موسيقى الجينوم البقاء على قيد الحياة - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

بقاء موسيقى الجينوم - إنشاء مؤامرات البقاء على قيد الحياة وقيم P للإكلينيكية والطفرات
الأنماط الظاهرية.

VERSION

تصف هذه الوثيقة نسخة بقاء موسيقى الجينوم 0.04 (2016-01-01 الساعة 23:10:18)

موجز

موسيقى الجينوم البقاء على قيد الحياة - قائمة بام =؟ - إخراج دير =؟ [--maf-file =؟] [- skip-silent]
[- genetic-data-type =؟] [- number-Clinical-data-file =؟]
[--categorical-Clinical-data-file =؟] [--glm-Clinical-data-file =؟]
[--phenotypes-to-include =؟] [--legend-placement =؟] [--skip-non-coding]

... بقاء الموسيقى \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-ملف /path/myMAF.tsv \
--ملف البيانات-السريرية-الرقمية /path/myNumericData.tsv \
- ملف البيانات الفئوي-الإكلينيكي / المسار / myClassData.tsv \
- إخراج - دير / مسار / دليل الإخراج

... بقاء الموسيقى \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-ملف /path/myMAF.tsv \
--glm-Clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
- إخراج - دير / مسار / دليل الإخراج

... بقاء الموسيقى \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-ملف /path/myMAF.tsv \
- "جين" نوع البيانات الجينية \
--glm-Clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
- أنماط ظاهرية لتشمل "العرق ، الجنس ، TP53" \
- إخراج - دير / مسار / دليل الإخراج

مطلوبة الحجج

قائمة بام نص
قائمة بأسماء العينات التي سيتم تضمينها في التحليل. (انظر الوصف)

الإخراج- دير نص
الدليل حيث سيتم كتابة ملفات الإخراج

اختياري الحجج

ماف ملف نص
قائمة الطفرات في شكل ماف

تخطي الصمت منطقية
تخطي الطفرات الصامتة من ملف MAF المقدم

القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها

أنف صامت منطقية
جعل التخطي الصامت "خطأ"

نوع البيانات الجينية نص
ربط البيانات السريرية ببيانات مستوى "الجين" أو "البديل"

القيمة الافتراضية "جين" إذا لم يتم تحديدها

ملف البيانات السريرية الرقمية نص
جدول العينات (ص) مقابل فئة البيانات السريرية الرقمية (×)

ملف البيانات الفئوية السريرية نص
جدول العينات (ص) مقابل فئة البيانات السريرية الفئوية (x)

ملف البيانات السريرية glm نص
السمات السريرية ، الملامح الطفرية ، البيانات السريرية المختلطة الأخرى (انظر الوصف).

أنماط ظاهرية لتضمينها نص
قم بتضمين هذه الجينات و / أو الأنماط الظاهرية فقط في التحليلات. (فاصلة محدده)

وضع الأسطورة نص
اختر واحدًا من "bottomleft" أو "topleft" أو "topright" أو "bottomright".

القيمة الافتراضية "أسفل اليسار" إذا لم يتم تحديدها

تخطي غير الترميز منطقية
تخطي الطفرات غير المشفرة من ملف MAF المقدم

القيمة الافتراضية "صواب" إذا لم يتم تحديدها

noskip غير الترميز منطقية
جعل التخطي غير الترميز "خطأ"

الوصف

ينفذ هذا الأمر تحليل البقاء ويرسم منحنيات البقاء على قيد الحياة للبيانات الطفرية ، مثل
بالإضافة إلى أي سمات سريرية ذات أهمية كما هو محدد عبر المدخلات "الأنماط الظاهرية لتضمينها"
معامل. تشمل التحليلات التي تم إجراؤها مقدر Kaplan-Meier متبوعًا بـ Cox
نموذج المخاطر النسبية. تشمل مخرجات كل جين / سمة سريرية تم تحليلها البقاء على قيد الحياة
، ونسبة المخاطر (مع فترات الثقة) ، والقيم P و FDRs التي تصف
أهمية الاختلاف بين الناجين وغير الناجين.

يتم البحث في جميع ملفات البيانات السريرية عن "الحالة الحيوية" المطلوبة (غير الحساسة لحالة الأحرف)
وأعمدة "days_to_last_followup" التي يتم إقرانها بالأنماط الظاهرية عبر معرفات عينة لـ
تحليل البقاء على قيد الحياة. يجب أن يحتوي العمود الأول من جميع ملفات البيانات السريرية على العينة
المعرفات ، كما هو الحال في أدوات MuSiC الأخرى. بشكل افتراضي ، يتم إجراء التحليل على كل جين موجود
في ماف. اختياريًا ، قد يقتصر التحليل على جينات معينة فقط من خلال سردها
(مفصول بفاصلة) بعد معلمة الإدخال --phenotypes-to-include. قد تحليل البقاء
يتم إجراؤها أيضًا على أعمدة أخرى في ملف البيانات السريرية عن طريق إضافة رؤوس الأعمدة
إلى قائمة الإدخالات المحددة بعد معلمة الإدخال --phenotypes-to-include.

فيما يلي بعض الخطوط العامة لإنشاء ملفات إدخال البيانات السريرية:

· مطلوب رؤوس.

· يجب أن يحتوي العمود الأول من كل ملف بيانات سريرية على عينة من المعرفات التي تتطابق مع تلك المعرفات
في كل من قائمة --bam وقائمة متغير MAF (في MAF ، هذا هو
Tumor_Sample_Barcode ، على وجه التحديد).

في واحد على الأقل من إدخال ملفات البيانات السريرية ، الأعمدة التي تحتوي على رؤوس "dynamic_status"
و "days_to_last_followup" (غير حساس لحالة الأحرف) يجب أن تكون موجودة. يجب أن تكون "الحالة الحيوية"
محدد بواسطة 1 و 0 ، حيث يشير 0 إلى "حي" ، و 1 يشير إلى "متوفى".

لاحظ أن جميع ملفات الإدخال يجب أن تكون مفصولة بعلامات جدولة.

الحجج

- قائمة بام
قدم ملفًا يحتوي على عينات من الأسماء ومواقع BAM الطبيعية / الورمية لكل منها. يستخدم
التنسيق المحدد بعلامات جدولة [sample_name normal_bam tumor_bam] لكل سطر. هذه الأداة فقط
يحتاج إلى sample_name ، لذلك يمكن تخطي جميع الأعمدة الأخرى. يجب أن يكون اسم العينة هو
نفس أسماء عينة الورم المستخدمة في ملف MAF (العمود السادس عشر ، مع الرأس
Tumor_Sample_Barcode).

استخدم موسيقى الجينوم Survivalp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net