Это командная панель, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
dan - вычисляет температуру плавления нуклеиновой кислоты
СИНТАКСИС
Дан -последовательность Seqall -Windowsize целое -shiftincrement целое - днаконц плавать
-концентрат соли плавать [-товар тумблер] -формамид плавать -несоответствие плавать -продлен целое
[-термо тумблер] -temperature плавать -РНК логический -участок тумблер -минтемп плавать
-граф ксиграф -выходной файл отчету
Дан -Помощь
ОПИСАНИЕ
Дан это программа командной строки от EMBOSS («Европейское открытое программное обеспечение для молекулярной биологии»).
Люкс »). Он является частью группы (групп) команд "Nucleic: Properties, Nucleic: Composition".
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность Seqall
необходимые .
-Windowsize целое
Значения температуры плавления и других термодинамических свойств последовательности равны
определяется путем взятия короткой последовательности, известной как окно, и определения
свойства последовательности в этом окне. Окно постепенно перемещается по
последовательность со свойствами, вычисляемыми в каждой новой позиции. Значение по умолчанию: 20
-shiftincrement целое
Это величина, на которую окно перемещается при каждом приращении, чтобы найти
точка плавления и другие свойства по последовательности. Значение по умолчанию: 1
- днаконц плавать
Значение по умолчанию: 50.
-концентрат соли плавать
Значение по умолчанию: 50.
дополнительный .
Продукт кредита
-товар тумблер
Это запрашивает процент формамида, процент допустимых несоответствий и длину продукта.
-формамид плавать
Это указывает процент формамида, который будет использоваться в расчетах (он игнорируется, если
-продукт используется). Значение по умолчанию: 0.
-несоответствие плавать
Это указывает процент несоответствия, который будет использоваться в расчетах (он игнорируется, если
-продукт используется). Значение по умолчанию: 0.
-продлен целое
Это указывает длину продукта, которая будет использоваться в расчетах (игнорируется, если
-продукт используется). Значение по умолчанию: $ (размер окна)
термодинамический кредита
-термо тумблер
Вывести значения DeltaG, DeltaH и DeltaS окон последовательности в выходные данные
.
-temperature плавать
Если указано -thermo, то это указывает температуру, при которой следует
рассчитать значения DeltaG, DeltaH и DeltaS. Значение по умолчанию: 25.
Фильтр .
-РНК логический
Это указывает на то, что последовательность является последовательностью РНК, а не последовательностью ДНК.
Результат .
-участок тумблер
Если это не указано, создается файл выходных данных, иначе график
точка плавления по последовательности производится.
-минтемп плавать
Введите минимальное значение для шкалы температур (ось Y) графика. Значение по умолчанию:
55.
-граф ксиграф
-выходной файл отчету
Если график не строится, то данные о температуре плавления и т. Д. В каждом окне
по последовательности выводится в файл.
Используйте датчанин онлайн с помощью сервисов onworks.net