mincreshape - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mincreshape - вирізає гіперплиту з файлу minc (з переупорядкуванням розмірів)

СИНТАКСИС

mincreshape [ ] .mnc .mnc

ОПИС

Mincreshape's Основна робота полягає в тому, щоб вирізати гіперплиту з файлу Minc і помістити його в новий
файл minc. «Що таке гіперплита?», — запитаєте ви. Це просто визначена багатовимірна коробка
з початковим індексом (вектором, що дає воксельну координату) і вектором відліку (кількома
вокселів уздовж кожної осі). Окремий фрагмент об’єму є гіперплитом (з лічильником 1
у напрямку зрізу), невеликий блок, витягнутий із великого об’єму, є гіперплитом, a
одиничний об’єм ехо-сигналу з набору даних МРТ із кількома відлуннями — це гіперплита, одна точка часу з
динамічне отримання - це гіперплита - ви зрозуміли. Перевірте -Почніть, -рахувати та
- затемнення варіанти для більш детальної інформації про те, як це зробити (і подивіться на прикладах!). Якщо ви
якщо витягуєте лише одну точку вздовж розміру, у вас є можливість зробити
вимір зникне, отже mincreshape дає вам можливість зменшити розмірність
файл Minc. Крім того, ви не зобов’язані вказувати гіперплиту, яка знаходиться лише всередині
у вхідному файлі можна вийти за межі розмірів у вхідному файлі, і
крім того, ви можете вказати підрахунок, який переверне дані по виміру.

Ніби всього цього мало, mincreshape має можливість змінити порядок розмірів. Найбільший
очевидним випадком є ​​перетворення поперечного зображення в коронне зображення. Але ви можете ввести a
список імен вимірів, щоб отримати довільний порядок вимірів.

Ти хочеш більшого!?! Добре-добре. Mincreshape виконує всі операції ICV бібліотеки minc
доступні в командному рядку. Для тих, хто любить певні речі, ICV — це образ
змінна конверсії (не питайте мене, чому я її так назвав), яка в основному дозволяє вам розповісти про
дані, як це буде виглядати. Іншими словами, це робить купу конверсій за вас.
Ці перетворення включають зміну типу, діапазону та нормалізацію значень вокселів,
розширення або стиснення зображень (шляхом дублювання вокселів або усереднення), щоб отримати задане
розмір зображення та перетворення векторних зображень у скаляр.

Щоб ви не заплуталися, дозвольте мені чітко сказати вам: mincreshape робить все
Спочатку застосовуються перетворення ICV, а потім до них застосовуються елементи гіперплита та переупорядкування розмірів
результат того. Тож якщо ви хочете змішати їх разом (наприклад - imgsize, -Почніть, -рахувати),
спочатку прояснити в голові.

Гаразд, тримайтеся за своє місце: ось список варіантів.

ВАРІАНТИ

Зауважте, що параметри можна вказувати в скороченому вигляді (якщо вони унікальні) і
можна вказати в будь-якому місці командного рядка.

Загальне опції

-2 Створіть вихідні файли формату MINC 2.0.

- клопітер
Перезаписати наявний файл.

-ноклоббер
Не перезаписувати наявний файл (за замовчуванням).

-вербозний
Роздрукувати інформацію про хід для кожного фрагмента скопійованих даних (за замовчуванням). Шматочок
змінюється за розміром в основному від того, чи змінюєте ви розміри чи ні
наскільки великий внутрішній буфер може бути.

-спокійно Не роздруковуйте інформацію про прогрес.

-max_chunk_size_in_kb розмір
Вкажіть максимальний розмір буфера копіювання (в кбайтах). За замовчуванням — 4096 Кбайт
(4 мг).

зображення Перетворення опції (піксель тип та діапазон):

За замовчуванням для типу, знака та дійсного діапазону використовуються значення вхідного файлу. Якщо тип є
вказано, то для цього типу і знак, і дійсний діапазон встановлені за замовчуванням. Якщо знак є
вказано, тоді дійсний діапазон встановлюється за замовчуванням для типу та знака.

-тип файлу
Не виконуйте жодного перетворення типів (за замовчуванням).

-байт Зберігайте вихідні воксели у 8-розрядному цілочисельному форматі.

- короткий Зберігайте вихідні воксели у 16-розрядному цілочисельному форматі.

-інт Зберігайте вихідні воксели у 32-розрядному цілочисельному форматі.

