To jest polecenie masai_mapper, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
masai_mapper - Masajski twórca map
STRESZCZENIE
masai_mapper [OPCJE]
OPIS
Masai jest szybkim i dokładnym maperem odczytu opartym na przybliżonych nasionach i wielokrotnościach
cofanie się.
See http://www.seqan.de/projects/masai po więcej informacji.
(c) Prawa autorskie 2011-2012 przez Enrico Siragusa.
-h, --help
Wyświetla ten komunikat pomocy.
--wersja
Wyświetlanie informacji o wersji
Opcje mapowania:
-mm, --tryb mapowania STR
Wybierz tryb mapowania. Jeden ze wszystkich, najlepszy i najlepszy. Domyślnie: dowolna najlepsza.
-mb, --blok mapowania NUM
Maksymalna liczba odczytów do mapowania naraz. W zakresie [10000..inf]. Domyślny:
2147483647.
-e, --błędy NUM
Maksymalna liczba błędów na odczyt. W zakresie [0..32]. Domyślnie: 5.
-śl, -- długość-nasiona NUM
Minimalna długość nasion. W zakresie [10..100]. Domyślnie: 33.
-ng, --bez przerw
Nie wyrównuj odczytów z przerwami.
Opcje indeksu genomu:
-x, --indeks STR
Wybierz typ indeksu genomu. Jeden z esa, sa, qgram i fm. Domyślnie: sa.
-xp, --indeks-przedrostek STR
Podaj nazwę prefiksu indeksu genomu. Domyślnie: użyj prefiksu nazwy pliku genomu.
Opcje wyjściowe:
-o, --plik wyjściowy FILE
Określ plik wyjściowy. Domyślnie: użyj prefiksu nazwy pliku reads. Prawidłowe typy plików
są: surowe i sam.
-nc, --nie-cygaro
Nie wyprowadzaj ciągu CIGAR. Ma to wpływ tylko na wyjście SAM.
Opcje debugowania:
-nv, --nie-weryfikuj
Nie weryfikuj trafień w nasiona.
-NS, --bez zrzutu
Nie zrzucaj wyników.
-nm, --brak-wielokrotności
Wyłącz wielokrotne cofanie.
WERSJA
masai_mapper wersja: 0.7.1 [14053] Ostatnia aktualizacja 2013
Korzystaj z masai_mapper online za pomocą usług onworks.net
