രണ്ടാം സ്കോർ

പട്ടിക:

NAME

രണ്ടാം സ്‌കോർ - ഓരോ സ്ഥാനത്തും നങ്കൂരമിട്ടിരിക്കുന്ന മികച്ച ഹെയർപിൻ കണ്ടെത്തുക.

സിനോപ്സിസ്

രണ്ടാം സ്‌കോർ ഇൻ.ഫാസ്റ്റ > ഔട്ട്.ഹെയർപിൻസ്

വിവരണം

ക്രമത്തിലെ ഓരോ സ്ഥാനത്തിനും ഇത് ഒരു ലൈൻ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACAT
(സ്കോർ) (ആരംഭം .. അവസാനം) (ഇടത് സന്ദർഭം) (ഹെയർപിൻ) (വലത് കണ്ടെക്സ്റ്റ്)

സീക്വൻസുകളുടെ അറ്റത്തിനടുത്തുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾക്ക്, സന്ദർഭം 'x' ഉപയോഗിച്ച് പാഡ് ചെയ്തേക്കാം
കഥാപാത്രങ്ങൾ. ഹെയർപിൻ കണ്ടെത്താൻ കഴിയുന്നില്ലെങ്കിൽ, സ്കോർ 'ഒന്നുമില്ല' ആയിരിക്കും.

ഒന്നിലധികം ഫാസ്റ്റ ഫയലുകൾ നൽകാം, ഓരോ ഫാസ്റ്റ ഫയലിലും ഒന്നിലധികം സീക്വൻസുകൾ ഉണ്ടാകാം. ദി
ഓരോ സീക്വൻസിനുമുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് '>' എന്നതിൽ തുടങ്ങുന്ന ഒരു ലൈൻ കൊണ്ട് വേർതിരിക്കും
ക്രമത്തിന്റെ ഫാസ്റ്റ വിവരണം.

പ്ലസ് സ്‌ട്രാൻഡിന്റെയും മൈനസ് സ്‌ട്രാൻഡിന്റെയും ഹെയർപിൻ സ്‌കോറുകൾ വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കാം (GU കാരണം
ആർഎൻഎയിൽ ബൈൻഡിംഗ്), ഡിഫോൾട്ടായി 2nd സ്‌കോർ ഓരോ സീക്വൻസിനും രണ്ട് സെറ്റ് ഹെയർപിനുകൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുന്നു:
ഫോർവേഡ് ഹെയർപിനുകളും റിവേഴ്സ് ഹെയർപിനുകളും. എല്ലാ ഫോർവേഡ് ഹെയർപിനുകളും ആദ്യം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം
അവയ്‌ക്ക് മുമ്പുള്ള '>' വരിയുടെ അവസാനം 'ഫോർവേഡ്' എന്ന വാക്ക് ഉപയോഗിച്ച് തിരിച്ചറിയുന്നു.
അതുപോലെ, റിവേഴ്‌സ് ഹെയർപിനുകൾ 'റിവേഴ്‌സ്' എന്നതിൽ അവസാനിക്കുന്ന '>' ലൈനിന് ശേഷം ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. നിങ്ങൾ എങ്കിൽ
ഒന്നോ അതിലധികമോ സ്ട്രാൻഡ് മാത്രം തിരയാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു, നിങ്ങൾക്ക് ഇത് ഉപയോഗിക്കാം:

--no-fwd ഫോർവേഡ് ഹെയർപിന്നുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്
--no-rvs റിവേഴ്സ് ഹെയർപിന്നുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

--gc, --au, --gu, ഉപയോഗിച്ചുള്ള ട്രാൻസ്‌റ്റെർം പോലെ, ഉപയോഗിച്ച ഊർജ്ജ പ്രവർത്തനം നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജീകരിക്കാനാകും.
--mm, --gap ഓപ്ഷനുകൾ. --min-loop, --max-loop, --max-len എന്നീ ഓപ്ഷനുകളും പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.

ഫോർമാറ്റ് OF ദി .ബാഗ് ഫയലുകൾ
.bag ഫയലുകൾക്കുള്ള നിരകൾ ക്രമത്തിലാണ്:

1. ജീൻ_നാമം
2. ടെർമിനേറ്റർ_സ്റ്റാർട്ട്
3. terminator_end
4. ഹെയർപിൻ_സ്കോർ
5. ടെയിൽ_സ്കോർ
6. ടെർമിനേറ്റർ_സീക്വൻസ്

