تبرئة الخادم - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

exonerate-server - خادم مقارنة تسلسل للتبرئة

موجز

يبرئ الخادم [ الخيارات ] <index المسار>

الوصف

يبرئ الخادم هو خادم متعدد الخيوط لبرنامج محاذاة تسلسل exonerate.

يستخدم مجموعة من التسلسلات وملف فهرس مقابل للسماح بمجموعات البيانات الكبيرة بسرعة.

نبذة عامة

أولا ، أ .esd يجب أن يكون الملف من ملفات التسلسل. ال .esd الملف هو برئ
ملف مجموعة بيانات التسلسل ، ويمكن استخدامه لتجميع أي مجموعة من التسلسلات معًا في مكان كل منها
التسلسلات التي تحتوي على معرفات فريدة. يتم ذلك باستخدام ملف fasta2esd خدمة.

fasta2esd الجينوم الجينوم

التالي ، .esi ملف بيكون مصنوع من .esd ملف. ال .esi الملف هو تسلسل تبرئ
ملف الفهرس ، ويحتوي على فهرس أو مجموعة من المؤشرات المقابلة لمجموعة بيانات معينة.
يتم ذلك باستخدام ملف esd2esi خدمة.

esd2esi الجينوم الجينوم

بمجرد .esi الملف قد تم إنشاؤه ، قد يتم بدء تشغيل خادم exonerate.

يبرئ الخادم الجينوم

أثناء تشغيل الخادم ، يمكن استخدام exonerate للاستعلام عن الخادم عن طريق استبدال
التسلسلات المستهدفة في سطر الأوامر مع اسم الخادم ورقم المنفذ. ال
رقم المنفذ الافتراضي لخادم exonerate هو 12886.

أبرئ الاستعلام المضيف المحلي: 12886

OPTIONS

بعض خيارات سطر الأوامر لخادم exonerate هي نفسها لخادم exonerate
العميل تبرئته ، وهذه موثقة في صفحة الدليل الخاصة بـ تبرئ. •
خيارات أخرى خاصة بـ يبرئ الخادم موثقة هنا.

--ميناء
حدد المنفذ الذي يجب أن يستمع الخادم إليه. بشكل افتراضي، يبرئ الخادم
سيستمع إلى المنفذ 12886 ، ولكن يمكن تحديد منافذ بديلة باستخدام هذا الخيار.

--إدخال <index ملف>
حدد ملف الفهرس الذي سيتم استخدامه عند بدء تشغيل الخادم. هذا الخيار هو
إلزامي. ملف الفهرس هو ملف .esi الملف الذي تم إنشاؤه بواسطة esd2esi خدمة.

- التحميل المسبق
بشكل افتراضي ، المؤشرات الموجودة في ملف .esi والتسلسلات المشار إليها بـ
المقابلة .esd يتم تحميل الملف في الذاكرة عند بدء تشغيل الخادم.
يعد هذا ضروريًا لتحقيق أداء سريع قد يتم إعاقته لولا ذلك
مرات الوصول المتكررة إلى القرص. يسمح هذا الخيار بتحميل الفهرس والتسلسل المسبق
، مما يسمح للخادم بالعمل بشكل أبطأ بكثير ، ولكن بسرعة أكبر
بدء التشغيل وبصمة ذاكرة أصغر. لا ينصح بإيقاف تشغيل التحميل المسبق
ما لم يتم اختبار أو تصحيح أخطاء الخادم.

- أقصى قدر من التوصيلات
الخادم متعدد الخيوط. يحدد هذا الخيار عدد عمليات العميل التي
يسمح لها بالاتصال بالخادم في وقت واحد. لأداء جيد ، هو
يجب ألا يتم تعيينه على أكثر من عدد وحدات المعالجة المركزية (CPUs) الموجودة على الجهاز الذي يعمل
الخادم قيد التشغيل.

- اللفظ
اضبط مستوى الإسهاب للخادم. إذا كانت صفرًا ، فسيكون الخادم صامتًا ،
وكلما زاد الرقم ، زاد عدد الرسائل التي يبلغ عنها الخادم
يحدث.

INTERFACE

يوثق هذا القسم واجهة الاتصال بين
العميل والخادم. الواجهة موثقة للأشخاص الراغبين في الكتابة
خادمهم المخصص للجلوس خلف إعفاء - للاستخدام العادي للتبرئة ،
ليس من الضروري معرفة هذا.

تعمل الواجهة بواسطة العميل بإرسال أسطر أوامر بسيطة وإرسال الخادم
خطوط رد بسيطة فوق مأخذ. جميع الأوامر والردود عبارة عن أسطر بسيطة من ASCII
text ، لذلك من الممكن استخدام telnet كعميل لاختبار الخادم.

أي أمر هو سطر نص واحد ، ولكن الرد قد يحتوي على العديد من أسطر النص. ال
الردود في شكل :

يمكن لأي رد أن يتضمن أسطرًا بالعلامة تحذير: or خطأ: تشبه تحذير: و خطأ: علامات
يرددها العميل ، ويخرج العميل بعد استلام أي منها خطأ: الرد.

عندما يقوم الخادم بإرجاع رد متعدد الأسطر ، يجب أن يُظهر السطر الأول رقم
سطور في الرد بالكامل على النحو التالي: رقم الخط: للحصول على أمثلة ، انظر الردود من دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع
hsps أوامر في جلسة المثال أدناه.

سيفتح العميل اتصالاً واحدًا فقط لأي خادم ، على الرغم من أنه متعدد مؤشرات الترابط
من الواضح أن الخادم مطلوب للسماح لعدة عملاء بالاتصال في وقت واحد.

