bp_papplmaker.plp - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

papplmaker.PLS - генератор модулей инструментов анализа

СИНТАКСИС

# получить помощь
papplmaker.PLS -h

# сгенерировать модуль для программы 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# то же самое, но укажите, где найти seqret
papplmaker.PLS -n редактировать :: seqret
-l http://localhost: 8080 / ось / услуги

# то же самое, но укажите нестандартный метод доступа к 'seqret'
papplmaker.PLS -n редактировать :: seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- корба

# генерировать модули для всех доступных анализов
# (с использованием местоположения по умолчанию и метода доступа по умолчанию)
papplmaker.PLS

# не генерировать, но посмотреть, что будет сгенерировано
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# сгенерировать модуль для анализа 'edit :: seqret'
# но назовите его MySeqret
papplmaker.PLS -n редактировать :: seqret -m MySeqret

# ... и использовать
используйте MySeqret;
распечатать новый MySeqret-> sequence_direct_data ('tatatacccgt')
-> osformat ('эмбл')
-> wait_for
-> outseq;

# то же самое, но поместить результат в каталог '/ tmp / my'
# (каталоги существовать не обязательно)
papplmaker.PLS -n edit :: seqret -m MySeqret -d / tmp / my /

# генерировать модули для всех анализов, имена которых
# соответствует заданному регулярному выражению (без учета регистра)
papplmaker.PLS -r 'редактировать'

# то же самое, но назовите сгенерированный модуль своими собственными именами
# (позволяя papplmaker.PLS заменять части ваших имен)
papplmaker.PLS -r 'редактировать' -m 'My_ $ ANALYSIS'

ОПИСАНИЕ

Модуль «Bio :: Tools :: Run :: Analysis» предоставляет доступ к локальному и удаленному анализу.
инструменты унифицированным образом (определено в «Bio :: AnalysisI»). В модуле используется общий подход
позволяя устанавливать произвольные входные данные и получать результаты по их именованию. Тем не мение,
иногда удобнее использовать конкретный модуль, представляющий один инструмент анализа,
который уже знает о доступных входных данных и именах результатов.

Генератор «papplmaker.PLS» создает такие специализированные модули.

"papplmaker.PLS" использует тот же метод доступа, что и общий модуль - это означает, что
в зависимости от параметра «доступ» он может использовать SOAP, CORBA или любой другой (поддерживаемый)
протокол, или он может получить доступ к локальному анализу (доступно на том же компьютере, где
вызывается "papplmaker.PLS").

"papplmaker.PLS" выполняет свою работу либо для одного именованного анализа (указанного параметром "-n",
или он использует модуль «Bio :: Tools :: Run :: AnalysisFactory», чтобы найти, какие анализы
доступны, и может ограничить их количество путем сопоставления с регулярным выражением, заданным
параметр "-r".

Сгенерированный модуль или модули имеют имена по умолчанию аналогично именам
соответствующий анализ, но это можно изменить с помощью опции "-m", которая на самом деле
шаблон, в котором распознаются и заменяются следующие строки:

$ ANALYSIS или $ {ANALYSIS}
Будет заменено название анализа.

$ CATEGORY или $ {CATEGORY}
Будет заменено названием категории, к которой относится анализ.

$ SERVICE или $ {SERVICE}
Будет заменено полным названием службы (обычно это конкатенация
категории и имени анализа, и оно также используется как имя модуля по умолчанию, кстати).

В чем разница между «услугой» и «анализом» и что означает «категория»?
Иногда эти термины могут сбивать с толку, потому что они могут означать несколько разные вещи.
в зависимости от метода доступа, используемого для связи с ними. Как правило, "анализ"
программа (приложение, инструмент), работающая где-то, но иногда на локальной машине. An
Пример анализа - «секрет» (из пакета EMBOSS). Анализы можно сгруппировать
по категориям по их функциям или по типу данных, с которыми они работают (но иногда
категорий вообще нет). К каждому анализу можно получить доступ, используя более высокий уровень
абстракция, «услуга». Служба обычно представляет собой зависящую от протокола оболочку, такую ​​как веб-
Служба или служба CORBA. Например, есть служба "edit :: seqret", которая
представляет собой анализ «секрет» в категории «редактировать».

СВЯЗЬ

Рассылка Списки
Отзывы пользователей - неотъемлемая часть развития этого и других модулей Bioperl. послать
Ваши комментарии и предложения желательно направлять в список рассылки Bioperl. Ваше участие
очень ценится.

bioperl-l@bioperl.org - Обсуждение
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - О списках рассылки

Reporting ошибки
Сообщайте об ошибках в систему отслеживания ошибок Bioperl, чтобы мы могли отслеживать ошибки и их
разрешающая способность. Отчеты об ошибках можно отправлять через Интернет:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Используйте bp_papplmaker.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net