هذا هو الأمر bp_indexp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_index.pl - يقوم بفهرسة الملفات التي يستخدمها bp_fetch.pl
موجز
bp_index.pl Index_name file1 file2 إلخ.
الوصف
يقوم bp_index.pl بإنشاء فهرس حيوي لملفات التسلسل الواردة في قائمة الوسائط،
تحت اسم الفهرس. على سبيل المثال
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
سينشئ فهرسًا يسمى "nrdb" كاسم فهرس للملف nrdb.fasta، و
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
سيبني فهرسًا يسمى swiss لجميع الملفات الموجودة في /data/swiss والتي تنتهي بـ .dat
بتنسيق EMBL.
تم إنشاء الفهارس باستخدام وحدات Bio/Index/*، على وجه الخصوص، Bio::Index::EMBL و
وحدات Bio::Index::Fasta. يمكن لأي برنامج نصي يستخدم هذه الوحدات استخدام ملف Index. أ
مثال جيد على البرنامج النصي هو bp_fetch الذي يقوم بجلب التسلسلات وتوجيهها إلى STDOUT، من أجل
مثال
bp_fetch السويسرية:ROA1_HUMAN
يحصل على تسلسل ROA1_HUMAN من الفهرس السويسري ويكتبه بتنسيق fasta على STDOUT.
OPTIONS
-fmt - Fasta (الافتراضي)، السويسري أو EMBL
-دير - الدليل الذي توجد به ملفات الفهرس
(يتجاوز متغير البيئة BIOPERL_INDEX)
خيارات لاستخدام الخبراء
-يكتب - نوع ملف DBM_file.
(يتجاوز متغير البيئة BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - الإبلاغ عن كل إضافة فهرس (تصحيح الأخطاء)
البيئة
يقوم كل من bp_index وbp_fetch بتنسيق مكان وجود قواعد البيانات باستخدام متغير البيئة
BIOPERL_INDEX. يمكن تجاوز ذلك باستخدام خيار -dir. لا توجد قيمة افتراضية، لذلك
يجب عليك استخدام الخيار -dir أو تعيين BIOPERL_INDEX.
يتم تنسيق نوع قاعدة البيانات مع BIOPERL_INDEX_TYPE والذي إذا لم يكن موجودًا، فسيتم تعيينه افتراضيًا
مهما كانت وحدات bioperl التي تم تثبيتها، والتي يتم تعيينها افتراضيًا على SDBM_File.
باستخدام IT نفسك
bp_index.pl هو برنامج نصي يحرك وحدات الفهرس. إذا كنت تريد استخدام هذا البرنامج النصي
بشكل كبير في عملك، إذا كان يعتمد على لغة Perl، فمن المؤكد تقريبًا أنه من الأفضل أن تنظر إلى
رمز في هذا البرنامج النصي ونسخه عبر (من المرجح أن ترغب في استخدامه
رمز bp_fetch).
تمتد IT
bp_index هو مجرد غلاف حول وحدات الفهرس الممتازة لجيمس جيلبرت الموجودة في bioperl
ردود الفعل
البريدية قوائم
تعد ملاحظات المستخدم جزءًا لا يتجزأ من تطور هذه الوحدة النمطية ووحدات Bioperl الأخرى. يرسل
يفضل أن تكون تعليقاتك واقتراحاتك على قائمة بريد Bioperl. إشتراكك
هو محل تقدير كبير.
[البريد الإلكتروني محمي] - مناقشة عامة
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - حول القوائم البريدية
التقارير البق
أبلغ عن الأخطاء إلى نظام تتبع الأخطاء في Bioperl لمساعدتنا في تتبع الأخطاء و
دقة. يمكن إرسال تقارير الأخطاء عبر الويب:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTHOR - ايوان بيرني
إيوان بيرني[البريد الإلكتروني محمي]>
استخدم bp_index عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
