هذا هو الأمر gmx-dyndom الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-dyndom - استيفاء واستقراء دورات الهيكل
موجز
ديندوم جي إم إكس [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-الزاوية الأولى ] [- لاستانجل ] [-نفريم ]
[-maxangle ] [-عبر ] [-رئيس ]
[-ذيل ]
الوصف
GMX dyndom يقرأ أ .pdb إخراج الملف من DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). هو - هي
يقرأ الإحداثيات وإحداثيات محور الدوران وملف فهرس يحتوي على
المجالات. علاوة على ذلك، فهو يأخذ الذرة الأولى والأخيرة من ملف السهم كأمر
وسيطات الخط (الرأس والذيل) وأخيراً يأخذ ناقل الترجمة (الوارد في
DynDom info) وزاوية التدوير (أيضًا كوسيطات سطر الأوامر). إذا كانت الزاوية
يتم تحديده بواسطة DynDom، ينبغي للمرء أن يكون قادرا على استعادة البنية الثانية المستخدمة ل
توليد مخرجات DynDom. بسبب الدقة العددية المحدودة ينبغي أن يكون هذا
تم التحقق منها عن طريق حساب RMSD شامل الذرة (باستخدام GMX يؤكد) بدلاً من مقارنة الملفات
(باستخدام فرق).
الغرض من هذا البرنامج هو استيفاء واستقراء التدوير كما وجده
ديندوم. ونتيجة لذلك، تكون الهياكل غير المادية ذات روابط طويلة أو قصيرة، أو ذرات متداخلة
قد يتم إنتاجها. قد يكون من الضروري التحقق من صحة الفحص البصري وتقليل الطاقة
الهيكل.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
ملف بنك بيانات البروتين
-n [<.ndx>] (المجالات.ndx)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (تم تدويره.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
خيارات أخرى:
-الزاوية الأولى 0
زاوية الدوران حول متجه الدوران
- لاستانجل 0
زاوية الدوران حول متجه الدوران
-نفريم 11
عدد الخطوات على المسار
-maxangle 0
DymDom dحدد زاوية الدوران حول متجه الدوران
-عبر 0
الترجمة (أنجستروم) على طول ناقل التدوير (انظر ملف معلومات DynDom)
-رئيس (0 0 0)
الذرة الأولى من ناقلات السهم
-ذيل (0 0 0)
الذرة الأخيرة من ناقلات السهم
استخدم gmx-dyndom عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
