Это команда bp_search2gffp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_search2gff
СИНТАКСИС
Применение:
bp_search2gff [-o выходной файл] [-f формат отчета] [-i имя входного файла] ИЛИ файл1 файл2 ..
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт превратит отчет SearchIO (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) в GFF.
Возможные варианты:
-i infilename - (необязательно) inputfilename, будет читать
либо файлы ARGV, либо из STDIN
-o имя_файла - имя выходного файла [СТАНДАРТНЫЙ ВЫХОД по умолчанию]
-f format - формат результатов поиска (blast, fasta, waba, axt)
(ssearch - это формат fasta). по умолчанию - взрыв.
-t / - введите seqtype - если вы хотите увидеть информацию о запросе или попадании
в отчете GFF
-s / - source - указать источник (будет имя алгоритма
в остальном как BLASTN)
--method - тег метода (primary_tag) функций
(по умолчанию сходство)
--scorefunc - строка или файл, который при синтаксическом анализе оценивает
к закрытию, которому будет передана функция
объект, который возвращает счет для печати
--locfunc - строка или файл, который при синтаксическом анализе оценивает
к закрытию, которое будет передано два
функции, запрос и попадание и возвращает
местоположение (соответствует требованиям Bio :: LocationI) для
Функция GFF3 создана для каждого HSP; закрытие
может использовать clone_loc () и create_loc ()
функции для удобства, см. их POD
--onehsp - печатать только первую функцию HSP для каждого попадания
-p / - parent - родитель, к которому должны относиться функции HSP
если не название обращения или запроса (в зависимости от
на --type)
--target / - notarget - всегда ли добавлять тэг Target или нет
-h - это меню помощи
--version - версия GFF для использования (поставьте 3 здесь, чтобы использовать gff 3)
--component - генерировать поля компонентов GFF (хромосомы)
-m / - match - генерировать строку соответствия, которая является контейнером
всего сходства HSP
--addid - добавить тег ID при отсутствии --match
-c / - cutoff - указать отсечку оценки
Дополнительно укажите имена файлов, которые вы хотите обработать, в командной строке. Если нет файлов
указаны, то предполагается ввод STDIN. Вы указываете это, выполнив: bp_search2gff
файл1 файл2 файл3
Используйте bp_search2gffp онлайн с помощью сервисов onworks.net