أوامر و ردود مستعمل in For ال واجهة.
الأمر: الإصدار
الرد: الإصدار

الأمر: خروج
الرد: (بلا رد - الخادم يغلق الاتصال)

الأمر: com.dbinfo
الرد: dbinfo:

• com.dbinfo يقوم الأمر بإرجاع معلومات حول قاعدة البيانات التي تم تحميلها على الخادم.
الحقول التي تم إرجاعها هي:

إما الحمض النووي أو البروتين
إما مقنعة ناعمة أو غير مقنعة
عدد التسلسلات في قاعدة البيانات
طول أطول تسلسل في قاعدة البيانات
الطول الإجمالي لجميع التسلسلات في قاعدة البيانات

الأمر: بحث
الرد: بحث:

يتم استخدام أمر البحث لتعيين معرف خارجي إلى داخلي
المعرف.

الأمر: دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع info
الرد: seqinfo: [ ]

يعرض الأمر get info معلومات حول تسلسل في قاعدة البيانات. ال
الحقول التي تم إرجاعها هي:

طول التسلسل
المجموع الاختباري لتنسيق gcg (انظر أدناه)
المعرف الخارجي (على سبيل المثال من Fasta header)
سطر وصف للتسلسل (أيضًا من Fasta
header) ، هذا الحقل اختياري وقد يتم حذفه.

الأمر: دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع يليها
الرد: seq:

يقوم الأمر get seq بإرجاع تسلسل كامل في سطر واحد.

الأمر: دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع فرعي
الرد: subseq:

يقوم الأمر get subseq بإرجاع جزء من التسلسل. بداية التسلسل
الموضع صفر. على سبيل المثال الحصول على subseq 0 0 10 سيعيد أول 10 قواعد من
التسلسل الأول في قاعدة البيانات.

الأمر: طقم سؤال
الرد: حسنًا:

يتم استخدام الأمر seq query لإرسال تسلسل استعلام إلى الخادم. هو - هي
ترجع طول التسلسل ومجموع اختباري gcg

الأمر: com.revcomp
الرد: حسنًا: ساحل

يؤدي الأمر revcomp query إلى جعل الخادم عكسيًا يكمل الاستعلام. هذا
هو حفظ النطاق الترددي لإرسال الاستعلام مرتين.

الأمر revcomp target هو إخبار الخادم بمعاملة قاعدة البيانات على أنها
تكملة عكسية. يرسل العميل هذا الأمر فقط عند البحث عن ملف
قاعدة بيانات مترجمة ، لذلك لا يلزم تنفيذها في معظم أنواع البحث.

الأمر: طقم المعلمة
الرد: حسنًا:

يرسل أمر تعيين المعلمات المعلمات من سطر أوامر exonerate إلى
الخادم. يمكن للعميل تجاهل جميع هذه الأوامر من أجل أساسيات
التنفيذ ، ولكن لا يمكن تجاهلها لتحقيق الأداء الأمثل.

الأمر: دولار فقط واحصل على خصم XNUMX% على جميع hsps
الرد: hspset: { }
أو: hspset: فارغ

الأمر get hsps هو الأمر الرئيسي للحصول على مجموعات من hsps. الخادم
قد ترجع hspsets متعددة. الحقول التي تم إرجاعها هي:

المعرف الداخلي للتسلسل المستهدف لمجموعات HSPs هذه.
موضع بدء استعلام hsp
موضع البداية الهدف hsp
طول hsp

تمثل الحقول الثلاثة الأخيرة HSP ، ويمكن تكرارها عدة مرات في واحد
هسبست: خط الرد.

A بسيط مثال زبون الخادم الحوار.
٪ telnet localhost 12886
جرب 127.0.0.1 ...
متصل بالمضيف المحلي.
شخصية الهروب هي "^]".
٪ إصدار
الإصدار: exonerate-server 2.0.0
٪ dbinfo
dbinfo: DNA softmasked 100000 1701 38113579
٪ lookup AA159529.1
ابحث: 88065
٪ الحصول على معلومات 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (# 937208) Homo sapiens cDNA
٪ احصل على seq 88065
التسلسل: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
٪ احصل على subseq 88065 10 20
القسم الفرعي: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
٪ تعيين الاستعلام NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
حسنًا: 62 2028
٪ الحصول على hsps
عدد الخط: 15
hspset: 12423 1 349
hspset: 44900 1 356
hspset: 61781 1 358 41 36
hspset: 70065 1 349 41 36
hspset: 88065 1 1
hspset: 91032 1 357 41 36
hspset: 91442 1 350 41 36
hspset: 92971 1 348 41 36
hspset: 94311 1 375
hspset: 95381 1 346 41 36
hspset: 96808 10 385 32 36
hspset: 88449 18 11
hspset: 91036 6 6
hspset: 93736 36 400
٪ revcomp الاستعلام
طيب: الاستعلام حبلا revcomp
٪ الحصول على hsps
عدد الخط: 6
hspset: 12564 0 64 26 20
hspset: 61780 0 266
hspset: 29148 0 116
hspset: 25849 15 445
hspset: 93938 26 265
٪ خروج
تم اغلاق الاتصال بواسطة مضيف اجنبي.

البيئة

غير موثق بعد.

أمثلة

1. مثال على إنشاء فهرس مترجم وتشغيل بحث سريع عن protein2genome باستخدام
يبرئ الخادم

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi - ترجمة نعم human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi يبرئ الخادم - المنفذ 1234 human.genomic.trans.esi أبرئ
مضيف بيب فاستا المحلي: 1234 - نموذج p2g - بذور كرر 3 - بذور 250

VERSION

ترافق هذه الوثائق الإصدار 2.2.0 من حزمة exonerate.

استخدم exonerate-server عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net