-довго Замінено на -інт.

- плавати Зберігайте вихідні воксели в 32-бітовому форматі з плаваючою комою.

- подвійний
Зберігайте вихідні воксели в 64-бітовому форматі з плаваючою комою.

-підписано
Запишіть значення у вигляді цілих чисел зі знаком (за замовчуванням для короткого та довгого). Проігноровано для
типи з плаваючою комою.

- без підпису
Запишіть значення у вигляді цілих чисел без знака (за замовчуванням для байта). Проігноровано через плаваючі
точкові види.

-дійсний_діапазон хвилин Макс
визначає дійсний діапазон вихідних значень вокселів у їхньому цілочисельному представленні.
За замовчуванням – це повний діапазон для типу та знака. Цей параметр ігнорується для
значення з плаваючою комою.

-діапазон_зображення хвилин Макс
Нормалізувати зображення до заданого мінімального та максимального реального значення (не значення вокселя).

- нормалізувати
Нормалізувати зображення до реального мінімуму та максимуму для всього вхідного файлу.

-ненормувати
Не нормалізувати зображення (за замовчуванням).

-nopixfill
Не перетворюйте значення за межі діапазону у вхідному файлі, просто скопіюйте їх.

-pixfill
Замінити значення за межами діапазону у вхідному файлі на найменше можливе значення (за замовчуванням).

-pixfillvalue значення
Вкажіть нове значення пікселя, щоб замінити значення за межами діапазону у вхідному файлі.

зображення Перетворення опції (вимір напрям та розмір):

-скаляр
Перетворіть векторні зображення на скалярні зображення (векторне зображення є одним з векторний_вимір
як найшвидший змінний вимір). Вимір вектора видаляється, а значення змінюються
усереднений.

-носкалярний
Не перетворюйте векторні зображення на скалярні зображення (за замовчуванням).

+напрям
Переверніть зображення, щоб отримати позитивне значення кроку для просторових осей. Зверніть увагу, що перегортання
просторових осей стосується лише «розмірів зображення». Це двоє найшвидших
різні (невекторні) розміри у файлі. Якщо ви хочете перевернути не зображення
ви можете перетворити його у розмір зображення за допомогою - зменшити розмір темне ім'я= -1 (
-1 означає, що розмір насправді не змінюється). Перегляньте приклади.

- напрямок
Переверніть зображення, щоб отримати від’ємне значення кроку для просторових осей.

- будь-якому напрямку
Не перевертайте зображення вздовж просторових осей (за замовчуванням).

+xнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати позитивне значення xspace:step (зліва направо).

-xнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати від’ємне значення xspace:step (справа наліво).

-xу будь-якому напрямку
Не перевертайте зображення вздовж осі x.

+yнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати позитивне значення yspace:step (задня до переднього).

-yнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати від’ємне значення yspace:step (передньо-заднє).

- будь-якому напрямку
Не перевертайте зображення вздовж осі Y.

+zнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати додатне значення zspace:step (нижче до кращого).

-zнапрямок
Переверніть зображення, щоб отримати від’ємне значення zspace:step (від вищого до нижчого).

-зайвийнапрямок
Не перевертайте зображення вздовж осі z.

- тримати погляд
Збережіть співвідношення сторін під час зміни розміру зображень. Це означає, що воксели реплікуються
(або усереднене) однакову кількість разів по кожному виміру зображення.

-nokeepaspect
Не примусово зберігати співвідношення сторін під час зміни розміру зображень (за замовчуванням).

- imgsize розмір
Вкажіть потрібний розмір зображення (використовується якщо -розмір рядків or - збоїться не дано).

-розмір рядків розмір
Вкажіть потрібну кількість рядків на зображенні.

- збоїться розмір
Вкажіть потрібну кількість стовпців на зображенні.

- зменшити розмір вимір=розмір
Вкажіть розмір іменованого виміру (вимір=розмір). Зверніть увагу, що лише зміна розміру
застосовується до "розмірів зображення" - зазвичай двох найшвидших змінних (невекторних)
розміри. Щоб змінити розміри, усі розміри, які швидко змінюються, до
названий вимір перетворюються на розміри зображення, на які потім впливає
варіанти напряму. Ім’я та розмір виміру мають бути в одному командному рядку
аргумент, тому якщо ви використовуєте пробіли (що нормально), не забудьте використовувати лапки, щоб приховати їх
від оболонки.

