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gmx-densmap - 计算二维平面或轴向-径向密度图

概要

gmx 密度图 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>][-o [<.xpm>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-垃圾桶 [-断言 ]
[-xmin [-xmax [-n1 [-n2 ]
[-amax [-rmax [-[没有]镜子[-[没有]总和]
[-单元 [-dmin [-dmax ]

商品描述

GMX 密度图 计算二维数密度图。 它可以使平面和轴向-径向密度
地图。 输出 .xpm 文件可以用例如 xv 可视化，并且可以转换为
附言与 xpm2ps. 可选地，输出可以以文本形式输出到 .DAT 文件 -od,
而不是通常的 .xpm 文件 -o.

默认分析是 xy 中选定原子组的二维数密度图
飞机。 可以使用选项更改平均方向 -断言。 何时 -xmin 和
-xmax 只设置平均方向限制内的原子
考虑到。 网格间距用选项设置 -垃圾桶。 何时 -n1 or -n2 非零，
网格大小由此选项设置。 适当考虑箱体尺寸波动
帐户。

选项时 -amax 和 -rmax 设置后，制作轴向-径向数密度图。 三
应提供组，前两组的质心定义轴，
第三个定义分析组。 轴向从 -amax 到 +amax，其中
中心被定义为质心和正负之间的中点
方向从第一个质心到第二个质心。 径向方向
从 0 到 rmax 或从 -rmax 到 +rmax -镜子 选项已设置。

输出的归一化设置为 -单元 选项。 默认产生一个真
数密度。 单元 纳米2 省略了平均或角度的归一化
方向。 选项 数 生成每个网格单元的计数。 当你不想
在输出中缩放以从零到最大密度，您可以设置最大值
选项 -dmax.

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-od [<.dat>] （密度图.dat） （可选）
通用数据文件

-o [<.xpm>] （密度图.xpm）
X PixMap 兼容矩阵文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-垃圾桶 (0.02)
网格尺寸 (nm)

-断言 （z）
平均的方向：z, y, x

-xmin （-1）
求平均的最小坐标

-xmax （-1）
求平均的最大坐标

-n1 (0)
第一方向的网格单元数

-n2 (0)
第二方向的网格单元数

-amax (0)
到中心的最大轴向距离

-rmax (0)
最大径向距离

-[没有]镜子 （否）
在轴轴下方添加镜像

-[没有]总和 （否）
将密度总和（1D 地图）打印到标准输出

-单元 (纳米-3)
输出单位：nm-3、nm-2、计数

-dmin (0)
输出中的最小密度

-dmax (0)
输出中的最大密度（0 表示计算）

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