Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_search2gffp komutudur.
Program:
ADI
bp_search2gff
SİNOPSİS
Kullanımı:
bp_search2gff [-o çıktıdosyası] [-f rapor biçimi] [-i girdidosyaadı] VEYA dosya1 dosya2 ..
AÇIKLAMA
Bu komut dosyası, bir SearchIO raporunu (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) GFF'ye dönüştürecektir.
Seçenekler şunlardır:
-i dosyaadı - (isteğe bağlı) girdidosyaadı, okuyacak
ARGV dosyaları veya STDIN'den
-o dosya adı - çıktı dosya adı [varsayılan STDOUT]
-f formatı - arama sonucu formatı (blast, fasta,waba,axt)
(arama fasta formatıdır). varsayılan patlamadır.
-t/--type seqtype - sorgu veya isabet bilgilerini görmek istiyorsanız
GFF raporunda
-s/--source - kaynağı belirtin (algoritma adı olacaktır)
aksi takdirde BLASTN gibi)
--method - özelliklerin yöntem etiketi (birincil_etiket)
(varsayılan benzerliktir)
--scorefunc - ayrıştırıldığında değerlendirilen bir dize veya dosya
bir özellik geçirilecek bir kapatmaya
nesne ve yazdırılacak puanı döndüren
--locfunc - ayrıştırıldığında değerlendirilen bir dize veya dosya
iki geçirilecek bir kapanışa
özellikleri, sorgula ve vur ve
için konum (Bio::LocationI uyumlu)
Her HSP için oluşturulan GFF3 özelliği; kapanış
klon_loc() ve create_loc() kullanabilir
kolaylık sağlamak için işlevler, POD'larına bakın
--onehsp - her isabet için yalnızca ilk HSP özelliğini yazdır
-p/--parent - HSP özelliklerinin başvurması gereken ebeveyn
isabet veya sorgunun adı değilse (bağlı olarak
üzerinde --type)
--target/--notarget - Hedef etiketinin her zaman eklenip eklenmeyeceği
-h - bu yardım menüsü
--version - Kullanılacak GFF sürümü (gff 3'ü kullanmak için buraya 3 koyun)
--component - GFF bileşen alanları oluştur (kromozom)
-m/--match - kapsayıcı olan bir 'eşleştirme' satırı oluşturur
tüm benzerlik HSP'lerin
--addid - --match yokluğunda kimlik etiketi ekleyin
-c/--cutoff - bir değer eşiği belirtin
Ek olarak, işlemek istediğiniz dosya adlarını komut satırında belirtin. dosya yoksa
belirtilirse, STDIN girişi olduğu varsayılır. Bunu şunu yaparak belirtirsiniz: bp_search2gff
dosya1 dosya2 dosya3
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_search2gffp'yi çevrimiçi kullanın