vlinderdas2

PROGRAMMA:

NAAM

bowtie2 - wikkel voor bowtie2-align-*

PRODUCTBESCHRIJVING

Bowtie 2 versie 2.2.6 door Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)

GEBRUIK

vlinderdas2 [opties]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Voorvoegsel indexbestandsnaam (min .X.bt2) achteraan. OPMERKING: Bowtie 1 en Bowtie 2 indexen
zijn niet compatibel.

Bestanden met #1 partners, gekoppeld aan bestanden in . Kan worden gezipt (extensie: .gz)
of bzip2'ed (extensie: .bz2).

Bestanden met #2 partners, gekoppeld aan bestanden in . Kan worden gezipt (extensie: .gz)
of bzip2'ed (extensie: .bz2).

Bestanden met ongepaarde leesbewerkingen. Kan gzip'ed zijn (extensie: .gz) of bzip2'ed
(extensie: .bz2).

Bestand voor SAM-uitvoer (standaard: stdout)

, , kunnen door komma's gescheiden lijsten zijn (geen witruimte) en kunnen worden opgegeven
vele keren. Bijv. '-U bestand1.fq,bestand2.fq -U bestand3.fq'.

OPTIES (standaard) in haakjes)

Input:
-q query-invoerbestanden zijn FASTQ .fq/.fastq (standaard)

--qseq query-invoerbestanden zijn in Illumina's qseq-formaat

-f query-invoerbestanden zijn (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r query-invoerbestanden zijn onbewerkt, één reeks per regel

-c , , zijn sequenties zelf, geen bestanden

-s/--overslaan
sla de eerste over leest/paren in de invoer (geen)

-u/--tot
stop na eerst leest/paren (geen limiet)

-5/--trim5
trimmen basen vanaf 5'/links einde van leest (0)

-3/--trim3
trimmen basen vanaf 3'/rechteruiteinde van leest (0)

--phred33
kwaliteiten zijn Phred+33 (standaard)

--phred64
kwaliteiten zijn Phred+64

--int-quals
kwaliteiten gecodeerd als door spaties gescheiden gehele getallen

presets:
Hetzelfde als:

Voor --eind tot eind:

--erg snel -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--snel -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--gevoelig -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (standaard)

--erg gevoelig -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Voor --lokaal:

--zeer-snel-lokaal -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--snel-lokaal -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--gevoelig-lokaal -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (standaard)

--zeer-gevoelig-lokaal -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

alignment:
-N
max # mismatches in zaaduitlijning; kan 0 of 1 (0) zijn

-L
lengte van zaadsubstrings; moet >3, <32 (22) zijn

-i
interval tussen seed-substrings w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-plafond
func voor max # niet-A/C/G/Ts toegestaan ​​in aln (L,0,0.15)

--dpad
erbij betrekken extra ref-tekens aan zijkanten van DP-tabel (15)

--gbar
lacunes binnen niet toestaan kern van gelezen extremen (4)

--neger-quals
behandel alle kwaliteitswaarden als 30 op Phred-schaal (uit)

--nof niet uitlijnen voorwaartse (originele) versie van gelezen (uit)

--norc niet uitlijnen reverse-complement versie van lezen (uit)

--geen-1mm-vooraf
sta 1 mismatch-uitlijningen niet toe voordat u probeert te scannen naar de optimale seeded
uitlijningen

--eind tot eind
volledige gelezen moet worden uitgelijnd; niet knippen (aan)

OR

--lokaal
lokale afstemming; uiteinden kunnen zacht zijn afgeknipt (uit)

Scoren:
--ma
matchbonus (0 voor --eind tot eind, 2 voor --lokaal)

--mp
maximale straf voor mismatch; lagere kwaliteit = lagere straf (6)

--np
boete voor niet-A/C/G/T's in lezen/ref (1)

--rdg ,
lees gap open, verleng penalty's (5,3)

--rfg ,
referentiegat open, verleng straffen (5,3)

--score-min min acceptabele uitlijningsscore w/r/t leeslengte
(G,20,8 voor lokaal, L,-0.6,-0.6 voor end-to-end)

Rapportage:
(Standaard)
zoek naar meerdere uitlijningen, rapporteer het beste, met MAPQ

OR

-k
melden bij alns per gelezen; MAPQ niet zinvol

OR

-a/--alle
rapporteer alle uitlijningen; erg traag, MAPQ niet zinvol

Inspanning:
-D
stoppen met verlengen na mislukte verlengingen op een rij (15)

-R
voor leest met repetitieve zaden, probeer sets zaden (2)

Gekoppeld:

-I/--minins
minimale fragmentlengte (0)

-X/--maxins
maximale fragmentlengte (500)

--NS/--rf/--ff -1, -2 stuurlieden uitlijnen fw/rev, rev/fw, fw/fw (--NS)

--niet-gemengd
onderdrukken ongepaarde uitlijningen voor gepaarde leesbewerkingen

--niet-discordant
onderdrukken discordante uitlijningen voor gepaarde leesbewerkingen

--geen-zwaluwstaart
niet overeenstemmend wanneer partners langs elkaar heen lopen

--geen-bevatten
niet concordant wanneer de ene partneruitlijning een andere bevat

--geen overlap
niet concordant als partners elkaar helemaal overlappen

Output:
-t/--tijd
print wandklok tijd in beslag genomen door zoekfasen

--on
schrijf ongepaarde reads die niet overeenkwamen met

--al
schrijf ongepaarde leesbewerkingen die minstens één keer zijn uitgelijnd met

--un-conc
schrijf paren die niet overeenkwamen met

--al-conc
schrijf paren die ten minste één keer concordant zijn uitgelijnd om

(Opmerking: voor --on, --al, --un-concof --al-conc, voeg '-gz' toe aan de optienaam, bv
--un-gz , om de uitvoer met gzip te comprimeren of '-bz2' toe te voegen aan bzip2 om de uitvoer te comprimeren.)
--stil druk niets af naar stderr behalve ernstige fouten
--met-bestand stuur statistieken naar bestand op (uit)
--met-stderr stuur statistieken naar stderr (uit)
--leerde kennen rapporteer elke interne tellers en statistieken seconden (1)
--geen-unaal SAM-records onderdrukken voor niet-uitgelijnde leesbewerkingen
--geen hoofd onderdruk kopregels, dwz regels die beginnen met @
--geen-vierkant onderdruk @SQ kopregels
--rg-id stel leesgroep-ID in, weerspiegeld in @RG-regel en RG:Z: opt-veld
--rg toevoegen ("lab:value") naar @RG-regel van SAM-header.

Opmerking: @RG-regel wordt alleen afgedrukt als --rg-id is ingesteld.

--laat-sec-seq weg
zet '*' in de velden SEQ en QUAL voor secundaire uitlijningen.

prestaties:
-p/--threads aantal uitlijningsdraden om te starten (1)

--herordenen
forceer SAM-uitvoervolgorde om overeen te komen met de volgorde van invoerlezingen

- mm gebruik memory-mapped I/O voor index; veel 'vlinderdasjes kunnen delen'

Andere:
--qc-filter
filter uitlezingen die slecht zijn volgens het QSEQ-filter

--zaad
zaad voor generator voor willekeurige getallen (0)

--niet-deterministisch zaad rand. gen. willekeurig in plaats van leesattributen te gebruiken

--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

-h/--helpen
print dit gebruiksbericht

Bowtie2 online gebruiken met onworks.net-services