Переформатування опції:

-поперечні
Випишіть поперечні зрізи.

-сагітальний
Випишіть сагітальні зрізи.

- вінцевий
Випишіть коронкові зрізи.

-розлад dim1,dim2,dim3, ...
Вкажіть порядок розмірів, де тьмяний? це назви розмірів. Ви можете дати
менше розмірів, ніж існує у файлі: вважається, що вони найшвидше змінюються
розміри у вихідному файлі (так -поперечні точно еквівалентно -розлад
zspace,yspace,xspace). Знову ж таки, між іменами допускаються пробіли, але пам’ятайте про це
приховати їх від оболонки за допомогою лапок.

- затемнення Нд=старт[,вважати]
Укажіть діапазон індексів виміру для виміру Нд. Якщо вважати відсутня або
0, то це означає 1, але видаляємо вимір із вихідного файлу (a
count 1 збереже розмір розміру 1). Негативний вважати означає перевернути дані
вздовж цього виміру - у цьому випадку старт визначає найвищу воксельну координату
для розміру (- затемнення xпробіл=3,-3 дає перевернуту версію
- затемнення xпробіл=1,3). Варіанти -Почніть та -рахувати надати альтернативний спосіб
вкажіть ту саму інформацію.

-Почніть coord0,coord1,coord2, ...

Вказує початковий кут гіперплити (координати змінюються від найповільніших
вимір до найшвидшого). Якщо вказано менше координат, то розміри є в
файл, то передбачається, що вони застосовуються до найповільніших змінних розмірів і
інші координати встановлені на 0. Див - затемнення для більш детальної інформації. Обидва -Почніть та
-рахувати дайте вектори, які відповідають розмірам вхідного файлу після зображення
були застосовані параметри перетворення (ICV).

-рахувати size0,size1,size2, ...
Визначає довжину краю гіперплити для зчитування (координати змінюються від найповільніших
вимір до найшвидшого). Якщо вказано менше розмірів, ніж у файлі,
тоді передбачається, що вони застосовуються до найповільніших змінних розмірів та інших
розміри встановлюються на повний розмір виміру. Побачити - затемнення для більш докладної інформації.
обидві -Почніть та -рахувати дайте вектори, які відповідають розмірам вхідного файлу після
були застосовані параметри перетворення зображень (ICV).

Відсутній дані опції:

-не заповнення
Використовуйте значення нуль для точок за межами вхідного обсягу (за замовчуванням).

- заповнити Використовуйте значення заповнення для точок за межами вхідного обсягу (мінімально можливе значення).

- значення заповнення значення
Вкажіть значення заповнення для точок за межами вхідного обсягу (це реальне значення,
не значення пікселя).

Загальний опції та цінності всі команди:

-допомога Роздрукувати підсумок параметрів командного рядка та вийти.

-версія
Надрукуйте номер версії програми та вийдіть.

ПРИКЛАДИ:

Припустимо, що у нас є обсяг з розмірами zspace, yspace, xspace (це поперечний)
і розміри 128, 256, 256. Якщо ми хочемо отримати з нього зріз 40 (зберігаючи координати
інформацію для виміру zspace), то ми можемо використовувати

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

Як варіант, ми могли б використати

mincreshape original.mnc new.mnc -початок 40,0,0 -count 1,256,256

Або просто

mincreshape original.mnc new.mnc -початок 40 -count 1

Якби ми хотіли позбутися виміру zspace, ми могли б скористатися

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Давайте візьмемо блок із середини та перевернемо його уздовж xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-початок 40,10,240 -рахунок 1,200,-200

Але навіщо стримувати себе? Виходимо за межі:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-початок 40,-100,340 -рахунок 1,200,-200

Якщо ви хочете отримати сагітальний об’єм, скористайтеся цим:

mincreshape original.mnc новий.mnc -сагітальний

Як щодо деяких голів убік - переверніть x і y. І конвертуйте в байт, щоб заощадити місце
ми на цьому:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Вам подобається зберігати томи в порядку x,y,z (це z змінюється найшвидше! Я знаю деяких людей, які
Зроби це!)? Гаразд.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Але ви мінімаліст (і не проти ризикнути). Ось те саме (але це
може зламатися для іншого файлу):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Давайте переконаємося, що всі розміри мають негативний атрибут кроку (див. параметр +direction
для деяких деталей):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Використовуйте mincreshape онлайн за допомогою служб onworks.net