هذا هو الأمر anfo الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
anfo - ابحث عن أفضل محاذاة للقراءات القصيرة لقاعدة البيانات
موجز
معلومات [ خيار | ملف ]
الوصف
معلومات محاذاة (قصيرة) التسلسل يقرأ إلى قاعدة بيانات (بحجم غيغا بايت). يستخدم الكشف عن مجريات الأمور
طريقة البذر ، ولكن بعد ذلك تطبق تقويمًا أصليًا يسمح بالفجوات ، ويفهم الضرر
أنماط في الحمض النووي القديم وتنتج طريقة سهلة لتفسير الدرجات.
يمكن أن تكون ملفات الإدخال أي مجموعة متنوعة من ملفات FastA أو FastQ ، أو ملفات أصلية معلومات ملف ثنائي،
ضغط بصريا باستخدام GZIPorbzip2. يتم التعرف على تنسيق الملف تلقائيًا و
يمكن إضافة تنسيقات أخرى.
OPTIONS
-V ، - الإصدار
اطبع رقم النسخة واخرج.
-o ملف ، - ملف الإخراج
كتابة الإخراج إلى ملف. ملف ستكتب باللغة الأم معلومات تنسيق ثنائي ، والذي
يمكن تشغيلها باستخدام أداة anfo أو الارتباطات مكر.
-c conffile ، --config conffile
قراءة التكوين من تحريف. يقوم هذا الملف بتكوين الفهارس المستخدمة ، و
بالامتداد إلى أي الجينومات يتم إجراء محاذاة ، ما هي المعلمات التي يجب استخدامها في
التقويم ويمكن أن تحدد المسارات. انظر إلى ملف المثال.
-p الأسطوانات ، --thread num
الرئيسية NUM خيوط للمحاذاة. عادة ما يكون أحد هذه الخيوط لكل نواة معالج
الأفضل.
-x الأسطوانات ، - الأسطوانات الستة
الرئيسية NUM مواضيع للفهرسة. تستخدم الفهرسة عادةً طاقة وحدة معالجة مركزية أقل من
المحاذاة ، لذا فإن المفهرسات الأقل من أدوات التقويم هي الأفضل عادةً.
- مقياس سولكسا
عند قراءة ملفات FastQ ، استخدم مقياس Solexa (نسب احتمالات التسجيل) بدلاً من تنسيق
مقياس Phread القياسي (الاحتمالات). إذا كنت تستخدم أجهزة تسلسل Solexa / Illumina ،
الرجوع إلى الوثائق الخاصة بك إذا كنت بحاجة إلى ذلك. عدا ذلك لا تفعل.
- فاستق أوريجينال
قم بتعيين الأصل لفك تشفير FastQ إلى أوري. المعيار والافتراضي هو 33 ، لكن يجب أن يكون
تعيين 64 لبعض إصدارات برنامج Solexa / Illumina. إذا كنت تستخدم
أجهزة التسلسل Solexa / Illumina ، ارجع إلى الوثائق الخاصة بك إذا كنت بحاجة إلى ذلك.
عدا ذلك لا تفعل.
-Q ، - هادئ
قم بإيقاف كل الإخراج باستثناء الأخطاء الفادحة.
-v ، - الإسراف
اطبع مؤشر تقدم أثناء التشغيل.
البيئة
ANFO_PATH
قائمة أدلة مفصولة بالقولون تم البحث عنها في الجينوم وملفات الفهرس.
استخدم anfo عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
