هذه هي مجموعة الأوامر التي يمكن تشغيلها في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
blastclust - تجميع أحادي الوصلة قائم على نقاط بلاست
موجز
انفجار [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c اسم الملف] [-d اسم الملف] [-e F]
[-i اسم الملف] [-l اسم الملف] [-o اسم الملف] [-p F] [-r اسم الملف] [-s اسم الملف]
[-v [اسم الملف]]
الوصف
انفجار يقوم بتجميع تسلسلات البروتينات أو الحمض النووي بشكل تلقائي ومنهجي بناءً على
تم العثور على التطابقات الزوجية باستخدام خوارزمية BLAST في حالة البروتينات أو Mega BLAST
خوارزمية للحمض النووي. في الحالة الأخيرة ، يتم إجراء بحث Mega BLAST واحد لجميع ملفات
متواليات مجتمعة مقابل قاعدة بيانات تم إنشاؤها من نفس التسلسلات. انفجار ويرى
أزواج من التسلسلات التي تحتوي على مطابقات ذات دلالة إحصائية وتجمعها باستخدام
التجميع أحادي الوصلة.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.
- طباعة رسالة الاستخدام
-C إكمال التجميع غير المكتمل
-L X حد تغطية الطول (الافتراضي = 0.9)
-S X حد تغطية النقاط (درجة البت / الطول إذا كانت <3.0 ، النسبة المئوية للهويات
خلاف ذلك؛ الافتراضي = 1.75)
-W N استخدم كلمات الحجم N (طول أفضل تطابق كامل ؛ الصفر يستدعي السلوك الافتراضي: 3
للبروتينات ، 32 للنيوكليوتيدات)
-a N عدد وحدات المعالجة المركزية المراد استخدامها (الافتراضي = 1)
-b F لا تتطلب تغطية على كلا الجيران
-c اسم الملف
اقرأ الخيارات المتقدمة من ملف التكوين اسم الملف
-d اسم الملف
الإدخال كقاعدة بيانات
-e F تعطيل تحليل المعرف في تنسيق قاعدة البيانات
-i اسم الملف
ملف إدخال FASTA (سيقوم البرنامج بتنسيق قاعدة البيانات وإزالة الملفات في النهاية ؛
افتراضي = stdin)
-l اسم الملف
تقييد إعادة التجميع إلى قائمة الهوية في اسم الملف
-o اسم الملف
ملف الإخراج لقائمة المجموعات (افتراضي = stdout)
-p F المدخلات عبارة عن نيوكليوتيدات وليس بروتينات.
-r اسم الملف
استعادة الجيران لإعادة تجميعهم اسم الملف
-s اسم الملف
حفظ جميع الجيران ل اسم الملف
-v [اسم الملف]
اطبع رسائل تقدم مطولة (إلى اسم الملف)
استخدم blastclust عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
