설정합니다(기본값 65).
--[no]delta 델타 파일 생성을 토글합니다(기본값 --delta).
--depend 종속성 정보를 출력하고 종료합니다.
-d|diagfactor 클러스터링 대각 차이 분리 인수를 설정합니다.
(기본값 0.12)
--[no]extend 클러스터 확장 단계 전환(기본값 --extend)
-f
--forward 쿼리 시퀀스의 정방향 가닥만 사용
-g|maxgap a에서 두 개의 인접한 일치 사이의 최대 간격을 설정합니다.
클러스터(기본값 90)
-h
--help 도움말 정보를 표시하고 종료
-l|minmatch 단일 일치의 최소 길이를 설정합니다(기본값 20).
-o
--coords 원본 NUCmer1.1 좌표를 자동으로 생성합니다.
'show-coords' 프로그램을 사용하여 출력 파일
--[no]optimize 정렬 점수 최적화를 토글합니다. 즉, 정렬이
확장자가 시퀀스의 끝에 도달하면 역추적합니다.
종료하는 대신 정렬 점수를 최적화하기 위해
시퀀스 끝에 정렬(기본값 --optimize)
-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-r
--reverse 쿼리 시퀀스의 역 보수만 사용
--[no]simplify 음영 클러스터를 제거하여 정렬을 단순화합니다. 회전하다
시퀀스를 보기 위해 자체에 정렬하는 경우 이 옵션을 끕니다.
반복의 경우(기본값 --simplify)

프로머
promer는 두 개의 mutli-FASTA DNA 입력 사이에 아미노산 정렬을 생성합니다.
파일. 두 개의 출력 파일이 생성됩니다. .cluster 출력 파일 목록
각 시퀀스 간의 일치 클러스터. .delta 파일에는
최대 점수를 생성하는 삽입과 삭제 사이의 거리
각 시퀀스 간의 정렬. DNA 입력은 6개 모두로 번역됩니다.
출력을 생성하기 위해 프레임을 읽지만 출력 좌표는
원래 DNA 입력을 참조하십시오.

필수적인:
Reference 입력 참조 multi-FASTA DNA 파일 설정
Query 입력 쿼리 multi-FASTA DNA 파일 설정

--mum 두 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
및 쿼리
--mumcand --mumreference와 동일
--mumreference 참조에서 고유한 앵커 일치를 사용합니다.
그러나 쿼리에서 반드시 고유하지는 않습니다(기본 동작).
--maxmatch 고유성에 관계없이 모든 앵커 일치를 사용합니다.

-b|breaklen 정렬 확장이 시도할 거리를 설정합니다.
포기하기 전에 점수가 낮은 영역을 확장합니다.
아미노산(기본값 60)
-c|mincluster 다음에서 측정된 일치 클러스터의 최소 길이를 설정합니다.
아미노산(기본값 20)
--[no]delta 델타 파일 생성을 토글합니다(기본값 --delta).
--depend 종속성 정보를 출력하고 종료합니다.
-d|diagfactor 클러스터링 대각 차이 분리 인수를 설정합니다.
(기본값 .11)
--[no]extend 클러스터 확장 단계 전환(기본값 --extend)
-g|maxgap a에서 두 개의 인접한 일치 사이의 최대 간격을 설정합니다.
클러스터, 아미노산으로 측정(기본값 30)
-l|minmatch 아미노 단위로 측정된 단일 일치의 최소 길이를 설정합니다.
산(기본값 6)
-m|masklen 아미노 단위로 측정된 최대 북엔드 마스킹 길이를 설정합니다.
산(기본값 8)
-o
--coords 원본 PROmer1.1 ".coords"를 자동으로 생성합니다.
"show-coords" 프로그램을 사용하여 출력 파일
--[no]optimize 정렬 점수 최적화를 토글합니다. 즉, 정렬이
확장자가 시퀀스의 끝에 도달하면 역추적합니다.
종료하는 대신 정렬 점수를 최적화하기 위해
시퀀스 끝에 정렬(기본값 --optimize)

-p|prefix 출력 파일의 접두사를 설정합니다(기본값 "out").
-x|matrix 정렬 행렬 번호를 1로 설정 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] 또는 3 [BLOSUM 80](기본값 2)
반복 매치 모든 최대 일치 일치 찾기
-E 완전한(느린) 검색을 사용하여 일치 항목을 찾습니다.
-f 정방향 가닥만, 역 보수를 사용하지 않음
-n # 최소 일치 길이를 #으로 설정합니다.
-t 출력 탠덤 반복만
-V # 자세한(디버깅) 인쇄 수준을 #으로 설정합니다.
정렬 표시
-h 도움말 정보 표시
-q 쿼리 시작 좌표로 정렬 정렬
-r 참조 시작 좌표로 정렬 정렬
-w int 화면 너비를 설정합니다. 기본값은 60입니다.
-x int 행렬 유형 설정 - 기본값은 2(BLOSUM 62),
다른 옵션에는 1(BLOSUM 45) 및 3(BLOSUM 80)이 포함됩니다.
참고: 아미노산 정렬에만 영향을 미칩니다.
쇼 코드
-b 일치 디렉토리에 관계없이 겹치는 정렬을 병합합니다.
또는 프레임이며 신원 정보를 표시하지 않습니다.
-B btab 형식으로 출력을 전환합니다.
-c 출력에 퍼센트 적용 범위 정보를 포함합니다.
-d 추가 항목에 정렬 방향을 표시합니다.
FRM 열(프로머의 경우 기본값)
-g 더 이상 사용되지 않는 옵션입니다. 대신 '델타 필터'를 사용하세요.
-h 도움말 정보 표시
-H 출력 헤더를 인쇄하지 않음
-I float 표시할 최소 백분율 식별 설정
-k 겹치는 녹아웃(표시하지 않음) 정렬
50% 이상 다른 프레임의 다른 정렬
길이의 및 더 작은 백분율 유사도를 가집니다.
또는 다른 선형 크기의 75% 미만입니다.
(프로머 전용)
-l 출력에 시퀀스 길이 정보를 포함합니다.
-L long 표시할 최소 정렬 길이 설정
-o 두 ​​시퀀스 사이의 최대 정렬에 주석 달기, 즉
참조 시퀀스와 쿼리 시퀀스 간의 겹침
-q 쿼리 ID 및 좌표별로 출력 라인 정렬
-r 참조 ID 및 좌표별로 출력 라인 정렬
-T 탭으로 구분된 형식으로 출력을 전환합니다.

