gmx-insert-molecules - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

جزيئات gmx-insert - أدخل الجزيئات في الوظائف الشاغرة

موجز

إدراج جزيئات gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-هذه [<.gro / .g96 / ...>]]
[-يب [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-صندوق ]
[-نمول ] [-محاولة ] [-بذرة ]
[-نصف القطر ] [-مقياس ] [-دكتور ]
[-تعفن ]

الوصف

GMX إدراج الجزيئات إدراج -نمول نسخ من النظام المحدد في -هذه ملف الإدخال.
تتم عمليات الإدراج إما في مساحة شاغرة في الشكل المذاب المعطى مع
-f، أو في مربع فارغ معطى بواسطة -صندوق. تحديد كليهما -f و -صندوق يتصرف مثل -f، لكن
يضع صندوقًا جديدًا حول المذاب قبل عمليات الإدخال. أي سرعات موجودة
مهملة.

بشكل افتراضي ، تكون مواضع الإدراج عشوائية (مع تحديد البداية الأولية بواسطة -بذرة). ال
يتكرر البرنامج حتى -نمول تم إدخال الجزيئات في الصندوق. الجزيئات ليست كذلك
يتم إدخالها حيث المسافة بين أي ذرة موجودة وأي ذرة مدرجة
الجزيء أقل من المجموع بناءً على نصف قطر فان دير فالس لكلتا الذرتين. قاعدة البيانات
(vdwradii.dat) من نصف قطر van der Waals يقرأه البرنامج ، ونصف القطر الناتج
تحجيم بواسطة -مقياس. إذا لم يتم العثور على أنصاف الأقطار في قاعدة البيانات ، يتم تعيين المسار الصحيح لـ
(قياس مسبق) مسافة -نصف القطر.

ما مجموعه -نمول * -محاولة تتم محاولات الإدراج قبل الاستسلام. يزيد -محاولة إذا كنت
لديها عدة ثقوب صغيرة لملءها. خيار -تعفن يحدد ما إذا كانت جزيئات الإدراج
بشكل عشوائي قبل محاولات الإدراج.

بدلاً من ذلك ، يمكن إدخال الجزيئات فقط في المواضع المحددة في المواضع. dat
(-يب). يجب أن يحتوي هذا الملف على 3 أعمدة (x ، y ، z) ، والتي تعطي إزاحة مقارنة بـ
موضع جزيء الإدخال (-هذه). وبالتالي ، إذا كان يجب أن يحتوي هذا الملف على المطلق
المواضع ، يجب أن يتركز الجزيء على (0,0,0،XNUMX،XNUMX) قبل الاستخدام GMX إدراج الجزيئات
(على سبيل المثال من GMX تحرير -مركز). يتم تجاهل التعليقات في هذا الملف التي تبدأ بـ #.
خيار -دكتور يحدد الحد الأقصى المسموح به من عمليات النزوح أثناء التجارب الإدراج. -محاولة و
-تعفن تعمل كما في الوضع الافتراضي (انظر أعلاه).

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (بروتين غرو) (اختياري)
التكوين الحالي المطلوب إدراجه في: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت

-هذه [<.gro / .g96 / ...>] (insert.gro)
التكوين لإدراج: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت

-يب [<.dat>] (مواقف. dat) (اختياري)
مواقف محاكمة الإدراج المحددة مسبقا

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (out.gro)
تكوين الإخراج بعد الإدراج: غرو g96 فوسفات brk ent esp

خيارات أخرى:

-صندوق (0 0 0)
حجم الصندوق (نانومتر)

-نمول 0
عدد الجزيئات الإضافية المطلوب إدخالها

-محاولة 10
جرب الإدخال -نمول مرات -محاولة مرات

-بذرة 1997
بذور مولد عشوائي

-نصف القطر 0.105
المسافة الافتراضية فان دير فالس

-مقياس 0.57
عامل مقياس لمضاعفة نصف قطر Van der Waals من قاعدة البيانات بتنسيق
شارك / gromacs / top / vdwradii.dat. القيمة الافتراضية 0.57 تنتج كثافة قريبة من
1000 جم / لتر للبروتينات فى الماء.

-دكتور (0 0 0)
الإزاحة المسموح بها في x / y / z من المواضع في -يب ملف

-تعفن
قم بتدوير الجزيئات المدرجة بشكل عشوائي: xyz ، z ، none

استخدم جزيئات gmx-insert-online عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net