هذا هو الأمر gmx-dyecoupl الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-dyecoupl - استخراج ديناميكيات الصبغة من المسارات
موجز
جي ام اكس صبغ [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-لا [<.xvg>]]
[-أوه [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-ريست [<.xvg>]]
[-خيست [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [انت ]
[-[حاليا] [-xvg ] [-[لا] PBCdist] [- [لا] القاعدة]
[-صناديق ] [-R0 ]
الوصف
GMX صبغ مقتطفات ديناميات الصبغة من ملفات المسار. حاليًا، R و kappa^2
يتم استخراج بين الأصباغ لمحاكاة (F) RET مع اقتران ثنائي القطب المفترض كما في
معادلة فورستر. كما أنه يسمح بحساب R(t) و kappa^2(t)، R و
الرسوم البيانية والمتوسطات لـ kappa^2، بالإضافة إلى كفاءة FRET اللحظية E(t) لـ
نصف قطر Foerster المحدد R_0 (التبديل -R0). يجب أن تكون الأصباغ المدخلة كاملة (انظر الدقة و
خيارات مول PBC في trjconv). يجب تحديد عزم ثنائي القطب لانتقال الصبغة بواسطة at
على الأقل زوج ذرة واحد، ولكن يمكن توفير أزواج ذرات متعددة في ملف الفهرس.
يتم حساب المسافة R على أساس COMs لأزواج الذرة المحددة. ال
-pbcdist الخيار يحسب المسافات إلى أقرب صورة دورية بدلاً من المسافة
في الصندوق. ولكن هذا يعمل فقط بالنسبة للحدود الدورية في جميع الأبعاد الثلاثة. ال
-معيار الخيار (المنطقة-) يعمل على تطبيع الرسوم البيانية.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-لا [<.xvg>] (ركابا.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
-أوه [<.xvg>] (insteff.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (اختياري)
ملف بيانات عام
-ريست [<.xvg>] (rhist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
-خيست [<.xvg>] (khist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
-[لا] PBCdist (لا)
المسافة R على أساس PBC
- [لا] القاعدة (لا)
تطبيع الرسوم البيانية
-صناديق (50)
# من صناديق الرسم البياني
-R0 (-1)
نصف قطر فورستر بما في ذلك كابا ^ 2 = 2/3 في نانومتر
استخدم gmx-dyecoupl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
