هذا هو الأمر genome-music-galaxyp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
مجرة موسيقى الجينوم - قم بتشغيل المجموعة الكاملة من أدوات MuSiC بالتتابع.
VERSION
يصف هذا المستند إصدار مجرة موسيقى الجينوم 0.04 (2016-01-01 الساعة 23:10:18)
موجز
مجرة موسيقى الجينوم [--output-dir =؟] --bam-list =؟ - حزمة الإخراج =؟ - ملف-roi =؟
- تسلسل المرجع =؟ --ملف- ماف =؟ - مسار الملف =؟ [- ملف البيانات-السريرية-الرقمية =؟]
[--categorical-Clinical-data-file =؟] [--mutation-matrix-file =؟] [--permutations =؟]
[--normal-min-deep =؟] [--tumor-min-deep =؟] [--min-mapq =؟] [- عرض تخطي]
[--genes-to-ignore =؟] [--bmr =؟] [--max -imity =؟] [--bmr-modifier-file =؟]
[--numerical-data-test-method =؟] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr =؟]
[- genetic-data-type =؟] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups =؟]
[- عمليات اقتطاع منفصلة] [- دمج متزامن] [- تخطي غير ترميز] [- تخطي صامت]
[- min-mut-genes-per-path =؟] [--glm-model-file =؟] [- المعالجات =؟] [--aa-range =؟]
[--nuc-range =؟] [--reference-build =؟] [- Show-known-Hits] [--glm-Clinical-data-file =؟]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir =؟] [--cosmic-dir =؟] [--verbose]
[- ارتباط-سريري-ملف مصفوفة =؟]
تأخذ هذه الأداة كمعلمات جميع المعلومات المطلوبة لتشغيل الأدوات الفردية. ان
استخدام المثال هو:
... تشغيل الموسيقى \
--إدخال قائمة بام / bams_to_analyze.txt \
- إدخال ملف البيانات السريرية الرقمية / numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input / myMAF.tsv \
- إخراج- دير play_output_dir \
- مسار-ملف الإدخال / pathway_db \
- إدخال تسلسل المرجع / refseq / all_sequences.fa \
--إدخال ملف --roi / all_coding_regions.bed \
- جين نوع البيانات الجينية
مطلوبة الحجج
قائمة بام نص
قائمة محددة بعلامات جدولة لملفات BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]
حزمة الإخراج نص
الموقع الذي يرغب Galaxy في حفظ مجموعة مخرجات الموسيقى فيه
roi- ملف نص
قائمة محددة بعلامات جدولة لعائدات الاستثمار [chr start stop gene_name]
التسلسل المرجعي نص
المسار إلى التسلسل المرجعي بتنسيق FASTA
ماف ملف نص
قائمة الطفرات باستخدام مواصفات TCGA MAF v2.3
مسار الملف نص
ملف محدد بعلامات جدولة لمعلومات المسار
اختياري الحجج
الإخراج- دير
الدليل حيث سيتم كتابة ملفات الإخراج والأدلة الفرعية
القيمة الافتراضية '' إذا لم يتم تحديدها
ملف البيانات السريرية الرقمية نص
جدول العينات (ص) مقابل فئة البيانات السريرية الرقمية (×)
ملف البيانات الفئوية السريرية نص
جدول العينات (ص) مقابل فئة البيانات السريرية الفئوية (x)
ملف مصفوفة الطفرة نص
تخزين اختياريًا لمصفوفة العينة مقابل الجينات المستخدمة أثناء العمليات الحسابية.
التباديل رقم الهاتف
عدد التبديلات المستخدمة لتحديد قيم P.
عادي دقيقة العمق عدد صحيح
الحد الأدنى لعمق القراءة لاعتبار قاعدة BAM العادية مغطاة
ورم-مين-عمق عدد صحيح
الحد الأدنى لعمق القراءة لاعتبار قاعدة Tumor BAM مغطاة
مين خريطة عدد صحيح
الحد الأدنى من جودة تعيين القراءات التي يجب مراعاتها في حساب عمق القراءة
عرض تخطي منطقية
قم بالإبلاغ عن كل طفرة تم تخطيها ، وليس فقط عدد الطفرات
القيمة الافتراضية "false" (--noshow-تخطي) إذا لم يتم تحديدها
تم تخطي noshow منطقية
جعل العرض الذي تم تخطيه "خطأ"
الجينات لتجاهلها نص
قائمة الجينات مفصولة بفاصلة لتجاهلها لمعدلات طفرة الخلفية
bmr رقم الهاتف
معدل طفرة الخلفية في المناطق المستهدفة
أقصى القرب نص
أقصى مسافة AA بين طفرتين
bmr- معدل-ملف نص
قائمة قيم محددة بعلامات جدولة لكل جين يقوم بتعديل BMR قبل اختبار [gene_name
bmr_modifier]
طريقة اختبار البيانات الرقمية نص
إما "كور" لارتباط بيرسون أو "ويلكوكس" لاختبار مجموع تصنيف ويلكوكسون لـ
البيانات السريرية العددية.
