هذا هو الأمر fastq-stats الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Fastq-stats - ea-utils: إنتاج الكثير من الإحصائيات سهلة الهضم
موجز
fastq-stats [الخيارات]
الوصف
الإصدار: 1.01 $المعرف: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z Earonesty $
ينتج الكثير من الإحصائيات سهلة الهضم للملفات المدرجة
مزيد من الخيارات
-c Cyclemax: الحد الأقصى للدورات التي يتم من خلالها إنتاج إحصائيات الجودة التالية [35] -w INT
النافذة: الحد الأقصى لحجم النافذة لإنشاء إحصائيات القراءة المكررة [2000000] -d تصحيح:
يطبع بيانات التصحيح -D لا تفعل إحصائيات القراءة المكررة -s عدد INT من الأعلى
القراءات المكررة للعرض -x إحصائيات Fastx لإخراج FIL (يتطلب اسم ملف الإخراج) -b
توزيع قاعدة مخرجات FIL حسب جودة الدكتوراه في كل دورة.
يقوم بتعيين cylemax على أطول طول للقراءة
-L FIL عدد طول الإخراج
تتم طباعة البيانات التالية إلى stdout:
يقرأ : # يقرأ في ملف fastq
لين : قراءة الطول. يتم توفير المتوسط وstdev لأطوال القراءة المتغيرة
phred: مقياس phred المستخدم
بحجم النافذه
: عدد القراءات المستخدمة لإنشاء إحصائيات القراءة المكررة
دورة ماكس
: عدد القواعد لتقييم الازدواجية
dups: عدد القراءات المكررة
%dup : قراءات Pct المكررة
فريدة من نوعها دوب متتابعة
: تسلسلات رقمية مكررة
الحد الأدنى لعدد التكرارات
: أصغر عدد مكرر لأي تسلسل مكرر
دوب متتابعة
: يسرد أهم 10 قراءات مكررة متكررة بالإضافة إلى متوسط العد وstdev
الجودة: الجودة الأساسية الحد الأدنى والحد الأقصى والمتوسط
%أ،%T،%C،%G
: النسب المئوية الأساسية
القواعد الإجمالية
: العدد الإجمالي للقواعد
استخدم fastq-stats عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
