mincresample - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mincresample - повторює вибірку файлу minc за новими просторовими розмірами

СИНТАКСИС

mincresample [ ]

ОПИС

Mincresample пересемплює файл minc за новими просторовими розмірами з новим вокселем
позиції. Кожен том у вхідному файлі (задається просторовими розмірами xspace, yspace
та zspace) перевибірується відповідно до параметрів командного рядка. Непросторові розміри є
зберігаються в їх первісному порядку, але просторові розміри можна змінити, щоб надати
поперечні, сагітальні або коронкові зображення. Нові значення вокселів обчислюються за допомогою три-
лінійна, трикубічна або інтерполяція найближчого сусіда.

СВІТ КООРДИНАТИ

Світові координати відносяться до міліметричних координат відносно деякого фізичного походження
(або сканер, або якась анатомічна структура). Координати вокселів – це просто
вказує на обсяг зображення даного воксела. Для того, щоб уточнити відповідне
перевибірки, необхідно зрозуміти, як працюють перетворення координат MINC.

Кожен вимір об’єму зображення MINC задається за назвою – просторові розміри
xspace, yspace і zspace. Традиційно, позитивні координати xspace починаються від
від лівого боку пацієнта до правого боку, позитивні координати простору йдуть від задньої частини пацієнта
до переднього і позитивного z-простору координати проходять від нижнього до верхнього. Для кожного з
цих просторових розмірів, перетворення світових координат задається парою
атрибути: крок і початок. Світова координата xspace, наприклад, обчислюється за допомогою x
= v*step + start, де x — світова координата x, а v — кількість вокселів (починаючи з
нуль). Таким чином, величина атрибута step визначає відстань між вокселами і
знак атрибута step задає орієнтацію осі.

Є ще один поворот: файли MINC можуть мати неортогональні осі з
розміри не повністю узгоджені з названою віссю. Може існувати косинус напряму
атрибут, який дає справжню орієнтацію осі. Наприклад, зазвичай xspace
вимір має збігатися з віссю х світу, тобто. косинус напряму = (1,0,0); однак,
можна мати косинус напряму (0.9, 0.43589, 0).

Ці атрибути (step, start і direction_cosines) забезпечують перетворення вокселів
координати до світових координат. У поєднанні з рядом елементів або зразків уздовж an
осі, вони надають повний опис того, де має бути вихідна вибірка.
Проте, коли ми перевибірку даних, ми часто зацікавлені в зміні світу
координати: від системи координат МРТ-сканера до системи координат ПЕТ-сканера,
наприклад, або від обсягу в його просторі отримання координат до координат у стандартизованому
простір. Цю зміну світових координат можна уточнити за допомогою a
файл трансформації (.xfm). Таким чином, загалом, повторна вибірка включає три
перетворення: від воксельних координат вхідного файлу до його світових координат
(визначається у вхідному файлі) від вхідних координат світу до вихідного світу
координати (вказані файлом перетворення) і зі світу вихідного файлу
координати до його воксельних координат (задаються параметрами командного рядка).

Взагалі косинуси напряму використовуються рідко - переорієнтація осі задається a
зміна світових координат (файл трансформації). А також повторна вибірка позицій
(перетворення вихідного світу в воксель) часто вказуються відносно файлу моделі (тобто.
повторіть вибірку цього файлу, щоб він виглядав як цей файл). Хоча є багато варіантів для a
повна специфікація перетворення, зазвичай не потрібно вказувати більше
ніж декілька з них.

ВАРІАНТИ

Зауважте, що параметри можна вказувати в скороченому вигляді (якщо вони унікальні) і
можна вказати в будь-якому місці командного рядка.

Загальне опції

-2 Створіть вихідні файли формату MINC 2.0.

- клопітер
Перезаписати наявний файл.

-ноклоббер
Не перезаписувати наявний файл (за замовчуванням).

-вербозний
Роздрукувати інформацію про прогрес для кожного обчисленого фрагмента (за замовчуванням).

-спокійно Не роздруковуйте інформацію про прогрес.