القيمة الافتراضية 'cor' إذا لم يتم تحديدها
تخطي الجينات منخفضة السيد منطقية
تخطي اختبار الجينات مع MRs أقل من الخلفية MR
القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها
noskip-low-mr- الجينات منطقية
جعل الجينات التخطي المنخفض `` خطأ ''
ماكس اف دي ار رقم الهاتف
الحد الأقصى المسموح به لمعدل الاكتشاف الخاطئ للجين ليتم اعتباره SMG
القيمة الافتراضية '0.2' إذا لم يتم تحديدها
نوع البيانات الجينية نص
يجب أن تكون البيانات في ملف المصفوفة إما بيانات نوع "جين" أو "متغير"
رؤوس التعليقات التوضيحية wu منطقية
استخدم هذا الإعداد الافتراضي لرؤوس تنسيق التعليقات التوضيحية
رؤوس التعليقات التوضيحية الآن منطقية
جعل رؤوس wu-Annotation "خاطئة"
مجموعات BMR عدد صحيح
عدد مجموعات العينات ذات معدلات BMR قابلة للمقارنة
القيمة الافتراضية '1' إذا لم يتم تحديدها
اقتطاع منفصل منطقية
مجموعة الطفرات الجذعية كفئة منفصلة
القيمة الافتراضية "خطأ" (- اقتطاع منفصل) إذا لم يتم تحديدها
انفصال الانف منطقية
جعل عمليات الاقتطاع المنفصلة "خاطئة"
دمج المتزامنة الصواميل منطقية
يتم التعامل مع الطفرات المتعددة للجين في نفس العينة على أنها الطفرات 1
القيمة الافتراضية "false" (--nomerge-concurrent-muts) إذا لم يتم تحديدها
الترشيح المتزامن الصمغ منطقية
جعل الدمج المتزامن "خطأ"
تخطي غير الترميز منطقية
تخطي الطفرات غير المشفرة من ملف MAF المقدم
القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها
noskip غير الترميز منطقية
جعل التخطي غير الترميز "خطأ"
تخطي الصمت منطقية
تخطي الطفرات الصامتة من ملف MAF المقدم
القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها
أنف صامت منطقية
جعل التخطي الصامت "خطأ"
مين-موت-الجينات لكل مسار عدد صحيح
سيتم تجاهل المسارات التي تحتوي على عدد أقل من الجينات الطافرة من هذا
القيمة الافتراضية '1' إذا لم يتم تحديدها
glm- نموذج- ملف نص
ملف يحدد نوع النموذج ومتغير الاستجابة والمتغيرات المشتركة وما إلى ذلك لـ GLM
تحليل. (انظر الوصف).
المعالجات عدد صحيح
عدد المعالجات المراد استخدامها في SMG (تتطلب حزم 'foreach' و 'doMC' R)
القيمة الافتراضية '1' إذا لم يتم تحديدها
نطاق aa عدد صحيح
عيّن مدى قرب التطابق "القريب" عند البحث عن الأحماض الأمينية بالقرب من النتائج
القيمة الافتراضية '2' إذا لم يتم تحديدها
نطاق nuc عدد صحيح
عيّن مدى قرب التطابق "القريب" عند البحث عن موضع النوكليوتيدات بالقرب من الضربات
القيمة الافتراضية '5' إذا لم يتم تحديدها
بناء المراجع نص
ضع إما "Build36" أو "Build37"
القيمة الافتراضية 'Build37' إذا لم يتم تحديدها
عرض نجاحات معروفة منطقية
عندما يكون الاكتشاف جديدًا ، أظهر AA في هذا الجين
القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها
Noshow-known-Hits منطقية
جعل العروض المشهورة "كاذبة"
ملف البيانات السريرية glm نص
السمات السريرية ، الملامح الطفرية ، البيانات السريرية المختلطة الأخرى (انظر الوصف).
استخدام ماف في جلم منطقية
قم بتعيين هذه العلامة لاستخدام المصفوفة المتغيرة التي تم إنشاؤها من ملف MAF كمدخل متغير لـ
تحليل GLM.
القيمة الافتراضية "false" (--nouse-maf-in-glm) إذا لم يتم تحديدها
nouse-maf-in-glm منطقية
اجعل use-maf-in-glm "خطأ"
أوميما دير مسار
omim مجلد قاعدة بيانات طفرة الأحماض الأمينية
الكونية دير مسار
مجلد قاعدة بيانات طفرة الأحماض الأمينية الكونية
مطنب منطقية
قم بالتشغيل لعرض ناتج عمل أكبر
القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها
noverbose منطقية
جعل الإسهاب "خطأ"
ملف مصفوفة الارتباط السريري نص
تخزين اختياريًا لمصفوفة العينة مقابل الجينات المستخدمة داخليًا أثناء العمليات الحسابية.
الوصف
يمكن استخدام هذا الأمر لتشغيل جميع أدوات تحليل MuSiC على مجموعة من البيانات. لو سمحت
راجع الأدوات الفردية لمزيد من الوصف للمعلمات.
مؤلفون
توماس ب موني ، ماجستير
CREDITS
يرجى الاطلاع على الاعتمادات ل موسيقى الجينوم(1).
استخدم موسيقى الجينوم galaxyp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