입력은 "nucmer" 또는 "promer" 프로그램의 .delta 출력입니다.
명령 행.

출력은 stdout이며 좌표, 퍼센트 동일성 및 기타 목록으로 구성됩니다.
로 사용되는 .delta 파일에 포함된 정렬 데이터에 관한 유용한 정보
입력.

참고: 정렬은 기본적으로 수행되지 않으므로 찾은 대로 정렬됩니다.
에서 입력.
쇼-snps
-C 모호한 정렬에서 SNP를 보고하지 않음
매핑, 즉 [R] 및 [Q]가 있는 SNP만 보고합니다.
열은 0이고 이 열을 출력하지 않습니다.
-h 도움말 정보 표시
-H 출력 헤더를 인쇄하지 않음
- I Do not report indel
-l 출력에 시퀀스 길이 정보 포함
-q 쿼리 ID 및 SNP 위치별로 출력 라인 정렬
-r 참조 ID 및 SNP 위치별로 출력 라인 정렬
-S 전달하여 보고할 정렬을 지정합니다.
표준 입력에 대한 'show-coords' 행
-T 탭으로 구분된 형식으로 전환
-x int 주변 SNP 컨텍스트의 x 문자를
출력, 기본값 0

입력은 명령에 전달된 nucmer 또는 promer 프로그램의 .delta 출력입니다.
줄입니다.

출력은 stdout이며 SNP 목록으로 구성됩니다.
promer) 위치 및 기타 유용한 정보를 제공합니다. 출력은 기본적으로 -r로 정렬됩니다.
[BUFF] 열은 항상 위치가 정렬된 시퀀스를 참조합니다.
이 값은 이 SNP에서 가장 가까운 불일치(정렬 끝,
indel, SNP 등) 동일한 정렬에서 [DIST] 열은 거리를 지정합니다.
이 SNP에서 가장 가까운 시퀀스 끝으로. [R] 및 [Q] 열이 다음과 같은 SNP
0보다 큰 값은 주의해서 평가해야 합니다. 이러한 열은
이 위치와 겹치는 다른 정렬. -C를 사용하여 SNP가 다음에서만 보고되도록 합니다.
독특한 정렬 영역.

쇼 타일링
-a 탭으로 구분하여 인쇄하여 타일링 경로를 설명합니다.
stdout에 대한 정렬 영역 좌표
-c 참조 시퀀스가 ​​원형이라고 가정하고
원점에 걸쳐 타일링된 contigs
-g int 클러스터 정렬 사이의 최대 간격 설정 [-1, INT_MAX]
-1 값은 무한대를 나타냅니다.
(숫자 기본값 = 1000)
(프로머 기본값 = -1)
-i float 최소 퍼센트 동일성을 타일 [0.0, 100.0]으로 설정합니다.
(숫자 기본값 = 90.0)
(프로머 기본값 = 55.0)
-l int 보고할 최소 길이 contig 설정 [-1, INT_MAX]
-1 값은 무한대를 나타냅니다.
(공통 기본값 = 1)
-p file 쿼리 contigs의 의사 분자를 'file'로 출력
-R 무작위로 배치하여 반복적인 contig 처리
복사 위치 중 하나에서(-V 0을 의미함)
-t file 각 쿼리 시퀀스의 TIGR 스타일 contig 목록을 출력합니다.
참조와 충분히 일치하는 것(비원형)
-u 파일 탭으로 구분된 정렬 영역 좌표를 출력합니다.
'file'에 사용할 수 없는 contig 중
-v float 최소 contig 범위를 타일 [0.0, 100.0]으로 설정합니다.
(nucmer 기본값 = 95.0) 개별 정렬의 합계
(프로머 기본값 = 50.0) 합성 영역의 범위
-V float 최소 contig 범위 차이 설정 [0.0, 100.0]
즉, 하나의 정렬을 결정하는 데 필요한 차이
다른 정렬보다 '더 나은'
(nucmer 기본값 = 10.0) 개별 정렬의 합계
(프로머 기본값 = 30.0) 합성 영역의 범위
-x XML contig를 인쇄하여 타일링 경로를 설명합니다.
정보를 stdout에 연결

입력은 매우 유사한 시퀀스 데이터에서 실행되는 nucmer 프로그램의 .delta 출력입니다. 또는
promer 프로그램의 .delta 출력은 분기 시퀀스 데이터에서 실행됩니다.

출력은 stdout이며 각 정렬 쿼리의 예측 위치로 구성됩니다.
참조 시퀀스에 매핑된 contig. 이 좌표는 범위를 참조합니다.
전체 쿼리 contig, 심지어 특정 비율의 contig만이 실제로
정렬됩니다(-a 옵션이 사용되지 않는 한). 열은 참조에서 시작, 참조에서 끝, 다음까지의 거리입니다.
다음 contig, 이 contig의 길이, 정렬 범위, ID, 방향 및 ID
각각.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mapview 사용


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