هذا هو الأمر faidx الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
faidx - إحضار التسلسلات من FASTA
موجز
خطأ [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed ، chromsizes ، nucleotide ، transposed}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -م] [- الإصدار] فاستا
[مناطق [مناطق ...]]
الوصف
إحضار التسلسلات من FASTA. إذا لم يتم تحديد مناطق ، يتم تحديد كافة الإدخالات في ملف الإدخال
عاد. يجب أن يكون ملف الإدخال FASTA ملفوفًا بشكل ثابت ، وأن يتم تغليف خط الإخراج
يعتمد على أطوال خطوط الإدخال.
OPTIONS
موضعي الحجج
ملف فاستا فاستا
المناطق
مناطق متسلسلة مفصولة بمسافة لجلب على سبيل المثال chr1: 1-1000
اختياري الحجج
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
-b سرير، --سرير BED
ملف السرير من المناطق
-o خارج، --خارج OUT
اسم ملف الإخراج (الافتراضي: stdout)
-i {bed، chromsizes، nucleotide، transposed}، --تحول
{bed، chromsizes، nucleotide، transposed}
تحويل المناطق المطلوبة إلى تنسيق آخر. الافتراضي: لا شيء
-c, --تكملة
يكمل التسلسل. الافتراضي: خطأ
-r, --يعكس
عكس التسلسل. الافتراضي: خطأ
-n, --لا أسماء
حذف أسماء التسلسل من الإخراج. الافتراضي: خطأ
-f, --الأسماء الكاملة
إخراج الأسماء الكاملة بما في ذلك الوصف. الافتراضي: خطأ
-x, - تقسيم الملفات
اكتب كل منطقة في ملف منفصل (الأسماء مشتقة من المناطق)
-l, --كسول
أملأ - تسلسل افتراضي للنطاقات المفقودة. الافتراضي: خطأ
-s DEFAULT_SEQ ، - تسلسل افتراضي DEFAULT_SEQ
القاعدة الافتراضية للمواقف المفقودة والإخفاء. الافتراضي: ن
-d DELIMITER ، - محدد المحدد
محدد لتقسيم الأسماء إلى قيم متعددة (ستكون الأسماء المكررة
مهملة). الافتراضي: لا شيء
-g ريجكس ، - ريجكس ريجكس
تعبير عادي لتصفية أسماء التسلسلات غير المطابقة. تقصير: .*
-m, - قناع مع تسلسل افتراضي
إخفاء ملف FASTA باستخدام - تسلسل افتراضي الافتراضي: خطأ
-M, - قناع على حدة
إخفاء ملف FASTA بالتغيير إلى الأحرف الصغيرة. الافتراضي: خطأ
--الإصدار
طباعة رقم إصدار pyfaidx
استخدم faidx عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
