هذا هو ملخص الأوامر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
الهضم - تقارير عن إنزيم البروتين البروتيني أو مواقع انقسام الكاشف
موجز
هضم -سقل seqall - بيانات ملف البيانات -قائمة قائمة -كثرة الوحيدات منطقية - غير مفضل منطقية
- التفاخر منطقية -ترميني قائمة -تداخل منطقية -الأعضاء منطقية
-ملف تقرير
هضم -مساعدة
الوصف
هضم هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) قيادة "البروتين: الدوافع".
OPTIONS
إدخال قسم
-سقل seqall
- بيانات ملف البيانات
بيانات الوزن الجزيئي للأحماض الأمينية القيمة الافتراضية: Emolwt.dat
مطلوب: قسم
-قائمة قائمة
القيمة الافتراضية: 1
-كثرة الوحيدات منطقية
القيمة الافتراضية: N
متقدم قسم
- غير مفضل منطقية
لن يتم قطع التربسين عادةً بعد "KR" إذا تبعه أي من "KRIFLP".
لن يتم قطع Lys-C عادةً بعد "K" إذا تبعتها "P". لن Arg-C
تقطع عادةً بعد "R" إذا تبعتها "P". لن يتم قطع V8-bicarb بشكل طبيعي بعد ذلك
"E" إذا كان متبوعًا بأي من "KREP". لن يتم قطع V8-phosph عادةً بعد "DE" إذا
ويتبعهم "P". لن يتم قطع الكيموتريبسين عادةً بعد "FYWLM" إذا كان الأمر كذلك
متبوعًا بـ "P". يُظهر تحديد غير الممتع هذه التخفيضات غير الممنوحة بالإضافة إلى
المفضلة.
- التفاخر منطقية
يسمح بالهضم شبه النوعي وغير النوعي. هذا الخيار مفيد بشكل خاص
لتوليد قوائم تسلسل الببتيد لتحديد البروتين باستخدام
قياس الطيف الكتلي.
-ترميني قائمة
القيمة الافتراضية: 1
الناتج قسم
-تداخل منطقية
يستخدم للهضم الجزئي. يُظهر جميع التخفيضات من مواقع القطع المفضلة بالإضافة إلى 1..3 ، 2..4 ،
3..5 إلخ ولكن ليس (على سبيل المثال) 2..5. وبالتالي ، فإن التداخلات عبارة عن شظايا مع واحدة بالضبط
موقع القطع المحتمل بداخله.
-الأعضاء منطقية
بالنسبة للتداخل ولكن يتم تضمين الأجزاء التي تحتوي على أكثر من موقع قطع محتمل.
-ملف تقرير
استخدم الملخص عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
