glam2-purge - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

glam2-purge - يزيل التسلسلات الزائدة من ملف FASTA

موجز

glam2-purge ملف أحرز هدفاً [الخيارات]

الوصف

glam2-purge هي نسخة معدلة من أندرو نيووالد تطهير برنامج يزيل الزائدة
تسلسلات من ملف FASTA. يوصى بهذا لمنع حدوث تشابه كبير
تسلسلات تشوه البحث عن الزخارف. يعمل التطهير إما مع الحمض النووي أو البروتين
تسلسلات وإنشاء ملف إخراج بحيث لا يوجد تسلسلان لهما محلي (بدون فجوات).
درجة المحاذاة أكبر من العتبة المحددة من قبل المستخدم. يتم تسمية ملف الإخراج
. . تعتمد درجة المحاذاة على مصفوفة BLOSUM62 للبروتينات وعلى
+5/-1 مخطط تسجيل الحمض النووي. يمكن أيضًا استخدام التطهير لإخفاء التكرارات الترادفية. يستخدم
برنامج XNU لهذا الغرض.

OPTIONS

-n
التسلسلات هي الحمض النووي (الافتراضي: البروتين).

-b
استخدم طريقة الكشف عن الانفجار (الافتراضي للبروتين).

-e
استخدم طريقة شاملة (الافتراضي للحمض النووي).

-q
احتفظ بالتسلسل الأول في المجموعة.

-x
استخدم xnu لإخفاء تكرار البروتين الترادفي.

استخدم glam2-purge عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net