أندي - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

أندي - يقدر المسافة التطورية

موجز

اندى [-jlv] [-b INT] [-p تطفو] [-m فئة الساعة :] [-t INT] FILES

الوصف

اندى يقدر المسافة التطورية بين الجينومات ذات الصلة الوثيقة. لهذا اندى
يقرأ تسلسل الإدخال من فاستا الملفات ويحسب مسافة المرساة الزوجية. ال
تم شرح الفكرة وراء ذلك في ورقة كتبها Haubold et al. (انظر أدناه).

OUTPUT

الإخراج هو مصفوفة مسافة متناظرة في فيليب التنسيق، حيث يمثل كل إدخال
التباعد مع عدد حقيقي موجب. مسافة الصفر تعني وجود تسلسلين
متطابقة، في حين أن القيم الأخرى هي تقديرات لمعدل إحلال النوكليوتيدات (Jukes-
صحح كانتور). لأسباب فنية، قد تفشل المقارنة ولا يمكن إجراء أي تقدير
محسوب. في حالات كهذه نان تمت طباعته. وهذا يعني إما أن تسلسل الإدخال كان
قصير جدًا (<200 نقطة أساس) أو متنوع جدًا (K > 0.5) بحيث لا تعمل طريقتنا بشكل صحيح.

OPTIONS

-ب، - بوتستراب
حساب مصفوفات المسافات المتعددة، مع N-1 تمهيدا من الأول. انظر
ورقة Klötzl & Haubold (2016، قيد المراجعة) للحصول على شرح مفصل.

-j, --ينضم
استخدم هذا الوضع إذا كان كل واحد منكم فاستا تمثل الملفات تجميعًا واحدًا به العديد من الملفات
contigs. اندى سيتعامل بعد ذلك مع جميع التسلسلات الموجودة في كل ملف على أنها تسلسل واحد
الجينوم. في هذا الوضع، يجب توفير اسم ملف واحد على الأقل عبر سطر الأوامر
الحجج. بالنسبة للإخراج، يتم استخدام اسم الملف لتحديد كل تسلسل.

-l, --ذاكرة منخفضة
في وضع متعدد الخيوط، اندى يتطلب الذاكرة الخطية لكمية المواضيع. ال
يغير وضع الذاكرة المنخفضة هذا إلى طلب ثابت مستقل عن الرقم المستخدم
من المواضيع. ولسوء الحظ، يأتي هذا بتكلفة كبيرة في وقت التشغيل.

-m, --نموذج
يتم دعم نماذج مختلفة لتطور النوكليوتيدات. بشكل افتراضي Jukes-Cantor
يستخدم التصحيح.

-p
أهمية زوج المرساة. الافتراضي: 0.05.

-t
عدد المواضيع التي سيتم استخدامها. بشكل افتراضي، يتم استخدام كافة المعالجات المتوفرة.
تعدد مؤشرات الترابط متاح فقط إذا اندى تم تجميعه بدعم OpenMP.

-v, - الإسراف
يطبع معلومات إضافية. تطبيق عدة مرات لمزيد من الإسهاب.

-h, --مساعدة
طباعة الملخص وشرح الخيارات المتاحة.

--الإصدار
معلومات إصدار المخرجات والاعترافات.

حقوق الطبع والنشر

حقوق الطبع والنشر © 2014، 2015 Fabian Klötzl License GPLv3+: GNU GPL الإصدار 3 أو الأحدث.
هذا برنامج مجاني: أنت حر في تغييره وإعادة توزيعه. لا يوجد ضمان ،
إلى الحد الذي يسمح به القانون. نص الترخيص الكامل متاح على
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

شكر وتقدير

1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). أندي: سريع ودقيق
تقدير المسافات التطورية بين الجينومات ذات الصلة الوثيقة
2) الخوارزميات: Ohlebusch, E. (2013). خوارزميات المعلوماتية الحيوية. تحليل التسلسل، الجينوم
إعادة الترتيب وإعادة البناء التطوري. ص 118و.
3) إنشاءات SA: Mori, Y. (2005). وصف موجز لللاحقة المحسنة على مرحلتين
خوارزمية الفرز. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

استخدم andi عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net