هذا هو الأمر cmemit الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
cmemit - تسلسل العينة من نموذج التغاير
موجز
سميميت [خيارات]
الوصف
إنّ الـ سميميت عينات البرنامج (ينبعث) تسلسلات من نموذج (نماذج) التغاير في و و
يكتب لهم الإخراج. قد تكون تسلسلات أخذ العينات مفيدة لمجموعة متنوعة من الأغراض ،
بما في ذلك إنشاء ايجابيات حقيقية تركيبية للمعايير أو الاختبارات.
الافتراضي هو أخذ عينات من عشرة تسلسلات غير محاذية من كل CM. بدلا من ذلك ، مع -c
الخيار، يمكنك إصدار تسلسل إجماعي واحد لقاعدة الأغلبية؛ أو مع -a الخيار ، أنت
يمكن أن ينبعث منها محاذاة.
إنّ الـ قد تحتوي على مكتبة من CMs ، وفي هذه الحالة سيتم استخدام كل CM بدوره.
قد يكون "-" (شرطة) ، مما يعني قراءة هذا الإدخال من ستدين بدلا من ملف.
بالنسبة للنماذج التي لا تحتوي على أزواج أساسية صفرية ، يتم أخذ عينات التسلسلات من مرشح ملف التعريف HMM بدلاً من ذلك
من سم. ومع ذلك، نظرًا لأن هذه النماذج ستكون متطابقة تقريبًا (ما لم يتم توفير خيارات خاصة).
تم استخدامها في سمبيلد لمنع هذا)، فإن استخدام HMM بدلاً من CM لن يغير
الإخراج بطريقة كبيرة ، ما لم يكن -l يستخدم الخيار. مع -ل ، سوف يكون HMM
تم تكوينه لمواضع البداية والنهاية المحتملة للنموذج، في حين أن CM لن يفعل ذلك. أنت تستطيع
القوة سميميت لأخذ عينات دائمًا من CM باستخدام - نوهمفقط الخيار.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر والخيارات المتاحة.
-o احفظ التسلسلات التركيبية في ملف بدلاً من كتابتها إلى stdout.
-N توليد التسلسلات. القيمة الافتراضية لـ هو 10.
-u اكتب التسلسلات التي تم إنشاؤها بتنسيق غير محاذي (FASTA). هذا هو الافتراضي
السلوك.
-a اكتب التسلسلات التي تم إنشاؤها بتنسيق محاذي (ستوكهولم) بتوافق الآراء
شرح الهيكل بدلاً من FASTA. تنسيقات الإخراج الأخرى ممكنة مع
--تنسيق الخيار.
-c توقع تسلسل إجماعي واحد لقاعدة الأغلبية بدلاً من تسلسل أخذ العينات
من توزيع احتمالية CM. بقايا محفوظة للغاية (قاعدة مقترنة
المخلفات التي تسجل أعلى من 3.0 بت ، أو بقايا واحدة تقطعت بهم السبل تسجل
أعلى من 1.0 بت) تظهر بالأحرف الكبيرة؛ يتم عرض الآخرين في حالة صغيرة.
-e قم بتضمين تسلسلات CM المنبعثة في تسلسل طول أكبر تم إنشاؤه عشوائيًا
تم إنشاؤه من HMM التي تم تدريبها على تسلسل الجينوم الحقيقي مع مختلف
محتويات GC (نفس HMM المستخدم بواسطة معايرة). يمكنك استخدام - آييد الخيار ل
قم بإنشاء تسلسل 25% A وC وG وU بدلاً من ذلك. سيبدأ تسلسل CM المنبعث
في موضع عشوائي ضمن التسلسل الأكبر وسيتم تضمينه في
مجمل ما لم يكن --u5p or --u3p يتم استخدام الخيارات. متى -e يستخدم في
الجمع مع --u5p، سيبدأ تسلسل CM المنبعث دائمًا في الموضع 1 من
التسلسل الأكبر وسيتم اقتطاعه 5 '. عندما تستخدم في تركيبة --u3p سم
التسلسل المنبعث سينتهي دائمًا في الموضع من التسلسل الأكبر وسوف يكون
مقطوعة 3'.
-l تكوين CMs في الوضع المحلي قبل انبعاث التسلسلات. افتراضيا النموذج
سيكون في الوضع العالمي. في الوضع المحلي، تكون عمليات الإدراج والحذف الكبيرة أكثر
شائع من الوضع العام.
OPTIONS لأي القطع المنبعثة التسلسل
--u5p اقتطاع جميع التسلسلات المنبعثة في موضع بدء يتم اختياره عشوائيًا و فقط
إخراج المخلفات التي تبدأ في . يتم اختيار نقطة بداية مختلفة بشكل عشوائي
لكل تسلسل.
--u3p اقتطاع جميع التسلسلات المنبعثة في موضع نهائي يتم اختياره عشوائيًا و فقط
إخراج المخلفات إلى الموضع . يتم اختيار نقطة نهاية مختلفة بشكل عشوائي
لكل تسلسل.
--a5p
بالاشتراك مع -a الخيار، اقتطاع المحاذاة المنبعثة بشكل عشوائي
تم اختيار موضع بداية المباراة و فقط بإخراج أعمدة المحاذاة للمواقف
بعد حالة المباراة - 1. يجب أن يكون عددًا صحيحًا بين 0 والإجماع
طول النموذج (والذي يمكن تحديده باستخدام com.cmstat برنامج. كخاص
الحالة ، باستخدام 0 مثل سيؤدي إلى موضع البداية الذي تم اختياره عشوائيًا.
--a3p
بالاشتراك مع -a الخيار، اقتطاع المحاذاة المنبعثة بشكل عشوائي
موضع المباراة النهائي المختار و فقط بإخراج أعمدة المحاذاة للمواقف
قبل حالة المباراة + شنومكس. يجب أن يكون عددًا صحيحًا بين 1 والإجماع
طول النموذج (والذي يمكن تحديده باستخدام com.cmstat برنامج). ك
حالة خاصة ، باستخدام 0 كـ سيؤدي إلى وضع نهائي يتم اختياره عشوائيًا.
أخرى OPTIONS
--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع و عدد صحيح> = 0. إذا غير صفري ،
سوف تكون العينات العشوائية للتسلسلات قابلة للتكرار؛ سوف يعطي نفس الأمر
نفس النتائج. لو هو 0، يتم تصنيف مولد الأرقام العشوائية بشكل تعسفي،
وستتنوع العينات العشوائية من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. ال
البذور الافتراضية هي 0.
- آييد بدافع -e، إنشاء تسلسلات أكبر بنسبة 25% لكل A وC وG وU.
--rna حدد أن يتم إخراج التسلسلات المنبعثة كتسلسلات RNA. وهذا صحيح من
افتراضي.
--الحمض النووي حدد أن يتم إخراج التسلسلات المنبعثة كتسلسلات DNA. بشكل افتراضي،
الأبجدية الناتجة هي RNA.
- idx
حدد تسمية التسلسلات المنبعثة بدءًا من . . By
الافتراضي هو 1.
--تنسيق
بدافع -a، حدد تنسيق محاذاة الإخراج كـ . التنسيقات المقبولة هي: Pfam ،
AFA، A2M، كلوستال، وفيليب. يتم الانحياز AFA بسرعة. فقط بفام وستوكهولم
ستتضمن تنسيقات المحاذاة شرحًا توضيحيًا لهيكل الإجماع.
- t ملف
تفريغ شجرة التوزيع الجدولية للتسلسل (tracebacks) لكل تسلسل صادر إلى ملف
. مفيد بشكل أساسي لتصحيح الأخطاء.
- اكسبرس
أسّس احتمالات الانبعاث والانتقال لـ CM بواسطة وثم
إعادة تطبيع تلك التوزيعات قبل انبعاث تسلسلات. هذا الخيار يغير
توزيع احتمالية CM للأجزاء المقسمة بالنسبة إلى التخلف عن السداد. مع أقل من
1.0 تميل التسلسلات المنبعثة إلى الحصول على درجات بت أقل عند المحاذاة إلى
سم. مع أكبر من 1.0، فإن التسلسلات المنبعثة تميل إلى أن تكون ذات بتات أعلى
عشرات عند التوافق مع CM. سيزداد فارق النقاط هذا مع
يتحرك بعيدًا عن 1.0 في أي من الاتجاهين. لو يساوي 1.0 ، هذا الخيار
ليس له أي تأثير بالنسبة للتقصير. هذا الخيار مفيد لتوليد التسلسلات
إما أن تكون أكثر صعوبة ( <1.0) أو أسهل ( > 1.0) لـ CM
يميز على أنه متماثل من الخلفية ، التسلسل العشوائي.
- فقط
تنبعث من ملف تعريف المرشح HMM بدلاً من CM.
- نوهمفقط
لا تصدر أبدًا من ملف تعريف المرشح HMM ، استخدم دائمًا CM ، حتى مع الطرز ذات
صفر basepairs.
استخدم cmemit عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