Перестановка специфікація

Параметри, які дають вибірку вихідних даних (усі перераховані нижче, крім -перетворення) є
аналізуються в тому порядку, в якому вони з’являються в командному рядку. Таким чином, команда с -Як
файл.mnc -знелементи 34 -zstep 2 надасть вибірку, як у файлі файл.mnc але
з 34 зразками на 2 мм уздовж zspace вісь. Вибірка за замовчуванням взята з
вхідний файл, перетворений відповідно до будь-якого перетворення.

-перетворення файл.xfm
Вкажіть файл, що надає перетворення світових координат (за замовчуванням є ідентифікатор
трансформація).

-інвертувати_перетворення
Інвертуйте перетворення перед його використанням.

-noinvert_transformation
Не інвертуйте перетворення (за замовчуванням).

-tfm_input_sampling
Перетворіть вхідну вибірку (за допомогою перетворення, зазначеного в -перетворення)
разом із даними та використовувати це як вибірку за замовчуванням (за замовчуванням).

-використання_вхідної_вибірки
Використовуйте вхідну вибірку як вибірку за замовчуванням, як є, навіть без перетворення
хоча дані трансформуються (стара поведінка).

-Як файл.mnc
Вкажіть файл моделі, який надає вихідний світ у воксельне перетворення та номер
елементів (тобто перетворити цей файл так, щоб він виглядав таким).

-стандартна_вибірка
Встановіть вибірку на стандартні значення (початок = 0, крок = 1, точка косинуса напряму
вздовж відповідних осей).

-простірний тип рядок
Встановіть назву вихідного простору (зазвичай рідний____ or talairach_).

-талайрах
Встановіть назву вихідного простору на talairach_.

-одиниць рядок
Встановіть одиниці вихідного простору.

-походження ox oy oz
Вкажіть координату першого воксела. Це не те саме, що початкове значення
якщо косинуси напряму нестандартні. Крім того, початок – це не просто а
перпендикулярна проекція початку координат на вісь, це паралельна проекція
(як у багатовимірній проекції паралелограма). Перетворення обробляється
правильно за цим варіантом.

-елементи nx ny nz
Кількість елементів уздовж кожного виміру світу.

-xnelements nx
Кількість елементів уздовж виміру xspace.

- елементи ny
Кількість елементів уздовж виміру yspace.

-знелементи nz
Кількість елементів уздовж виміру zspace.

- крок xstep ystep zstep
Переходьте між вокселями вздовж кожного виміру світу.

-xstep xstep
Крок між вокселями вздовж виміру xspace.

-ystep ystep
Крок між вокселами вздовж виміру yspace.

-zstep zstep
Крок між вокселами вздовж розміру zspace.

-Почніть xstart ystart zstart
Розташування центру першого воксела вздовж кожного виміру світу.

-xstart xstart
Положення центру першого воксела вздовж виміру xspace.

-ystart ystart
Положення центру першого воксела вздовж виміру yspace.

-zstart zstart
Положення центру першого воксела вздовж виміру zspace.

-диркос x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Напрямок косинусів для кожної зі світових осей.

-xdircos x1 x2 x3
Напрямні косинуси для розмірності xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Напрямні косинуси для розмірності простору y.

-zdircos z1 z2 z3
Напрямні косинуси для розмірності z-простору.

Розмір замовлення

За замовчуванням зберігається початковий порядок розмірів.

-поперечні
Випишіть поперечні зрізи.

-сагітальний
Випишіть сагітальні зрізи.

- вінцевий
Випишіть коронкові зрізи.

Вихід дані тип та діапазон

За замовчуванням для типу, знака та дійсного діапазону використовуються значення вхідного файлу. Якщо тип є
вказано, то для цього типу і знак, і дійсний діапазон встановлені за замовчуванням. Якщо знак є
вказано, тоді дійсний діапазон встановлюється за замовчуванням для типу та знака.

-байт Зберігайте вихідні воксели у 8-розрядному цілочисельному форматі.

- короткий Зберігайте вихідні воксели у 16-розрядному цілочисельному форматі.

-інт Зберігайте вихідні воксели у 32-розрядному цілочисельному форматі.

-довго Замінено на -інт.

- плавати Зберігайте вихідні воксели в 32-бітовому форматі з плаваючою комою.

