Це програма для Linux під назвою WellMeth, останню версію якої можна завантажити як wellmeth-1.0.tar.gz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть цю програму під назвою WellMeth з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
WellMeth
ОПИС:
WellMeth є інтегрованою структурою для аналізу бісульфіту-Seq зі зниженим представленням
риси
- Розширює підхід генотипування шляхом секвенування (GBS) до виявлення метильованих цитозинів у геномній ДНК
- Покладається на наявність високоякісних еталонних геномів і для побудови бібліотеки рекомендується подвійний рестрикційний дайджест з двома нечутливими до метилювання ферментами.
- Для послідовності короткого зчитування на парних кінцях застосовуватимуться асиметричні прямі та зворотні адаптери зі штрих-кодами довжиною від 4 до 6 нт і фіксованою кількістю випадкових нуклеотидів (унікальних молекулярних ідентифікаторів, UMI), що прилягають до штрих-кодів.
- Інформація UMI буде використовуватися для ідентифікації дублікатів ПЛР після вирівнювання
- Складається з чотирьох модулів накладання: попередня обробка, відображення, виявлення варіантів метилювання та диференціальне метилювання
- Модулі з’єднані між собою за допомогою настроюваних скриптів-обгорток, що дозволяють повністю автоматизувати виконання
- Швидкий, точний і легкий
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/wellmeth/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.