bp_bioflat_indexp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

bp_bioflat_index.pl - ไฟล์ลำดับดัชนีโดยใช้ Bio::DB::Flat

DESCRIPTION

สร้างหรืออัปเดตฐานข้อมูลลำดับชีวภาพที่จัดทำดัชนีด้วย
Bio::DB::Flat indexing scheme. อาร์กิวเมนต์เป็นรายการของไฟล์แบน
มีข้อมูลลำดับที่จะจัดทำดัชนี

การใช้

bp_bioflat_index.pl ไฟล์1 ไฟล์2 ไฟล์3...

ตัวเลือก:

--create สร้างหรือกำหนดค่าเริ่มต้นดัชนีใหม่ หากไม่ระบุ
ดัชนีต้องมีอยู่แล้ว

--รูปแบบ รูปแบบของไฟล์ลำดับ ต้องเป็นหนึ่ง
ของ "genbank", "swissprot", "embl" หรือ "fasta"

--ที่ตั้ง พาธไปยังไดเร็กทอรีที่ไฟล์ดัชนี
ถูกเก็บไว้

--dbname ชื่อสัญลักษณ์ของฐานข้อมูลที่จะสร้าง

--indextype ประเภทของดัชนีที่จะสร้าง ไม่ว่าจะเป็น "bdb" หรือ "แบน"
"binarysearch" เหมือนกับ "flat"

ตัวเลือกสามารถย่อได้ ตัวอย่างเช่น ใช้ -i สำหรับ --indextype

ตัวแปรสภาพแวดล้อมต่อไปนี้จะถูกใช้เป็นค่าเริ่มต้นหากตัวเลือกที่เกี่ยวข้อง
ไม่ได้ให้:

รูปแบบ OBDA_FORMAT ของไฟล์ลำดับ
เส้นทาง OBDA_LOCATION ไปยังไดเร็กทอรีที่เก็บไฟล์ดัชนีไว้
OBDA_DBNAME ชื่อฐานข้อมูล
ดัชนีประเภท OBDA_INDEX ที่จะสร้าง

ใช้ bp_bioflat_indexp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net