- подвійний
Зберігайте вихідні воксели в 64-бітовому форматі з плаваючою комою.

-підписано
Запишіть значення у вигляді цілих чисел зі знаком (за замовчуванням для короткого та довгого). Проігноровано для
типи з плаваючою комою.

- без підпису
Запишіть значення у вигляді цілих чисел без знака (за замовчуванням для байта). Проігноровано через плаваючі
точкові види.

- діапазон хвилин Макс
визначає дійсний діапазон вихідних значень вокселів. За замовчуванням є повний діапазон для
тип і підпис. Цей параметр ігнорується для значень з плаваючою комою.

-keep_real_range
Збережіть реальний мінімум і максимум від вхідного обсягу, щоб значення були
масштабується таким же чином на виході. Це особливо корисно для повторної вибірки етикетки
обсяги, де інтерполяція значень інтенсивності не має сенсу.

-nokeep_real_range
Перерахуйте реальний мінімум і максимум для кожного вихідного фрагмента. Це значення за замовчуванням.

Обробка of невизначених (недійсний) воксель величини

- заповнити Вихідні воксели, які виходять за межі вхідного обсягу, мають невизначені значення. Коли
- заповнити Якщо використовується опція, цим вокселам надається значення, що виходить за межі допустимого
діапазон (менше допустимого мінімуму, якщо це дозволяє тип, знак і дійсний діапазон) так
що їх можна виявити іншим програмним забезпеченням. Значення цих вокселів не є
Входить до складу зображення макс та зображення-мін змінні.

-не заповнення
Використовуйте реальне/фізичне значення (не воксельне значення) нульове для точок за межами вхідних даних
обсяг. Ці бали входять до розрахунку зображення макс та зображення-мін
змінні. Це значення за замовчуванням.

- значення заповнення fillvalue
Визначає реальне/фізичне значення (не воксельне значення) для точок за межами вхідних даних
обсяг. Бали не включаються в розрахунок зображення макс та зображення-
хвилин змінні.

Інтерполяція опції

-трилінійний
Виконайте трилінійну інтерполяцію між вокселями. Краї об’єму знаходяться на
центр першого та останнього вокселів виміру. Це значення за замовчуванням.

-трикубічний
Виконайте трикубічну інтерполяцію між вокселями. Краї об’єму знаходяться на
центр першого та останнього вокселів виміру.

-найближчий_сусід
Виконайте інтерполяцію найближчого сусіда між вокселями (тобто знайдіть найближчий воксель до
пункт і використовувати його значення). Краї тому знаходяться на краю першого
і останні воксели виміру (центр +/- половинне розділення вокселів).

-синк Виконайте перенормовану віконну інтерполяцію між вокселями, як описано Таккером
та ін. JMRI 10:582-588 (1999).

-ширина n
Вказує напівширину ядра sinc інтерполяції в діапазоні від 1 до
10. Повна ширина ядра sinc дорівнює n * 2 + 1, а отже, коливається від 3 до 21.
Значення за замовчуванням дорівнює 5, що дає повну ширину 11.

-Ханнінг
Використовуйте вікно Ханнінга з інтерполянтом sinc. Це значення за замовчуванням.

- Хеммінг
Використовуйте вікно Хеммінга з інтерполянтом sinc.

Загальний опції

-допомога Роздрукувати підсумок параметрів командного рядка та вийти.

-версія
Надрукуйте номер версії програми та вийдіть.

ПРИКЛАДИ

Повторіть вибірку мозку людини в стандартизованому просторі на стандартній сітці вибірки:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-як standard_sampling.mnc

Повторіть вибірку об’єму МРТ, щоб узгодити його з об’ємом ПЕТ, але з більш високою роздільною здатністю:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-крок 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-елементи 256 256 64

Перетворіть поперечний об'єм в сагітальний об'єм:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-сагітальний -найближчий

Перетворіть поперечний об’єм 256x256x64 (1x1x2 мм) на сагітальний об’єм 256x128x256 (1x1x1 мм):

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-зкрок 1 -знелем 128

Отримайте більш тонку осьову вибірку на об’ємі PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-зкрок 2 -знелементи 46

Використовуйте mincresample онлайн за допомогою служб onworks.net