quiver - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

quiver - genomic consensus caller na idinisenyo para sa data ng Pacific Biosciences

DESCRIPTION

Patalo ay isang algorithm para sa pagtawag ng lubos na tumpak na pinagkasunduan mula sa maraming PacBio reads,
gamit ang isang pares-HMM na nagsasamantala sa parehong mga basecall at QV na sukatan upang mahinuha ang tunay na pinagbabatayan
Pagkakasunud-sunod ng DNA.

data file kinakailangan
Upang gawing posible ang pinakatumpak na mga consensus na tawag, ginagamit ng Quiver ang isang baterya ng
mga sukatan ng halaga ng kalidad na kinakalkula ng basecaller. Kung gumagamit ka ng SMRTportal
bersyon ng pag-install 1.4 o mas bago, pagkatapos ay ilo-load ng SMRTportal ang lahat ng impormasyong Quiver
pangangailangan, para malaktawan mo ang natitirang bahagi ng seksyong ito.

Sa mga bersyon ng SMRTportal 1.3.3 at bago, bilang default ay isang subset lamang ng mga value na ito ng kalidad
ay kasama sa .cmp.h5 mga file na ginawa ng SMRTanalysis. Upang makakuha ng isang .cmp.h5 kasama ang lahat
Na-load ang mga QV, kakailanganin mong gamitin ang RS_Mapping_QVs protocol upang lumikha ng a cmp.h5 file para sa
Quiver.

Kung gumagamit ka ng mas lumang bersyon kaysa sa SMRTportal/SMRTanalysis 1.3.3, mangyaring mag-upgrade.

HALIMBAWA

Tumatakbo Patalo
Halimbawa,

$ quiver -j8 aligned_reads.bam
> -r path/to/lambda.fasta
> -o variants.gff -o consensus.fasta

gagamit ng 8 CPU para patakbuhin ang Quiver aligned_reads.bam, outputting ang consensus sequence at
variant.

Tandaan na kung gumagamit ka ng cmp.h5 file at hindi mo pa ginamit ang RS_Mapping_QVs protocol sa
buuin ang file na iyon---o kung ang source bas.h5 file ay nabuo ng pre-1.3.1 na instrumento
software---hindi maglalaman ang cmp.h5 ng buong baterya ng mga sukatan ng QV na kinakailangan para sa pinakamainam
Katumpakan ng quiver. Ang utos ay gagana pa rin, ngunit ito ay magbibigay ng babala na nito
magiging suboptimal ang katumpakan.

Tumakbo Patalo on Maramihang input File
Maramihang alignment file sa isang FOFN (File of File Names) ay maaaring manginig laban sa isang solong
sanggunian (GenomicConsensus >= 1.1.0).

Isang halimbawang input ng FOFN:

$ cat aligned_reads.fofn
/path/to/reads1.bam
/path/to/reads2.bam

maaaring gamitin sa halip na isang reads file:

$ quiver -j8 aligned_reads.fofn
> -r path/to/lambda.fasta
> -o variants.gff -o consensus.fasta

Ang Quiver ay maaari ding gamitin sa DataSet XML file. Tingnan ang pbcore para sa mga detalye sa pagbuo ng bago
DataSet XML file para sa iyong alignment file.

Highly-tumpak pagpupulong pinagkaisahan
Binibigyang-daan ng Quiver ang mga consensus accuracy sa mga genome assemblies sa mga katumpakan na paparating o kahit na
lampas sa Q60 (isang error sa bawat milyong base). Kung gagamitin mo ang HGAP assembly protocol sa
SMRTportal 2.0 o mas bago, awtomatikong tumatakbo ang Quiver bilang ang huling hakbang na "assembly polishing".

Gumamit ng quiver online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net