هذا هو الأمر dsimulator الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
dsimulator - توليد قراءات تركيبية لجينوم عشوائي
موجز
com.dsimulator genlen: مزدوج [-cمزدوج (20.)] [-bمزدوج (.5)] [-rمادبا] [-mمادبا(10000)]
[-sمادبا(2000)][-xمادبا(4000)] [-eمزدوج (.15)][-Mملف]
الوصف
com.dsimulator أولًا يولد جينومًا مزيفًا بالحجم جينلين* 1 ميغا بايت طويلة ، لها انحياز AT يبلغ
-b. ثم يولد قراءات نموذجية من متوسط الطول -m من طول لوغاريتمي عادي
التوزيع مع الانحراف المعياري -s، لكنه يتجاهل القراءات التي يقل طولها عن -x. هذا
يجمع ما يكفي من القراءات لتغطية الجينوم -c مرات ويعرض -e جزء من الأخطاء إلى
كل قراءة حيث يتم تحديد نسبة عمليات الإدراج والحذف والاستبدال بواسطة تعريف
الثوابت INS_RATE (الافتراضي 73٪) و DEL_RATE (الافتراضي 20٪) ضمن create.c. يمكن للمرء
تتحكم أيضًا في معدل انتقاء القراءات من السلاسل الأمامية والخلفية
ضبط FLIP_RATE الثابت المحدد (الافتراضي 50/50). ال -r خيار البذور العشوائية
مولد الأرقام لتوليد الجينوم بحيث يمكن للمرء أن يولد بشكل متكاثر
نفس الجينوم الأساسي لأخذ عينات منه. إذا كانت هذه المعلمة مفقودة ، فإن معرف الوظيفة
من بذور الاحتجاج مولد الأرقام العشوائية. يتم إرسال الإخراج إلى المعيار
الإخراج (أي أنه أنبوب UNIX). الإخراج بتنسيق Pacbio .fasta مناسب كمدخل
إلى fasta2db(1). وأخيرا، فإن -M يطلب الخيار أن الإحداثيات التي من كل قراءة
تمت كتابة عينات إلى الملف المشار إليه ، سطر واحد لكل قراءة ، بترميز ASCII.
يخبر ملف "الخريطة" هذا الشخص بشكل أساسي عن مكان تنتمي كل قراءة إلى تجميع وهي شديدة الأهمية
مفيد لأغراض التصحيح والاختبار. إذا كان زوج القراءة يقول b ، e ثم إذا كان b <e the
تمت القراءة من [b ، e] في الاتجاه الأمامي ، وإذا كان b> e من [e ، b] في
غير إتجاه.
استخدم dsimulator عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