7. ടെർമിനേറ്റർ_കോൺഫിഡൻസ്: ഹെയർപിൻ, ടെയിൽ സ്കോർ എന്നിവയുടെ സംയോജനം
അത്തരം സ്‌കോറുകൾ ക്രമരഹിതമായ ക്രമത്തിൽ എത്രത്തോളം സാദ്ധ്യതയുണ്ടെന്ന് കണക്കിലെടുക്കുന്നു. ഈ
ടെർമിനേറ്ററിനുള്ള പ്രധാന "സ്കോർ" ആണ്, ഇത് വിവരിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ കണക്കാക്കുന്നു
കടലാസ്.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: അടിസ്ഥാനത്തിന്റെ *ഏകദേശം* എണ്ണം
ജീനിന്റെ അവസാനത്തിനും ടെർമിനേറ്ററിന്റെ തുടക്കത്തിനും ഇടയിലുള്ള ജോഡികൾ. ഈ
പല തരത്തിൽ ഏകദേശമാണ്: ആദ്യം, (ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ടത്) TransTermHP
എല്ലായ്പ്പോഴും യഥാർത്ഥ ജീൻ അറ്റങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല. നിങ്ങൾ നൽകുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ അനുസരിച്ച്
ടെർമിനേറ്ററുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ ജീനുകളുടെ അറ്റത്ത് ചിലത് ട്രിം ചെയ്തേക്കാം
ജീനുകളുമായി ഭാഗികമായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്നു. രണ്ടാമതായി, ടെർമിനേറ്റർ "ആരംഭിക്കുന്നിടത്ത്"
അത് നന്നായി നിർവചിച്ചതല്ലേ. ഈ ഫീൽഡ് ഒരു സാനിറ്റി പരിശോധനയ്ക്കായി മാത്രം ഉദ്ദേശിച്ചിട്ടുള്ളതാണ്
(ജീനുകളുടെ അറ്റത്ത് ഏറ്റവും മികച്ചതായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട ടെർമിനേറ്ററുകൾ പാടില്ല
ജീനിന്റെ അറ്റത്ത് നിന്ന് _വളരെ ദൂരെ_).

ഉപയോഗിക്കുന്നു പരിവർത്തനം കൂടാതെ ജിനോം വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ
TransTermHP അറിയപ്പെടുന്ന ജീൻ വിവരങ്ങൾ 3 കാര്യങ്ങൾക്ക് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നു: (1) പുട്ടേറ്റീവ് ടാഗിംഗ്
ടെർമിനേറ്ററുകൾ ഒന്നുകിൽ "ഇൻസൈഡ് ജീനുകൾ" അല്ലെങ്കിൽ "ഇന്റർജെനിക്" (2) പശ്ചാത്തലം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു GC-
സ്‌കോറുകൾ കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഉള്ളടക്ക ശതമാനം, കാരണം ജീനുകൾക്ക് പലപ്പോഴും വ്യത്യസ്ത ജിസി ഉള്ളടക്കമുണ്ട്
ഇന്റർജെനിക് മേഖലകളേക്കാൾ, (3) അൽപ്പം കൂടുതൽ വായിക്കാനാകുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു. ഇനങ്ങൾ (1)
കൂടാതെ (3) യഥാർത്ഥത്തിൽ ആവശ്യമില്ല, കൂടാതെ (2) നിങ്ങളുടെ ജീനുകൾ ഏകദേശം സമാനമാണെങ്കിൽ യാതൊരു ഫലവുമില്ല
നിങ്ങളുടെ ഇന്റർജെനിക് മേഖലകളായി ജിസി-ഉള്ളടക്കം.

നിർഭാഗ്യവശാൽ, വ്യാഖ്യാനമില്ലാതെ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് TransTermHP-ന് ഇതുവരെ ഒരു ലളിതമായ ഓപ്ഷൻ ഇല്ല
ഫയൽ (ഒന്നുകിൽ .ptt അല്ലെങ്കിൽ .coords), കൂടാതെ കുറഞ്ഞത് 2 ജീനുകളെങ്കിലും ഉണ്ടായിരിക്കണം. പരിഹാരം
ഓരോ ക്രോമസോമിനും അരികിലുള്ള വ്യാജവും ചെറുതുമായ ജീനുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക എന്നതാണ്. ഇത് ചെയ്യുന്നതിന്, ഒരു fake.coords ഉണ്ടാക്കുക
ഈ രണ്ട് വരികൾ മാത്രം ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഫയൽ:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

ഇവിടെ L എന്നത് ഇൻപുട്ട് ശ്രേണിയുടെ നീളവും L-1 എന്നത് ഇൻപുട്ടിന്റെ ദൈർഘ്യത്തേക്കാൾ 1 കുറവുമാണ്
ക്രമം. "chrom_id" എന്നത് .fasta ഫയലിലെ ">" എന്നതിന് തൊട്ടുപിന്നാലെയുള്ള വാക്ക് ആയിരിക്കണം
നിങ്ങളുടെ ക്രമം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. (ഉദാഹരണത്തിന്, നിങ്ങളുടെ .fasta ഫയൽ ">seq1" എന്നതിൽ ആരംഭിച്ചാൽ
chrom_id = seq1).

1-ബേസ് നീളമുള്ള രണ്ട് ജീനുകളുള്ള ഒരു "വ്യാജ" വ്യാഖ്യാനം ഇത് സൃഷ്ടിക്കുന്നു.
വാൽ-ടു-വാൽ ക്രമീകരണം: --> <--. TransTermHP ഇനിപ്പറയുന്നവ ഉപയോഗിച്ച് പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയും:

transterm -p exterm.dat sequence.fasta fake.coords

നിങ്ങളുടെ ഇന്റർജെനിക് മേഖലകളിലെ G/C ഉള്ളടക്കം നിങ്ങളുടെ ജീനുകൾക്ക് തുല്യമാണെങ്കിൽ, ഇത്
ടെർമിനേറ്റർമാർക്ക് ലഭിക്കുന്ന സ്കോറുകളിൽ കാര്യമായ സ്വാധീനം ചെലുത്തില്ല. മറുവശത്ത്,
TransTermHP യുടെ ഈ ഉപയോഗം അധികം പരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടിട്ടില്ല, അതിനാൽ അതിന്റെ ഉറപ്പ് നൽകാൻ പ്രയാസമാണ്
കൃത്യത.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് 2ndscore ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക