هذا هو الأمر delta2maf الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
delta2blocks - أداة إضافية للتمثيل الإيمائي من رقعة mugsy لفرز المحاذاة
delta2maf - أداة إضافية للتمثيل الإيمائي من رقعة mugsy لفرز المحاذاة
موجز
com.delta2blocks [خيارات]<المرجعالمعرف><qryالمعرف>
com.delta2maf [خيارات]<المرجعالمعرف><qryالمعرف>
الوصف
-h عرض معلومات التعليمات
-q ترتيب المحاذاة حسب الاستعلام بدء الإحداثيات
-r فرز المحاذاة حسب إحداثي بدء المرجع
-w int اضبط عرض الشاشة - الافتراضي هو 60
-x int اضبط نوع المصفوفة - الافتراضي هو 2 (BLOSUM 62) ، وتشمل الخيارات الأخرى 1 (BLOSUM 45)
و 3 (بلوسوم 80)
ملاحظة: له تأثير فقط على محاذاة الأحماض الأمينية
الإدخال هو إخراج .delta إما لبرنامج "nucmer" أو "promer" الذي يتم تمريره على
سطر الأوامر.
الإخراج هو stdout ، ويتكون من جميع المحاذاة بين الاستعلام والمرجع
التسلسل المحدد في سطر الأوامر.
ملاحظة: لا يتم إجراء الفرز افتراضيًا ، لذلك سيتم ترتيب المحاذاة كما هو موجود في
ال إدخال.
استخدم delta2maf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
