Dit is de opdracht bp_search2gffp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks met behulp van een van onze verschillende gratis online werkstations, zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_search2gff
KORTE INHOUD
Gebruik:
bp_search2gff [-o uitvoerbestand] [-f rapportformaat] [-i invoerbestandsnaam] OF bestand1 bestand2 ..
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script zet een SearchIO-rapport (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) om in GFF.
De opties zijn:
-i infilename - (optioneel) inputfilename, zal lezen
ARGV-bestanden of STDIN
-o bestandsnaam - de uitvoerbestandsnaam [standaard STDOUT]
-f formaat - formaat van zoekresultaten (blast, fasta, waba, axt)
(ssearch is fasta-formaat). standaard is explosie.
-t/--type seqtype - als u query- of hitinformatie wilt zien
in het GFF-rapport
-s/--source - geef de bron op (dit is de naam van het algoritme)
(anders zoals BLASTN)
--method - de methodetag (primary_tag) van de features
(standaard is gelijkenis)
--scorefunc - een string of een bestand dat bij parsering wordt geëvalueerd
tot een sluiting die een functie zal krijgen
object en dat de score retourneert die moet worden afgedrukt
--locfunc - een string of een bestand dat bij parsering wordt geëvalueerd
tot een sluiting die twee keer zal worden doorgevoerd
functies, query en hit, en retourneert de
locatie (Bio::LocationI-compatibel) voor de
GFF3-functie gecreëerd voor elke HSP; de sluiting
kan clone_loc() en create_loc() gebruiken
functies voor het gemak, zie hun POD's
--onehsp - druk alleen de eerste HSP-functie af voor elke hit
-p/--parent - de ouder waarnaar HSP-kenmerken moeten verwijzen
indien niet de naam van de hit of query (afhankelijk
op --type)
--target/--notarget - of de Target-tag altijd moet worden toegevoegd of niet
-h - dit helpmenu
--versie - GFF-versie die gebruikt moet worden (plaats hier een 3 om gff 3 te gebruiken)
--component - genereer GFF-componentvelden (chromosoom)
-m/--match - genereer een 'match'-regel die een container is
van alle gelijkenis-HSP's
--addid - voeg ID-tag toe bij afwezigheid van --match
-c/--cutoff - specificeer een evalue-cutoff
Geef bovendien de bestandsnamen op die u wilt verwerken op de opdrachtregel. Indien geen bestanden
Als de waarden worden opgegeven, wordt de STDIN-invoer aangenomen. U specificeert dit met: bp_search2gff
bestand1 bestand2 bestand3
Gebruik bp_search2gffp online met behulp van onworks.net-services