这是 gmx-densorder 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-densorder - 计算表面波动
概要
gmx 密度 [-s [<.tpr>][-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>][-要么 [<.out> [...][-og [<.xpm> [...]]
[-幽灵 [<.out> [...][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-[没有]1d[-体重 ]
[-bwn [-命令 [-轴 ]
[-方法 [-d1 [-d2 ]
[-t块 [-n级 ]
商品描述
GMX 密序 减少沿轴的两相密度分布，在 MD 上计算
轨迹，到随时间波动的 2D 表面，通过拟合功能轮廓
界面密度。 界面的时间平均空间表示可以是
带选项的输出 -tavg.
配置
指定输入文件的选项：
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.dat>] （密度4D.dat） （可选）
通用数据文件
-要么 [<.out> [...] （你好。输出） （可选）
通用输出文件
-og [<.xpm> [...] (接口.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-幽灵 [<.out> [...] (intfspect.out) （可选）
通用输出文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-[没有]1d （否）
伪一维界面几何
-体重 (0.2)
与界面相切的密度分布的 Binwidth
-bwn (0.05)
垂直于界面的密度分布的 Binwidth
-命令 (0)
高斯滤波器的阶数，0阶等于无滤波
-轴 （Z）
轴方向 - X、Y 或 Z
-方法 （二等分）
接口定位方式：二等分、函数式
-d1 (0)
体积密度阶段 1（在小 z 处）
-d2 (1000)
体积密度第 2 阶段（在大 z 处）
-t块 (100)
一个时间块平均的帧数
-n级 (100)
2D 中的高度级别数 - XPixMaps
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-densorder
