Dit is de opdracht hmm2calibrate die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks met behulp van een van onze verschillende gratis online werkstations, zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
hmm2calibrate - kalibreer HMM-zoekstatistieken
KORTE INHOUD
hmm2kalibreren [Opties] hmmbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
hmm2kalibreren leest een HMM-bestand uit hmm-bestand, scoort een groot aantal gesynthetiseerde willekeurige
sequenties ermee, past een extreme waardeverdeling (EVD) toe op het histogram van die
scores en opnieuw opslaan hmmbestand nu inclusief de EVD-parameters.
hmm2kalibreren kan enkele minuten (of langer) duren om uit te voeren. Terwijl het draait, kan een
tijdelijk bestand genaamd hmmbestand.xxx wordt gegenereerd in uw werkdirectory. Als u aborteert
hmm2kalibreren voortijdig (bijvoorbeeld ctrl-C), uw oorspronkelijke hmmbestand zal onaangeroerd blijven,
en je moet de hmmbestand.xxx tijdelijk bestand.
OPTIES
-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.
EXPERT OPTIES
--processor
Stelt het maximale aantal CPU's in waarop het programma kan worden uitgevoerd. De standaard is om te gebruiken
alle CPU's in de machine. Overschrijft de omgevingsvariabele HMMER_NCPU. Alleen
heeft invloed op schroefdraadversies van HMMER (de standaard op de meeste systemen).
--vast
Bepaal de lengte van de willekeurige reeksen op , met de meeste is een positief (en
redelijk groot) geheel getal. De standaard is om in plaats daarvan sequenties te genereren met een
een verscheidenheid van verschillende lengtes, gecontroleerd door een Gaussische (normale) verdeling.
--histbestand
Sla een histogram van de scores en de aangepaste theoretische curve op in een bestand .
--gemeen
Stel de gemiddelde lengte van de synthetische sequenties in op , met de meeste is een positieve reële
nummer. De standaardwaarde is 350.
--aantal
Stel het aantal synthetische sequenties in op , met de meeste is een positief geheel getal. Als
is minder neem contact over 1000, the geschikt naar the EVD mei mislukken. Hogere aantallen
zal beter bepaalde EVD-parameters opleveren. De standaardwaarde is 5000; het was empirisch
gekozen als een afweging tussen nauwkeurigheid en rekentijd.
--pvm Draaien op een parallelle virtuele machine (PVM). De PVM moet al actief zijn. De
klantenprogramma hmm2calibreren-pvm moet op alle PVM-knooppunten worden geïnstalleerd. Optioneel
PVM-ondersteuning moet in HMMER zijn gecompileerd.
--sd
Stel de standaarddeviatie van de synthetische sequentielengteverdeling in op ,
met de meeste is een positief reëel getal. De standaardwaarde is 350. Merk op dat de Gaussiaanse waarde is
links afgekapt zodat geen enkele sequentie een lengte <= 0 heeft.
--zaad
Stel het willekeurige zaad in op , met de meeste is een positief geheel getal. De standaard is om te gebruiken
tijd() om voor elke run een ander zaadje te genereren, wat betekent dat er twee verschillende zijn
loopt weg hmm2kalibreren op dezelfde HMM zal enigszins verschillende resultaten opleveren. U
kan deze optie gebruiken om reproduceerbare resultaten te genereren voor verschillende hmm2kalibreren
draait op dezelfde HMM.
Gebruik hmm2calibrate online met behulp van onworks.net-services