asn2ff - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

asn2ff - تحويل البيانات البيولوجية ASN.1 إلى تنسيق مسطح (الإصدار القديم)

موجز

com.asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a اسم الملف] [-b] [-d] [-e]
[-f ب / ع / ه / ق / س / ض] [-g] [-h F] [-k F] [-l اسم الملف] [-m ص / د / ق / ج / ك / ل / ه / ص] [-n F]
[-o اسم الملف] [-p F] [-q] [-r اسم الملف] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]

الوصف

com.asn2ff يحول أوصاف التسلسلات البيولوجية من تنسيق ASN.1 الخاص بـ NCBI إلى تنسيق
العديد من تنسيقات الملفات المسطحة. تم بناء هذا البرنامج حول واجهة مهملة ؛ لو سمحت
تستخدم com.asn2gb(1) بدلا من ذلك.

OPTIONS

يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.

- طباعة رسالة الاستخدام

-A X عرض المنطقة بدءًا من X (الافتراضي هو 0)

-B X إظهار المنطقة المنتهية في X (الافتراضي هو الموضع الأخير)

-C إظهار تعليقات Bankit

-G الإخراج هو واحد من أعلى bioseq فقط في عرض الجينوم

-L F استخدم تنسيق خط LOCUS القديم (pre-Genbank 127.0)

-M الإخراج هو خريطة bioseqs فقط

-R لإصدار GenBank

-V F لا تستخدم VERSION

-a اسم الملف
اسم ملف لإدخال ASN.1 (الافتراضي هو stdin)

-b أدخل ملف asn في الوضع الثنائي

-d استخدم فهرسة SeqMgr

-e الإدخال هو إدخال تسلسل

-f ب / ع / ه / ق / س / ض
تنسيق الإخراج:
ب GenBank (افتراضي)
ع GenPept
ه EMBL
s pseudoEMBL
× جين بانك سيليكت
ض EMBLPEPT

-g إظهار أرقام gi

-h F إخفاء التسلسل

-k F لا تستخدم مجموعات معقدة (phy-set ، mut-set ، pop-set)

-l اسم الملف
سجل الأخطاء في اسم الملف

-m ص / د / ق / ج / ك / ل / ه / ص
طريقة الإخراج:
إصدار r (افتراضي)
د تفريغ
ق الترتر
(ج) منظار الكروموسومات
ك دير الفرعية التصحيح
ل دير الفرعية
مراجعة البريد
ع تقرير جزئي

-n F ربط الجينات الصارم

-o اسم الملف
اسم ملف الإخراج (الافتراضي هو stdout)

-p F حذف السمات الجينية الجديدة

-q الإخراج هو واحد أعلى bioseq فقط

-r اسم الملف
ملف سجل خطأ الإخراج (الافتراضي هو stderr)

-s الإدخال عبارة عن تسلسل إرسال

-t إظهار نص رسالة مطول

-v F قمع رسائل الخطأ

-w استخدم تنسيق إخراج HTML

-y طباعة تنسيق التعليمات فقط

-z خوارزمية جديدة لـ orgnames

استخدم asn2ff عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net